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- EMDB-8434: Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly inter... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8434
タイトルStructure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class A
マップデータClass A L17-Depleted 50S Ribosomal Intermediate - Sharpened
試料bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class A:
由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 6.5Å分解能
データ登録者Tan Y / Davis JH / Lyumkis D
引用ジャーナル: Cell / : 2016
タイトル: Modular Assembly of the Bacterial Large Ribosomal Subunit.
著者: Joseph H Davis / Yong Zi Tan / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Dmitry Lyumkis / James R Williamson
要旨: The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as ...The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as few intermediates have been isolated and thoroughly characterized. Herein, we deploy a genetic system to starve cells of an essential ribosomal protein, which results in the accumulation of assembly intermediates that are competent for maturation. Quantitative mass spectrometry and single-particle cryo-electron microscopy reveal 13 distinct intermediates, which were each resolved to ∼4-5 Å resolution and could be placed in an assembly pathway. We find that ribosome biogenesis is a parallel process, that blocks of structured rRNA and proteins assemble cooperatively, and that the entire process is dynamic and can be "re-routed" through different pathways as needed. This work reveals the complex landscape of ribosome assembly in vivo and provides the requisite tools to characterize additional assembly pathways for ribosomes and other macromolecular machines.
日付登録: 2016年10月21日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2016年12月14日 / マップ公開: 2016年12月14日 / 最新の更新: 2018年3月7日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.035
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_8434.map.gz (map file in CCP4 format, 131073 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
320 pix
1.31 Å/pix.
= 419.2 Å
320 pix
1.31 Å/pix.
= 419.2 Å
320 pix
1.31 Å/pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面のレベル:0.0436 (by author), 0.035 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.065385886 - 0.11887856
平均 (標準偏差)-0.0011801925 (0.008011028)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions320320320
Origin0.00.00.0
Limit319.0319.0319.0
Spacing320320320
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z419.200419.200419.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0650.119-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8434_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX
投影像
断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class A

全体名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class A
詳細: E. coli large ribosome subunit purified from bL17-depleted cells.
構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediat...

タンパク質名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class A
詳細: E. coli large ribosome subunit purified from bL17-depleted cells.
組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌) / : NCM3722 rplQ::cat, pHSL-rplQ

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液緩衝液: Most of the sucrose was removed by spin concentration
pH: 7.5
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 80 % / 詳細: 3 microliter of the sample was added..

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
詳細: In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data was acquired using tilts ranging from 10-60 degrees, in addition to untilted images at 0 degrees. The CTF was estimated on a per-particle basis to account for the gradient of CTF values across individual micrographs
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 34.27 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 22500.0 X (公称値), 38167.0 X (実測値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1000.0 - 3500.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2479 / サンプリングサイズ: 5 microns
Raw dataEMPIAR-10076 (タイトル: CryoEM Dataset of L17-Depleted 50S Ribosomal Intermediates
Data size: 50.3
Data #1: Particle stack of L17-depleted 50S Ribosomal Assembly Intermediates [picked particles - multiframe - unprocessed])

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 2018
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: FREALIGN / 分解能: 6.5 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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