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万見
- EMDB-8609: Cleaved Cowpea Mosaic Virus (CPMV) eVLP structure refined from a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8609
タイトルCleaved Cowpea Mosaic Virus (CPMV) eVLP structure refined from a small subset of data from the cryo-EM reconstruction of uncleaved eVLP reported previously
マップデータCowpea mosaic virus (CPMV) cleaved eVLP structure
試料
  • ウイルス: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hesketh EL / Thompson RF / Ranson NA
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The structures of a naturally empty cowpea mosaic virus particle and its genome-containing counterpart by cryo-electron microscopy.
著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Rebecca F Thompson / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. ...Cowpea mosaic virus (CPMV) is a picorna-like plant virus. As well as an intrinsic interest in CPMV as a plant pathogen, CPMV is of major interest in biotechnology applications such as nanotechnology. Here, we report high resolution cryo electron microscopy (cryo-EM) maps of wild type CPMV containing RNA-2, and of naturally-formed empty CPMV capsids. The resolution of these structures is sufficient to visualise large amino acids. We have refined an atomic model for each map and identified an essential amino acid involved in genome encapsidation. This work has furthered our knowledge of Picornavirales genome encapsidation and will assist further work in the development of CPMV as a biotechnological tool.
履歴
登録2017年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年4月12日-
更新2018年1月31日-
現状2018年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8609.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cowpea mosaic virus (CPMV) cleaved eVLP structure
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.0803581 - 0.20112681
平均 (標準偏差)0.0021032945 (±0.012859347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 499.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z499.200499.200499.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0800.2010.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cowpea mosaic virus

全体名称: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
要素
  • ウイルス: Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)

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超分子 #1: Cowpea mosaic virus

超分子名称: Cowpea mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Empty virus like particles (eVLPs) produced by expressing a coat precursor protein VP60 which expressed both large and small proteins and the 24K protease in N. benthamiana
NCBI-ID: 12264 / 生物種: Cowpea mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Vigna unguiculata (ササゲ)
Host system生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
分子量理論値: 3.87 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 280.0 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: Phosphate buffer pH 7.0
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 94 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 134615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 134615
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1135 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 62514
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Sphere with a radius of 155 A
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 1537
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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