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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5785 | |||||||||
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タイトル | EttA-bound E. coli 70S ribosome complex containing P-site tRNA | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of E. coli 70S ribosome complex containing P-site tRNAfMet and EttA-EQ2 mutant protein | |||||||||
試料 |
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キーワード | protein translation regulation / ABC-F protein family / ribosome / cryo-EM / single-molecule FRET / YjjK | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribosome binding / tRNA binding / rRNA binding / translation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen B / Boel G / Hashem Y / Ning W / Fei J / Wang C / Gonzalez RL / Hunt JF / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014 タイトル: The ABC-F protein EttA gates ribosome entry into the translation elongation cycle. 著者: Grégory Boël / Paul C Smith / Wei Ning / Michael T Englander / Bo Chen / Yaser Hashem / Anthony J Testa / Jeffrey J Fischer / Hans-Joachim Wieden / Joachim Frank / Ruben L Gonzalez / John F Hunt / 要旨: ABC-F proteins have evaded functional characterization even though they compose one of the most widely distributed branches of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. Herein, we demonstrate that ...ABC-F proteins have evaded functional characterization even though they compose one of the most widely distributed branches of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. Herein, we demonstrate that YjjK, the most prevalent eubacterial ABC-F protein, gates ribosome entry into the translation elongation cycle through a nucleotide-dependent interaction sensitive to ATP/ADP ratio. Accordingly, we rename this protein energy-dependent translational throttle A (EttA). We determined the crystal structure of Escherichia coli EttA and used it to design mutants for biochemical studies including enzymological assays of the initial steps of protein synthesis. These studies suggest that EttA may regulate protein synthesis in energy-depleted cells, which have a low ATP/ADP ratio. Consistently with this inference, EttA-deleted cells exhibit a severe fitness defect in long-term stationary phase. These studies demonstrate that an ABC-F protein regulates protein synthesis via a new mechanism sensitive to cellular energy status. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5785.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5785-v30.xml emd-5785.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5785.jpg | 430.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5785 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5785_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5785_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5785_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5785 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of E. coli 70S ribosome complex containing P-site tRNAfMet and EttA-EQ2 mutant protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7116 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2-tRNAfMet
全体 | 名称: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2-tRNAfMet |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2-tRNAfMet
超分子 | 名称: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2-tRNAfMet / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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Ref GO | 0: GO:0042255 |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
分子量 | 実験値: 2.7 MDa |
-分子 #1: Energy-dependent Translational Throttle A (EttA)
分子 | 名称: Energy-dependent Translational Throttle A (EttA) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: YjjK / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 MG1655 |
分子量 | 理論値: 60 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: K-12 MG1655 / 組換プラスミド: pBAD |
配列 | UniProtKB: Energy-dependent translational throttle protein EttA |
-分子 #2: tRNAfMet
分子 | 名称: tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.9 詳細: 50 mM Tris acetate, 100 mM KCl, 5 mM NH4OAc, 3.5 mM Mg(OAc)2, 0.5 mM Ca(OAc)2, 0.1 mM EDTA, 1 mM spermidine, 5 mM putrescine, 6 mM 2-mercaptoethanol, 0.5 mM Mg-ATP |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2/4 300 mesh Cu EM grid, coated with thin carbon film, glow discharged in H2/O2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Wait time 30 sec, blot time 8 sec, at 4 degrees Celsius |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 80 K |
詳細 | Low dose |
日付 | 2011年4月5日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 574 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / 詳細: Used the automatic image collection program Leginon |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 110637 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt cryoholder, liquid Nitrogen cooled 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 80 K |
詳細 | Low dose |
日付 | 2011年6月6日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 1816 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / 詳細: Used the automatic image collection program Leginon |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 110637 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt cryoholder, liquid Nitrogen cooled 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected via automatic particle picking followed by visual verification. 3D classification and refinement were performed using RELION. |
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CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, RELION / 詳細: Subset after RELION 3D classification / 使用した粒子像数: 16639 |