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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7479 | |||||||||
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タイトル | Cdc48-Npl4 complex in the presence of ADP | |||||||||
マップデータ | Cdc48-Npl4 complex in the presence of ATP-gamma-S | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim KH / Bodnar NO | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structure of the Cdc48 ATPase with its ubiquitin-binding cofactor Ufd1-Npl4. 著者: Nicholas O Bodnar / Kelly H Kim / Zhejian Ji / Thomas E Wales / Vladimir Svetlov / Evgeny Nudler / John R Engen / Thomas Walz / Tom A Rapoport / 要旨: Many polyubiquitinated proteins are extracted from membranes or complexes by the conserved ATPase Cdc48 (in yeast; p97 or VCP in mammals) before proteasomal degradation. Each Cdc48 hexamer contains ...Many polyubiquitinated proteins are extracted from membranes or complexes by the conserved ATPase Cdc48 (in yeast; p97 or VCP in mammals) before proteasomal degradation. Each Cdc48 hexamer contains two stacked ATPase rings (D1 and D2) and six N-terminal (N) domains. Cdc48 binds various cofactors, including the Ufd1-Npl4 heterodimer. Here, we report structures of the Cdc48-Ufd1-Npl4 complex from Chaetomium thermophilum. Npl4 interacts through its UBX-like domain with a Cdc48 N domain, and it uses two Zn-finger domains to anchor the enzymatically inactive Mpr1-Pad1 N-terminal (MPN) domain, homologous to domains found in several isopeptidases, to the top of the D1 ATPase ring. The MPN domain of Npl4 is located above Cdc48's central pore, a position similar to the MPN domain from deubiquitinase Rpn11 in the proteasome. Our results indicate that Npl4 is unique among Cdc48 cofactors and suggest a mechanism for binding and translocation of polyubiquitinated substrates into the ATPase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7479.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7479-v30.xml emd-7479.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7479_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7479.png | 114.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7479 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7479 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cdc48-Npl4 complex in the presence of ATP-gamma-S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cdc48-Npl4/Ufd1 complex
全体 | 名称: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex
超分子 | 名称: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Cdc48
分子 | 名称: Cdc48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAPESKDHKK KVNLTDPSGA EHREENDTAT AILKKKKKPN QLMVTDAVND DNSIIALSNN TMEALQLFRG DTVLVRGKKR RDTVLIVLAD DDLDDGSARI NRVVRHNLRV KHGDMITIHP CPDIKYAKRI AVLPIADTVE GLTGSLFDVF LAPYFREAYR PVRQGDLFTV ...文字列: MAPESKDHKK KVNLTDPSGA EHREENDTAT AILKKKKKPN QLMVTDAVND DNSIIALSNN TMEALQLFRG DTVLVRGKKR RDTVLIVLAD DDLDDGSARI NRVVRHNLRV KHGDMITIHP CPDIKYAKRI AVLPIADTVE GLTGSLFDVF LAPYFREAYR PVRQGDLFTV RGGMRQVEFK VVEVDPPEYG IVAQDTIIHC EGEPIPREEE ENNLNEVGYD DIGGCRKQLA QIREMVELPL RHPQLFKSIG IKPPRGVLLY GPPGTGKTLM ARAVANETGA FFFLINGPEI MSKMAGESES NLRKAFEEAE KNSPAIIFID EIDSIAPKRE KTNGEVERRV VSQLLTLMDG MKARSNVVVM AATNRPNSID PALRRFGRFD REVDIGIPDP TGRLEILQIH TKNMKLADDV DLEQIAAETH GYVGSDLAAL CSEAAMQQIR EKMDLIDLDE DTIDAEVLDS LGVTMDNFRY ALGVSNPSAL REVAVVEVPN VRWEDIGGLE QVKQELKEQV QYPVDHPEKF LKFGLSPSRG VLFYGPPGTG KTMLAKAVAN ECAANFISVK GPELLSMWFG ESESNIRDIF DKARAAAPCV VFLDELDSIA KARGGSIGDA GGASDRVVNQ LLTEMDGMTS KKNVFVIGAT NRPEQLDPAL CRPGRLDQLI YVPLPDEAGR LSILKAQLRK TPVSKDVDLA YIASKTHGFS GADLAFITQR AVKLAIKESI AAEIERQKAR EAAGEDVNME DDEDPVPELT KRHFEEAMRD ARRSVSDVEI RRYEAFAQQM KNAGPGAFFK FPDSTTDNSA SNAAGNSFGD AGNDDDLYT |
-分子 #2: Npl4
分子 | 名称: Npl4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLLRMRCPDG MFRLTVEKDD TFGELVRQLV PKLPPTVDPK SITLSNHPSG GDSKRIDEIA RFKIGQVGHG DLIFVRYQTS DTVANGRSVD ISSQTAGLSS SANRLNGKPV LPTEDHPIDP PPNTSAERIK NPWEVVRQSP LDDRLDKLDG KIPRKRGAMC RHGPKGMCDY ...文字列: MLLRMRCPDG MFRLTVEKDD TFGELVRQLV PKLPPTVDPK SITLSNHPSG GDSKRIDEIA RFKIGQVGHG DLIFVRYQTS DTVANGRSVD ISSQTAGLSS SANRLNGKPV LPTEDHPIDP PPNTSAERIK NPWEVVRQSP LDDRLDKLDG KIPRKRGAMC RHGPKGMCDY CTPLDPFNPQ YLEEKKIKYM SVHAYMRKIN SATNRPELGS SFIPPLVEPY YRVKRDCPSG HPQWPEGICT KCQPSAITLQ PQPFRMVDHV EFASPQIIDR FLDAWRRTGV QRLGILYGRY LEYDAVPLGI KAVVEAIYEP PQVDEIDGIT LNPWENEQEV NQVAKYCGLE QVGVIWTDLL DAGKGDGSVV CKRHADSYFL AAQEIVFAAR LQAQHPKPSK WSDTGRFGSN FVTCVVSGNE QGEISISAYQ MSNDAVEMVR ADIIEPSADP TLMLVREEEE DDGSPSKTRY IPEVFYRKIN EYGANVLENA KPAFPVEYLF VTLTHGFPDS PSPLFTDNIF PIENREYVGE AQEVSAVAKA LKVHEADAPM NVSDFHLLCF IHQMSVLSKE EEALLCRVAT LHDLAESFQL RSTTGWQTLH MILQSTGERV PKRPRFSDNV PSSSQDTQEA LGGNNLDPGE PLAKRFAAVR LNENNQSSPK PYAPSRWNL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 3279 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |