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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8812 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the PulG pseudopilus | ||||||||||||
マップデータ | map of PulG filament | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Klebsiella oxytoca (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lopez-Castilla A / Thomassin JL / Bardiaux B / Zheng W / Nivaskumar M / Yu X / Nilges M / Egelman EH / Izadi-Pruneyre N / Francetic O | ||||||||||||
資金援助 | 米国, European Union, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Structure of the calcium-dependent type 2 secretion pseudopilus. 著者: Aracelys López-Castilla / Jenny-Lee Thomassin / Benjamin Bardiaux / Weili Zheng / Mangayarkarasi Nivaskumar / Xiong Yu / Michael Nilges / Edward H Egelman / Nadia Izadi-Pruneyre / Olivera Francetic / 要旨: Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of ...Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of inner membrane-anchored fibres called pseudopili. Although efficient pseudopilus assembly is essential for protein secretion, structure-based functional analyses are required to unravel the mechanistic link between these processes. Here, we report an atomic model for a T2SS pseudopilus from Klebsiella oxytoca, obtained by fitting the NMR structure of its calcium-bound subunit PulG into the ~5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of assembled fibres. This structure reveals the comprehensive network of inter-subunit contacts and unexpected features, including a disordered central region of the PulG helical stem, and highly flexible C-terminal residues on the fibre surface. NMR, mutagenesis and functional analyses highlight the key role of calcium in PulG folding and stability. Fibre disassembly in the absence of calcium provides a basis for pseudopilus length control, essential for protein secretion, and supports the Archimedes screw model for the type 2 secretion mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8812.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8812-v30.xml emd-8812.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8812.png | 110.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8812 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8812_validation.pdf.gz | 358.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8812_full_validation.pdf.gz | 358.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8812_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8812_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8812 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map of PulG filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PulG pseudopilus
全体 | 名称: PulG pseudopilus |
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要素 |
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-超分子 #1: PulG pseudopilus
超分子 | 名称: PulG pseudopilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: General secretion pathway protein G
分子 | 名称: General secretion pathway protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 25 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 14.525482 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (MEA)TLLEIMVVI VILGVLASLV VPNLMGNKEK ADRQKVVSDL VALEGALDMY KLDNSRYPTT EQGLQALVSA PSAEPH ARN YPEGGYIRRL PQDPWGSDYQ LLSPGQCGQV DIFSLGPDGV PESNDDIGNC TIGKK |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 25 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1819 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.2 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 83.2 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IHRSR / 使用した粒子像数: 85619 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND3 |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: solid cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |