English [日本語]
- EMDB-6165: Essential Structural and Functional Roles of the Cmr4 Subunit in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6165
タイトルEssential Structural and Functional Roles of the Cmr4 Subunit in RNA Cleavage by the Cmr CRISPR-Cas Complex
マップデータReconstruction of Cmr1-6 with crRNA and target RNA
試料Cmr complex with crRNA and target RNA:
Cmr1 / Cmr2Mary River Aerodrome / Cmr3 / Cmr4 / Cmr5 / Cmr6 / (nucleic-acid核酸) x 2
キーワードCRISPR (CRISPR) / Cmr complex / RNA interference (RNAi) / Cmr proteins
由来Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) / unidentified (未定義)
実験手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 13Å分解能
データ登録者Ramia NF / Spilman M / Tang L / Shao Y / Elmore J / Hale C / Cocozaki A / Bhattacharya N / Terns RM / Terns MP / Li H / Stagg SM
引用ジャーナル: Cell Rep / : 2014
タイトル: Essential structural and functional roles of the Cmr4 subunit in RNA cleavage by the Cmr CRISPR-Cas complex.
著者: Nancy F Ramia / Michael Spilman / Li Tang / Yaming Shao / Joshua Elmore / Caryn Hale / Alexis Cocozaki / Nilakshee Bhattacharya / Rebecca M Terns / Michael P Terns / Hong Li / Scott M Stagg
要旨: The Cmr complex is the multisubunit effector complex of the type III-B clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas immune system. The Cmr complex recognizes a target RNA ...The Cmr complex is the multisubunit effector complex of the type III-B clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-Cas immune system. The Cmr complex recognizes a target RNA through base pairing with the integral CRISPR RNA (crRNA) and cleaves the target at multiple regularly spaced locations within the complementary region. To understand the molecular basis of the function of this complex, we have assembled information from electron microscopic and X-ray crystallographic structural studies and mutagenesis of a complete Pyrococcus furiosus Cmr complex. Our findings reveal that four helically packed Cmr4 subunits, which make up the backbone of the Cmr complex, act as a platform to support crRNA binding and target RNA cleavage. Interestingly, we found a hook-like structural feature associated with Cmr4 that is likely the site of target RNA binding and cleavage. Our results also elucidate analogies in the mechanisms of crRNA and target molecule binding by the distinct Cmr type III-A and Cascade type I-E complexes.
日付登録: 2014年10月27日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2014年11月26日 / マップ公開: 2014年12月17日 / 最新の更新: 2014年12月24日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_6165.map.gz (map file in CCP4 format, 16001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
160 pix
2.78 Å/pix.
= 444.8 Å
160 pix
2.78 Å/pix.
= 444.8 Å
160 pix
2.78 Å/pix.
= 444.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度
表面のレベル:5 (by author), 5 (ムービー #1)
最小 - 最大-7.56332922 - 20.09210968
平均 (標準偏差)0E-8 (1)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions160160160
Origin-80-80-80
Limit797979
Spacing160160160
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-7.56320.0920.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 Cmr complex with crRNA and target RNA

全体名称: Cmr complex with crRNA and target RNA / 構成要素数: 8
オリゴマーの状態: 1 Cmr1 : 1 Cmr2 : 1 Cmr3 : 4 Cmr4 : 3 Cmr5 : 1 Cmr6 : 1 crRNA : 1 target RNA

+
構成要素 #1: タンパク質, Cmr1

タンパク質名称: Cmr1 / 個数: 1 / 組換発現: Yes
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #2: タンパク質, Cmr2

タンパク質名称: Cmr2Mary River Aerodrome / 個数: 1 / 組換発現: Yes
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, Cmr3

タンパク質名称: Cmr3 / 組換発現: Yes / 個数: 1
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, Cmr4

タンパク質名称: Cmr4 / 個数: 4 / 組換発現: Yes
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, Cmr5

タンパク質名称: Cmr5 / 個数: 3 / 組換発現: Yes
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, Cmr6

タンパク質名称: Cmr6 / 組換発現: Yes / 個数: 1
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #7: 核酸, crRNA

核酸名称: crRNA / クラス: RNA / 構造: SINGLE STRANDED / 合成: No
由来生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)

+
構成要素 #8: 核酸, target RNA

核酸名称: target RNA / クラス: RNA / 構造: SINGLE STRANDED / 合成: No
由来生物種: unidentified (未定義)

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: ネガティブ染色法
試料溶液緩衝液: 20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 500 mM NaCl, 5% v/v glycerol, 5 mM beta-mercaptoethanol
pH: 7.4
支持膜400 mesh copper grid with thin carbon support
染色2% w/v uranyl formate
急速凍結装置: NONE / 凍結剤: NONE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年11月13日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 15 e/Å2 / Electron beam tilt params: 0 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 59000 X (公称値)
非点収差(補正): Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification.
Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1000 - 2500 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

-
画像取得

画像取得デジタル画像の数: 4478

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / クラス平均の数: 345 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 60293
3次元再構成アルゴリズム: iterative cross correlation against projections of a model
ソフトウェア: EMAN1, Spider / CTF補正: phase flip of each particle / 分解能: 13 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143, semi-independent
FSC曲線
(分解能の算定)

+
万見について

-
お知らせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

+
2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る