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- EMDB-5740: Structure of an RNA silencing complex of the CRISPR-Cas immune system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5740
タイトルStructure of an RNA silencing complex of the CRISPR-Cas immune system
マップデータSingle particle reconstruction of Cmr effector complex
試料
  • 試料: Cmr1-6 effector complex
  • タンパク質・ペプチド: Cmr1TRPM8
  • タンパク質・ペプチド: Cmr2
  • タンパク質・ペプチド: Cmr3
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: Cmr6
キーワードEffector complex / RNA cleavage / bacterial immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Cmr1-like, C-terminal / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 ...: / Cmr1-like, C-terminal / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr5) / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, TM1791 / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / CRISPR-associated protein, Cmr5 / CRISPR-associated RAMP Cmr4 / AF1862-like domain superfamily / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system Cmr subunit Cmr1-1 / CRISPR system Cmr subunit Cmr2 / CRISPR system Cmr subunit Cmr3 / CRISPR system Cmr endoribonuclease Cmr4 / CRISPR system Cmr subunit Cmr5 / CRISPR system Cmr subunit Cmr6
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Spilman MS / Cocozaki AI / Hale C / Shao Y / Ramia NF / Terns R / Terns M / Li H / Stagg SM
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2013
タイトル: Structure of an RNA silencing complex of the CRISPR-Cas immune system.
著者: Michael Spilman / Alexis Cocozaki / Caryn Hale / Yaming Shao / Nancy Ramia / Rebeca Terns / Michael Terns / Hong Li / Scott Stagg /
要旨: Bacterial and archaeal clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci capture virus and plasmid sequences and use them to recognize and eliminate these invaders. CRISPR RNAs ...Bacterial and archaeal clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) loci capture virus and plasmid sequences and use them to recognize and eliminate these invaders. CRISPR RNAs (crRNAs) containing the acquired sequences are incorporated into effector complexes that destroy matching invader nucleic acids. The multicomponent Cmr effector complex cleaves RNA targets complementary to the crRNAs. Here, we report cryoelectron microscopy reconstruction of a functional Cmr complex bound with a target RNA at ~12 Å. Pairs of the Cmr4 and Cmr5 proteins form a helical core that is asymmetrically capped on each end by distinct pairs of the four remaining subunits: Cmr2 and Cmr3 at the conserved 5' crRNA tag sequence and Cmr1 and Cmr6 near the 3' end of the crRNA. The shape and organization of the RNA-targeting Cmr complex is strikingly similar to the DNA-targeting Cascade complex. Our results reveal a remarkably conserved architecture among very distantly related CRISPR-Cas complexes.
履歴
登録2013年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月23日-
マップ公開2013年10月23日-
更新2013年11月6日-
現状2013年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.97
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.97
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5740_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle reconstruction of Cmr effector complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.97 / ムービー #1: 3.97
最小 - 最大-8.774785039999999 - 15.44263649
平均 (標準偏差)0.0 (±0.84591085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-20-20-20
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 333.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z333.600333.600333.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-20-20-20
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-8.77515.443-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cmr1-6 effector complex

全体名称: Cmr1-6 effector complex
要素
  • 試料: Cmr1-6 effector complex
  • タンパク質・ペプチド: Cmr1TRPM8
  • タンパク質・ペプチド: Cmr2
  • タンパク質・ペプチド: Cmr3
  • タンパク質・ペプチド: Cmr4
  • タンパク質・ペプチド: Cmr5
  • タンパク質・ペプチド: Cmr6

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超分子 #1000: Cmr1-6 effector complex

超分子名称: Cmr1-6 effector complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 6
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Cmr1

分子名称: Cmr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr1-1

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分子 #2: Cmr2

分子名称: Cmr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr2

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分子 #3: Cmr3

分子名称: Cmr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr3

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分子 #4: Cmr4

分子名称: Cmr4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr endoribonuclease Cmr4

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分子 #5: Cmr5

分子名称: Cmr5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr5

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分子 #6: Cmr6

分子名称: Cmr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: CRISPR system Cmr subunit Cmr6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl
グリッド詳細: C-flat 2/2 400 mesh holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Plasma clean grids for 5 seconds, apply 3 uL sample, and blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 107913 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2012年11月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 4182 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flip each particle
最終 2次元分類クラス数: 388
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Spider / 使用した粒子像数: 43749
詳細Images were collected automatically using Leginon software. Particles were automatically picked using a template for single particle reconstruction.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4h4k


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Cmr2-Cmr3 crystal structure was fit into the EM density using the "fit in map" feature from Chimera. EM density corresponding to Cmr2-Cmr3 was segmented out. The Cmr2-Cmr3 structure was refined in the Cmr2-Cmr3 density map using MDFF with an EM scaling factor of 0.3 and implicit solvent.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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