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万見
- EMDB-7303: Structure of histone H3k4 methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7303
タイトルStructure of histone H3k4 methyltransferase
マップデータStructure of histone H3k4 methyltransferase
試料
  • 複合体: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specificヒストンメチルトランスフェラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component BRE2
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SDC1
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SPP1
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SWD1
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SWD3
キーワードHistone H3K4 Methyltransferase / GENE REGULATION-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / : / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / Set1C/COMPASS complex / subtelomeric heterochromatin formation / methylated histone binding / telomere maintenance / 染色体 / histone binding ...regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / : / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / Set1C/COMPASS complex / subtelomeric heterochromatin formation / methylated histone binding / telomere maintenance / 染色体 / histone binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase Set1, fungi / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Spp1/CFP1 / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / : / Dpy-30 motif ...Histone-lysine N-methyltransferase Set1, fungi / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone lysine methyltransferase SET associated / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / COMPASS complex Set1 subunit, N-SET domain / Spp1/CFP1 / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component N / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific / COMPASS component SWD3 / COMPASS component SWD1 / COMPASS component BRE2 / COMPASS component SPP1 / COMPASS component SDC1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Skiniotis G / Qu QH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)DK090165 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Conformational Dynamics of a COMPASS Histone H3K4 Methyltransferase Complex.
著者: Qianhui Qu / Yoh-Hei Takahashi / Yidai Yang / Hongli Hu / Yan Zhang / Joseph S Brunzelle / Jean-Francois Couture / Ali Shilatifard / Georgios Skiniotis /
要旨: The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity ...The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity of the catalytic SET domain (su(var)3-9, enhancer-of-zeste, and trithorax) is endowed through forming a complex with a set of core proteins that are widely shared from yeast to humans. We obtained cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps of the yeast Set1/COMPASS core complex at overall 4.0- to 4.4-Å resolution, providing insights into its structural organization and conformational dynamics. The Cps50 C-terminal tail weaves within the complex to provide a central scaffold for assembly. The SET domain, snugly positioned at the junction of the Y-shaped complex, is extensively contacted by Cps60 (Bre2), Cps50 (Swd1), and Cps30 (Swd3). The mobile SET-I motif of the SET domain is engaged by Cps30, explaining its key role in COMPASS catalytic activity toward higher H3K4 methylation states.
履歴
登録2017年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月24日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6bx3
  • 表面レベル: 0.16
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of histone H3k4 methyltransferase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16 / ムービー #1: 0.16
最小 - 最大-0.35399103 - 0.9483957
平均 (標準偏差)0.0005927296 (±0.029994143)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.3540.9480.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps...

全体名称: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60
要素
  • 複合体: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specificヒストンメチルトランスフェラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component BRE2
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SDC1
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SPP1
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SWD1
    • タンパク質・ペプチド: COMPASS component SWD3

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超分子 #1: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps...

超分子名称: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

分子名称: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヒストンメチルトランスフェラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789
分子量理論値: 32.162402 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KIWQSRRKTL EEEKASDWQI ELNGTLFDSE LQPGSSFKAE GFRKVTDKLK INYLPHRRRV HQPLNTVNIH NERNEYTPEL CQREESSNK EPSDSVPQEV SSSRDNRASN RRFQQDIEAQ KAAIGTESEL LSLNQLNKRK KPVMFARSAI HNWGLYALDS I AAKEMIIE ...文字列:
KIWQSRRKTL EEEKASDWQI ELNGTLFDSE LQPGSSFKAE GFRKVTDKLK INYLPHRRRV HQPLNTVNIH NERNEYTPEL CQREESSNK EPSDSVPQEV SSSRDNRASN RRFQQDIEAQ KAAIGTESEL LSLNQLNKRK KPVMFARSAI HNWGLYALDS I AAKEMIIE YVGERIRQPV AEMREKRYLK NGIGSSYLFR VDENTVIDAT KKGGIARFIN HCCDPNCTAK IIKVGGRRRI VI YALRDIA ASEELTYDYK FEREKDDEER LPCLCGAPNC K

UniProtKB: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

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分子 #2: COMPASS component BRE2

