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万見
- EMDB-5927: Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Int... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5927
タイトルKinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle
マップデータReconstruction of CVB3 complexed with CAR
試料
  • 試料: Coxsackievirus B3 complexed with CAR
  • ウイルス: Human coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus and adenovirus receptor
キーワードcoxsackievirus b3 / cvb3 / CAR / cryoEM / A-particle
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport / connexin binding / cell-cell junction organization / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / Cell surface interactions at the vascular wall / PDZ domain binding / adherens junction / mitochondrion organization / filopodium / neuromuscular junction / beta-catenin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell junction / cell-cell junction / heart development / virus receptor activity / actin cytoskeleton organization / cell body / growth cone / basolateral plasma membrane / defense response to virus / neuron projection / membrane raft / signaling receptor binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Coxsackievirus and adenovirus receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Organtini LJ / Makhov AM / Conway JF / Hafenstein S / Carson SD
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Kinetic and structural analysis of coxsackievirus B3 receptor interactions and formation of the A-particle.
著者: Lindsey J Organtini / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein / Steven D Carson /
要旨: The coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) has been identified as the cellular receptor for group B coxsackieviruses, including serotype 3 (CVB3). CAR mediates infection by binding to CVB3 and ...The coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) has been identified as the cellular receptor for group B coxsackieviruses, including serotype 3 (CVB3). CAR mediates infection by binding to CVB3 and catalyzing conformational changes in the virus that result in formation of the altered, noninfectious A-particle. Kinetic analyses show that the apparent first-order rate constant for the inactivation of CVB3 by soluble CAR (sCAR) at physiological temperatures varies nonlinearly with sCAR concentration. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of the CVB3-CAR complex resulted in a 9.0-Å resolution map that was interpreted with the four available crystal structures of CAR, providing a consensus footprint for the receptor binding site. The analysis of the cryo-EM structure identifies important virus-receptor interactions that are conserved across picornavirus species. These conserved interactions map to variable antigenic sites or structurally conserved regions, suggesting a combination of evolutionary mechanisms for receptor site preservation. The CAR-catalyzed A-particle structure was solved to a 6.6-Å resolution and shows significant rearrangement of internal features and symmetric interactions with the RNA genome.
IMPORTANCE: This report presents new information about receptor use by picornaviruses and highlights the importance of attaining at least an ∼9-Å resolution for the interpretation of cryo-EM ...IMPORTANCE: This report presents new information about receptor use by picornaviruses and highlights the importance of attaining at least an ∼9-Å resolution for the interpretation of cryo-EM complex maps. The analysis of receptor binding elucidates two complementary mechanisms for preservation of the low-affinity (initial) interaction of the receptor and defines the kinetics of receptor-catalyzed conformational change to the A-particle.
履歴
登録2014年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月9日-
マップ公開2014年4月9日-
更新2014年4月30日-
現状2014年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5927.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 206 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of CVB3 complexed with CAR
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 381 pix.
= 476.25 Å		1.25 Å/pix.
x 381 pix.
= 476.25 Å		1.25 Å/pix.
x 381 pix.
= 476.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.67104959 - 5.68193388
平均 (標準偏差)-0.00000001 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-190-190-190
サイズ381381381
Spacing381381381
セルA=B=C: 476.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.251.251.25
M x/y/z381381381
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z476.250476.250476.250
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-190-190-190
NC/NR/NS381381381
D min/max/mean-4.6715.682-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus B3 complexed with CAR

全体名称: Coxsackievirus B3 complexed with CAR
要素
  • 試料: Coxsackievirus B3 complexed with CAR
  • ウイルス: Human coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus and adenovirus receptor

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超分子 #1000: Coxsackievirus B3 complexed with CAR

超分子名称: Coxsackievirus B3 complexed with CAR / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: purified virus and receptor complex in solution / 集合状態: icosahedral virus / Number unique components: 2
分子量実験値: 7 MDa

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超分子 #1: Human coxsackievirus B3

超分子名称: Human coxsackievirus B3 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CVB3 / 詳細: Virus was incubated with excess CAR at 4 degrees C. / NCBI-ID: 12072 / 生物種: Human coxsackievirus B3 / Sci species strain: CVB3/28 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: CVB3
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1-4 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Coxsackievirus and adenovirus receptor

分子名称: Coxsackievirus and adenovirus receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CAR / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: Coxsackievirus and adenovirus receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 詳細: 50 mM MES, 100 mM NaCl
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon Quantifoil electron microscopy grids
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: CTFFIND3
日付2012年8月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 96 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.66 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.98 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using EMAN.
CTF補正詳細: AUTO3DEM
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 9302

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1f5w


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Situs
詳細The four available CAR structures were fit into the receptor density separately.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j6l:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6m:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6n:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6o:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1kac


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Situs
詳細The four available CAR structures were fit into the receptor density separately.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j6l:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6m:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6n:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6o:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3jz7


Chain - Chain ID: K
ソフトウェア名称: Situs
詳細The four available CAR structures were fit into the receptor density separately.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j6l:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6m:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6n:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6o:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

3mj7


Chain - Chain ID: S
ソフトウェア名称: Situs
詳細The four available CAR structures were fit into the receptor density separately.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j6l:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6m:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6n:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

PDB-3j6o:
Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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