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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8481 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of tetrameric HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome | ||||||||||||
マップデータ | cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | integrase / integration / transposase / transesterification / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA endonuclease activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...RNA endonuclease activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lyumkis D / Passos D | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structures and atomic model of the HIV-1 strand transfer complex intasome. 著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Renbin Yang / Stephanie V Rebensburg / Rodolfo Ghirlando / Youngmin Jeon / Nikoloz Shkriabai / Mamuka Kvaratskhelia / Robert Craigie / Dmitry Lyumkis / 要旨: Like all retroviruses, HIV-1 irreversibly inserts a viral DNA (vDNA) copy of its RNA genome into host target DNA (tDNA). The intasome, a higher-order nucleoprotein complex composed of viral integrase ...Like all retroviruses, HIV-1 irreversibly inserts a viral DNA (vDNA) copy of its RNA genome into host target DNA (tDNA). The intasome, a higher-order nucleoprotein complex composed of viral integrase (IN) and the ends of linear vDNA, mediates integration. Productive integration into host chromatin results in the formation of the strand transfer complex (STC) containing catalytically joined vDNA and tDNA. HIV-1 intasomes have been refractory to high-resolution structural studies. We used a soluble IN fusion protein to facilitate structural studies, through which we present a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the core tetrameric HIV-1 STC and a higher-order form that adopts carboxyl-terminal domain rearrangements. The distinct STC structures highlight how HIV-1 can use the common retroviral intasome core architecture to accommodate different IN domain modules for assembly. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8481.map.gz | 23.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8481-v30.xml emd-8481.xml | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8481_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8481.png | 172.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8481.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_8481_half_map_1.map.gz emd_8481_half_map_2.map.gz | 2.8 MB 2.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8481 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8481_validation.pdf.gz | 644.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8481_full_validation.pdf.gz | 644.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8481_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8481_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8481 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer...
ファイル | emd_8481_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome, map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer...
ファイル | emd_8481_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome, map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Int...
全体 | 名称: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with the product of DNA strand transfer |
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要素 |
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-超分子 #1: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Int...
超分子 | 名称: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with the product of DNA strand transfer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 228 KDa |
-分子 #1: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera
分子 | 名称: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 42.320273 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGG GGGGGGFLDG IDKAQEEHEK YHSNWRAMAS DFNLPPVVAK EIVASCDKCQ LKGEAMHGQV DCSPGIWQLD C THLEGKVI ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGG GGGGGGFLDG IDKAQEEHEK YHSNWRAMAS DFNLPPVVAK EIVASCDKCQ LKGEAMHGQV DCSPGIWQLD C THLEGKVI LVAVHVASGY IEAEVIPAET GQETAYFLLK LAGRWPVKTV HTDNGSNFTS TTVKAACWWA GIKQEFGIPY NP QSQGVIQ SMNKELKKII GQVRDQAEHL KTAVQMAVFI HNFKRKGGIG GYSAGERIVD IIATDIQTKE LQKQITKIQN FRV YYRDSR DPVWKGPAKL LWKGEGAVVI QDNSDIKVVP RRKAKIIRDY GKQMAGDDCV ASRQDED UniProtKB: DNA-binding protein, Integrase |
-分子 #2: DNA (11-MER)
分子 | 名称: DNA (11-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.349197 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DT) |
-分子 #3: DNA (23-MER)
分子 | 名称: DNA (23-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.015546 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG) |
-分子 #4: DNA (37-MER)
分子 | 名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.414358 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Sample containing HIV STC intasomes in SEC buffer was applied onto freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey gold UltrAuFoil grids (Quantifoil), adsorbed for 30 ...詳細: Sample containing HIV STC intasomes in SEC buffer was applied onto freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey gold UltrAuFoil grids (Quantifoil), adsorbed for 30 seconds, then plunged into liquid ethane using a manual cryo-plunger in an ambient environment of 4 degrees C.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1225 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 95.0 e/Å2 詳細: Individual frames were gain-corrected, aligned, and summed with the application of an exposure filter using MotionCor2, according to the nominal dose rate. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | To generate ensemble models, the complete intasome model was iteratively relaxed - using two-fold symmetry and a combination of Rosetta and Phenix - against one half map (the working map) and inspected for consistency with the second half map (the free map). The model was then adjusted manually using Coot. Final ensemble modeling used half maps for all aspects of refinement and evaluation: 500 models were generated as described using Rosetta. From the 100 top-scoring models (scored by Rosetta energy), the ten models with the best map-to-model FSC were selected and refined in real space using secondary-structure restraints in Phenix. Molprobity was used throughout the refinement process. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 180 / 当てはまり具合の基準: FSC 0.5 |
得られたモデル | PDB-5u1c: |