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- PDB-5wda: Structure of the PulG pseudopilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wda
タイトルStructure of the PulG pseudopilus
要素General secretion pathway protein G
キーワードPROTEIN TRANSPORT / helical polymer / bacterial secretion / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system core protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å
データ登録者Lopez-Castilla, A. / Thomassin, J.L. / Bardiaux, B. / Zheng, W. / Nivaskumar, M. / Yu, X. / Nilges, M. / Egelman, E.H. / Izadi-Pruneyre, N. / Francetic, O.
資金援助 米国, フランス, European Union, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
Agence Nationale de la RechercheANR-14-CE09-0004 フランス
European Union (EU)FP7-IDEAS-ERC 294809European Union
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structure of the calcium-dependent type 2 secretion pseudopilus.
著者: Aracelys López-Castilla / Jenny-Lee Thomassin / Benjamin Bardiaux / Weili Zheng / Mangayarkarasi Nivaskumar / Xiong Yu / Michael Nilges / Edward H Egelman / Nadia Izadi-Pruneyre / Olivera Francetic /
要旨: Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of ...Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of inner membrane-anchored fibres called pseudopili. Although efficient pseudopilus assembly is essential for protein secretion, structure-based functional analyses are required to unravel the mechanistic link between these processes. Here, we report an atomic model for a T2SS pseudopilus from Klebsiella oxytoca, obtained by fitting the NMR structure of its calcium-bound subunit PulG into the ~5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of assembled fibres. This structure reveals the comprehensive network of inter-subunit contacts and unexpected features, including a disordered central region of the PulG helical stem, and highly flexible C-terminal residues on the fibre surface. NMR, mutagenesis and functional analyses highlight the key role of calcium in PulG folding and stability. Fibre disassembly in the absence of calcium provides a basis for pseudopilus length control, essential for protein secretion, and supports the Archimedes screw model for the type 2 secretion mechanism.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年10月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02017年10月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年10月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年10月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8812
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8812
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein G
B: General secretion pathway protein G
C: General secretion pathway protein G
D: General secretion pathway protein G
E: General secretion pathway protein G
F: General secretion pathway protein G
G: General secretion pathway protein G
H: General secretion pathway protein G
I: General secretion pathway protein G
J: General secretion pathway protein G
K: General secretion pathway protein G
L: General secretion pathway protein G
M: General secretion pathway protein G
N: General secretion pathway protein G
O: General secretion pathway protein G
P: General secretion pathway protein G
Q: General secretion pathway protein G
R: General secretion pathway protein G
S: General secretion pathway protein G
T: General secretion pathway protein G
U: General secretion pathway protein G
V: General secretion pathway protein G
W: General secretion pathway protein G
X: General secretion pathway protein G
Y: General secretion pathway protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,13950
ポリマ－363,13725
非ポリマー1,00225
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area89630 Å2
ΔGint-692 kcal/mol
Surface area128840 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
General secretion pathway protein G / General secretion pathway protein GspG


分子量: 14525.482 Da / 分子数: 25 / 断片: UNP residues 7-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pulG, AB185_31145, SAMEA2273639_02747 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3SCW3
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: PulG pseudopilus / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1819

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFIND3CTF補正
8PHENIXモデル精密化
13IHRSR３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 83.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85619 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01249625
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.43190250
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.06419400
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0683900
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00811075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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