分子名称: COMPASS component BRE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 48.306922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: FDHSGMSVMD RSEGLSISRD GNDLVSVPDQ YGWRTARSDV CIKEGMTYWE VEVIRGGNKK FADGVNNKEN ADDSVDEVQS GIYEKMHKQ VNDTPHLRFG VCRREASLEA PVGFDVYGYG IRDISLESIH EGKLNCVLEN GSPLKEGDKI GFLLSLPSIH T QIKQAKEF ...文字列:
FDHSGMSVMD RSEGLSISRD GNDLVSVPDQ YGWRTARSDV CIKEGMTYWE VEVIRGGNKK FADGVNNKEN ADDSVDEVQS GIYEKMHKQ VNDTPHLRFG VCRREASLEA PVGFDVYGYG IRDISLESIH EGKLNCVLEN GSPLKEGDKI GFLLSLPSIH T QIKQAKEF TKRRIFALNS HMDTMNEPWR EDAENGPSRK KLKQETTNKE FQRALLEDIE YNDVVRDQIA IRYKNQLFFE AT DYVKTTK PEYYSSDKRE RQDYYQLEDS YLAIFQNGKY LGKAFENLKP LLPPFSELQY NEKFYLGYWQ HGEARDESND KNT TSAKKK KQQQKKKKGL ILRNKYVNNN KLGYYPTISC FNGGTARIIS EEDKLEYLDQ IRSAYCVDGN SKVNTLDTLY KEQI AEDIV WDIIDELEQI AL

UniProtKB: COMPASS component BRE2

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分子 #3: COMPASS component SDC1

分子名称: COMPASS component SDC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 4.810553 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
TRKYLNTNVT PHLLAGMRLI AVQQPEDPLR VLGEYLIEQS NI

UniProtKB: COMPASS component SDC1

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分子 #4: COMPASS component SPP1

分子名称: COMPASS component SPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.189033 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HGREFVNDIW SRLKTDEDRA VVKKMVEQTG HIDKFKKFGQ LDFIDNNIVV KTDDEKEIFD QIVVRDMTLK TLEDDLQEVQ EISLPLFKK KLELLEVYLG WLDNVYTEMR KLDDDAASHV ECGKEDSKGT KRKKKKNSSR SRARKNICGY CSTYERIPCS V EEFVRDFG ...文字列:
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UniProtKB: COMPASS component SPP1

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分子 #5: COMPASS component SWD1

分子名称: COMPASS component SWD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.047637 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: NILLQDPFAV LKEHPEKLTH TIENPLRTEC LQFSPCGDYL ALGCANGALV IYDMDTFRPI CVPGNMLGAH VRPITSIAWS PDGRLLLTS SRDWSIKLWD LSKPSKPLKE IRFDSPIWGC QWLDAKRRLC VATIFEESDA YVIDFSNDPV ASLLSKSDEK Q LSSTPDHG ...文字列:
NILLQDPFAV LKEHPEKLTH TIENPLRTEC LQFSPCGDYL ALGCANGALV IYDMDTFRPI CVPGNMLGAH VRPITSIAWS PDGRLLLTS SRDWSIKLWD LSKPSKPLKE IRFDSPIWGC QWLDAKRRLC VATIFEESDA YVIDFSNDPV ASLLSKSDEK Q LSSTPDHG YVLVCTVHTK HPNIIIVGTS KGWLDFYKFH SLYQTECIHS LKITSSNIKH LIVSQNGERL AINCSDRTIR QY EISIDDE NSAVELTLEH KYQDVINKLQ WNCILFSNNT AEYLVASTHG SSAHELYIWE TTSGTLVRVL EGAEEELIDI NWD FYSMSI VSNGFESGNV YVWSVVIPPK WSALAPDFEE VEENVDYLEK EDEFDEVDEA EQQQGLEQEE EIAIDLRTRE QYDV RGNNL LVERFTI

UniProtKB: COMPASS component SWD1

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分子 #6: COMPASS component SWD3

分子名称: COMPASS component SWD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.655438 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: FQFVTPVGTQ NGLKATCAKI SPDGQFLAIT QGLNILIYDI NRRTVSQTLV TSHARPFSEL CWSPDGQCIA TASDDFSVEI IHLSYGLLH TFIGHTAPVI SLTFNRKGNL LFTSSMDESI KIWDTLNGSL MKTISAHSEA VVSVDVPMND SSILSSGSYD G LIRIFDAE ...文字列:
FQFVTPVGTQ NGLKATCAKI SPDGQFLAIT QGLNILIYDI NRRTVSQTLV TSHARPFSEL CWSPDGQCIA TASDDFSVEI IHLSYGLLH TFIGHTAPVI SLTFNRKGNL LFTSSMDESI KIWDTLNGSL MKTISAHSEA VVSVDVPMND SSILSSGSYD G LIRIFDAE TGHCLKTLTY DKDWKRENGV VPISQVKFSE NARYLLVKSL DGVVKIWDCI GGCVVRTFQV QPLEKGVLHH SC GMDFLNP EDGSTPLVIS GYENGDIYCW NSDTKSLLQL LDGSLYHHSS PVMSIHCFGN IMCSLALNGD CCLWRWV

UniProtKB: COMPASS component SWD3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 9.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 163539
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 163539
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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