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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7038 | |||||||||
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タイトル | RNA Pol II elongation complex bound to Rad26 | |||||||||
マップデータ | Ternary complex of RNA Pol II, transcription scaffold, and Rad26, filtered according to its local resolution | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lahiri I / Leschziner AE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structural basis for the initiation of eukaryotic transcription-coupled DNA repair. 著者: Jun Xu / Indrajit Lahiri / Wei Wang / Adam Wier / Michael A Cianfrocco / Jenny Chong / Alissa A Hare / Peter B Dervan / Frank DiMaio / Andres E Leschziner / Dong Wang / 要旨: Eukaryotic transcription-coupled repair (TCR) is an important and well-conserved sub-pathway of nucleotide excision repair that preferentially removes DNA lesions from the template strand that block ...Eukaryotic transcription-coupled repair (TCR) is an important and well-conserved sub-pathway of nucleotide excision repair that preferentially removes DNA lesions from the template strand that block translocation of RNA polymerase II (Pol II). Cockayne syndrome group B (CSB, also known as ERCC6) protein in humans (or its yeast orthologues, Rad26 in Saccharomyces cerevisiae and Rhp26 in Schizosaccharomyces pombe) is among the first proteins to be recruited to the lesion-arrested Pol II during the initiation of eukaryotic TCR. Mutations in CSB are associated with the autosomal-recessive neurological disorder Cockayne syndrome, which is characterized by progeriod features, growth failure and photosensitivity. The molecular mechanism of eukaryotic TCR initiation remains unclear, with several long-standing unanswered questions. How cells distinguish DNA lesion-arrested Pol II from other forms of arrested Pol II, the role of CSB in TCR initiation, and how CSB interacts with the arrested Pol II complex are all unknown. The lack of structures of CSB or the Pol II-CSB complex has hindered our ability to address these questions. Here we report the structure of the S. cerevisiae Pol II-Rad26 complex solved by cryo-electron microscopy. The structure reveals that Rad26 binds to the DNA upstream of Pol II, where it markedly alters its path. Our structural and functional data suggest that the conserved Swi2/Snf2-family core ATPase domain promotes the forward movement of Pol II, and elucidate key roles for Rad26 in both TCR and transcription elongation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7038.map.gz | 118.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7038-v30.xml emd-7038.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7038_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7038.png | 79.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7038 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7038 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7038_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7038_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7038_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7038 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7038 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ternary complex of RNA Pol II, transcription scaffold, and Rad26, filtered according to its local resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of RNA Pol II, transcription scaffold, and Rad26
全体 | 名称: Complex of RNA Pol II, transcription scaffold, and Rad26 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of RNA Pol II, transcription scaffold, and Rad26
超分子 | 名称: Complex of RNA Pol II, transcription scaffold, and Rad26 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: The map is filtered according to its local resolution. |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 7.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |