+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6888 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of HBV Cp164 capsid treated with micrococcal nuclease | |||||||||
マップデータ | HBV Cp-164 capsid treated with micrococcal nuclease | |||||||||
試料 | HBV core protein-164 != Hepatitis B virus HBV core protein-164
| |||||||||
生物種 | Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | |||||||||
データ登録者 | He J / Li Z / Gao Y / Yan D / Sun J / Zhang Q / Liu S | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Insights into the Structural Organization of Carboxy-Terminal Domain via Nuclease Sensitivity of Hepatitis B Virus Capsid 著者: He J / Li Z / Gao Y / Yan D / Sun J / Zhang Q / Liu S | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6888.map.gz | 228.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6888-v30.xml emd-6888.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6888_fsc.xml | 16 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6888.png | 318.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6888 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6888 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | HBV Cp-164 capsid treated with micrococcal nuclease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HBV core protein-164
全体 | 名称: HBV core protein-164 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Hepatitis B virus
超分子 | 名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: HBV core protein-164
分子 | 名称: HBV core protein-164 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDIDPYKEFG ASVELLSFLP SDFFPSIRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMNLAT WVGSNLEDPA SRELVVSYVN VNMGLKIRQL LWFHISCLTF GRETVLEYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL STLPETTVVR RRGRSPRRRT PSPR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17232 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|