[日本語] English
万見
- EMDB-8610: Structure of E. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8610
タイトルStructure of E. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
マップデータE. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
試料
  • 複合体: MlaFEDB
    • タンパク質・ペプチド: MlaF
    • タンパク質・ペプチド: MlaE
    • タンパク質・ペプチド: MlaD
    • タンパク質・ペプチド: MlaB
機能・相同性Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / 細胞膜 / Intermembrane transport protein PqiB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Bhabha G / Ekiert DC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM112982 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2140-12 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Architectures of Lipid Transport Systems for the Bacterial Outer Membrane.
著者: Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Georgia L Isom / Garrett Greenan / Sergey Ovchinnikov / Ian R Henderson / Jeffery S Cox / Ronald D Vale /
要旨: How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) ...How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) protein family form hexameric assemblies with a central channel capable of mediating lipid transport. The E. coli MCE protein, MlaD, forms a ring associated with an ABC transporter complex in the inner membrane. A soluble lipid-binding protein, MlaC, ferries lipids between MlaD and an outer membrane protein complex. In contrast, EM structures of two other E. coli MCE proteins show that YebT forms an elongated tube consisting of seven stacked MCE rings, and PqiB adopts a syringe-like architecture. Both YebT and PqiB create channels of sufficient length to span the periplasmic space. This work reveals diverse architectures of highly conserved protein-based channels implicated in the transport of lipids between the membranes of bacteria and some eukaryotic organelles.
履歴
登録2017年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月12日-
マップ公開2017年4月12日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8610.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.139 / ムービー #1: 0.139
最小 - 最大-0.35875395 - 0.62261736
平均 (標準偏差)0.007208153 (±0.041473098)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ686868
Spacing686868
セルA=B=C: 206.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.033.033.03
M x/y/z686868
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z206.040206.040206.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS686868
D min/max/mean-0.3590.6230.007

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : MlaFEDB

全体名称: MlaFEDB
要素
  • 複合体: MlaFEDB
    • タンパク質・ペプチド: MlaF
    • タンパク質・ペプチド: MlaE
    • タンパク質・ペプチド: MlaD
    • タンパク質・ペプチド: MlaB

-
超分子 #1: MlaFEDB

超分子名称: MlaFEDB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: MlaF

分子名称: MlaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEQSVANLVD MRDVSFTRGN RCIFDNISL TVPRGKITAI M GPSGIGKT TLLRLIGGQI AP DHGEILF DGENIPAMSR SRL YTVRKR MSMLFQSGAL FTDM NVFDN VAYPLREHTQ LPAPL LHST VMMKLEAVGL RGAAKL MPS ELSGGMARRA ALARAIA LE ...文字列:
MEQSVANLVD MRDVSFTRGN RCIFDNISL TVPRGKITAI M GPSGIGKT TLLRLIGGQI AP DHGEILF DGENIPAMSR SRL YTVRKR MSMLFQSGAL FTDM NVFDN VAYPLREHTQ LPAPL LHST VMMKLEAVGL RGAAKL MPS ELSGGMARRA ALARAIA LE PDLIMFDEPF VGQDPITM G VLVKLISELN SALGVTCVV VSHDVPEVLS IADHAWILAD KKIVAHGSA QALQANPDPR V RQFLDGIA DGPVPFRYPA GD YHADLLP GS

-
分子 #2: MlaE

分子名称: MlaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLLNALASLG HKGIKTLRTF GRAGLMLFN ALVGKPEFRK H APLLVRQL YNVGVLSMLI IV VSGVFIG MVLGLQGYLV LTT YSAETS LGMLVALSLL RELG PVVAA LLFAGRAGSA LTAEI GLMR ATEQLSSMEM MAVDPL RRV ISPRFWAGVI SLPLLTV IF ...文字列:
MLLNALASLG HKGIKTLRTF GRAGLMLFN ALVGKPEFRK H APLLVRQL YNVGVLSMLI IV VSGVFIG MVLGLQGYLV LTT YSAETS LGMLVALSLL RELG PVVAA LLFAGRAGSA LTAEI GLMR ATEQLSSMEM MAVDPL RRV ISPRFWAGVI SLPLLTV IF VAVGIWGGSL VGVSWKGI D SGFFWSAMQN AVDWRMDLV NCLIKSVVFA ITVTWISLFN GYDAIPTSA GISRATTRTV V HSSLAVLG LDFVLTALMF GN

-
分子 #3: MlaD

分子名称: MlaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHQHQ HENLYFQGMQ TKKNEIWVG IFLLAALLAA L FVCLKAAN VTSIRTEPTY TL YATFDNI GGLKARSPVS IGG VVVGRV ADITLDPKTY LPRV TLEIE QRYNHIPDTS SLSIR TSGL LGEQYLALNV GFEDPE LGT AILKDGDTIQ DTKSAMV LE ...文字列:
MHHHHHHQHQ HENLYFQGMQ TKKNEIWVG IFLLAALLAA L FVCLKAAN VTSIRTEPTY TL YATFDNI GGLKARSPVS IGG VVVGRV ADITLDPKTY LPRV TLEIE QRYNHIPDTS SLSIR TSGL LGEQYLALNV GFEDPE LGT AILKDGDTIQ DTKSAMV LE DLIGQFLYGS KGDDNKNS G DAPAAAPGNN ETTEPVGTT K

-
分子 #4: MlaB

分子名称: MlaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSESLSWMQT GDTLALSGEL DQDVLLPLW EMREEAVKGI T CIDLSRVS RVDTGGLALL LH LIDLAKK QGNNVTLQGV NDK VYTLAK LYNLPADVLP R

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, and exchanged from DDM into amphipol A8-35 as described in the manuscript
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2 / 詳細: 80 e/A2 is total dose for 50 frames
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND4
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 28012

-
原子モデル構築 1

詳細crystal structure of MlaD and homology models for MlaF, MlaE and MlaB were fit into the density as described in the manuscript
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る