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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7481 | |||||||||
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タイトル | The tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (3736 axonemal repeats) of isolated Chlamydomonas wild type cilia | |||||||||
マップデータ | Cryo-electron tomography and subtomographic average (3736 axonemal repeats) of isolated axonemes from Chlamydomonas wide type | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Fu G / Wang Q / Phan N / Urbanska P / Joachimiak E / Lin J / Wloga D / Nicastro D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018 タイトル: The I1 dynein-associated tether and tether head complex is a conserved regulator of ciliary motility. 著者: Gang Fu / Qian Wang / Nhan Phan / Paulina Urbanska / Ewa Joachimiak / Jianfeng Lin / Dorota Wloga / Daniela Nicastro / 要旨: Motile cilia are essential for propelling cells and moving fluids across tissues. The activity of axonemal dynein motors must be precisely coordinated to generate ciliary motility, but their ...Motile cilia are essential for propelling cells and moving fluids across tissues. The activity of axonemal dynein motors must be precisely coordinated to generate ciliary motility, but their regulatory mechanisms are not well understood. The tether and tether head (T/TH) complex was hypothesized to provide mechanical feedback during ciliary beating because it links the motor domains of the regulatory I1 dynein to the ciliary doublet microtubule. Combining genetic and biochemical approaches with cryoelectron tomography, we identified FAP44 and FAP43 (plus the algae-specific, FAP43-redundant FAP244) as T/TH components. WT-mutant comparisons revealed that the heterodimeric T/TH complex is required for the positional stability of the I1 dynein motor domains, stable anchoring of CK1 kinase, and proper phosphorylation of the regulatory IC138-subunit. T/TH also interacts with inner dynein arm d and radial spoke 3, another important motility regulator. The T/TH complex is a conserved regulator of I1 dynein and plays an important role in the signaling pathway that is critical for normal ciliary motility. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7481.map.gz | 432.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7481-v30.xml emd-7481.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7481.png | 58.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7481 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7481_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7481_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7481_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7481 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 516.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-electron tomography and subtomographic average (3736 axonemal repeats) of isolated axonemes from Chlamydomonas wide type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 9.856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The tether and tether head complex and I1 dynein complex extracte...
全体 | 名称: The tether and tether head complex and I1 dynein complex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (3736 axonemal repeats) of isolated Chlamydomonas wild type cilia |
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要素 |
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-超分子 #1: The tether and tether head complex and I1 dynein complex extracte...
超分子 | 名称: The tether and tether head complex and I1 dynein complex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (3736 axonemal repeats) of isolated Chlamydomonas wild type cilia タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: wild type |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solutions were freshly made before use. | ||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF 2000 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 13500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD ソフトウェア - 詳細: fiducial alignment and weighted backprojection 使用したサブトモグラム数: 3736 |
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抽出 | トモグラム数: 25 / 使用した粒子像数: 3736 / ソフトウェア - 名称: MATLAB |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET |