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- EMDB-4404: eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4404
タイトルeIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.
マップデータeIF2B:eIF2 complex with eIF2 alpha phosphorylated on serine 52
試料
  • 複合体: Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to amino acid starvation / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase ...negative regulation of cellular response to amino acid starvation / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / guanyl-nucleotide exchange factor complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / positive regulation of translational fidelity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / enzyme regulator activity / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / リボソーム / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / ミトコンドリア / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 ...Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Trimeric LpxA-like superfamily / S1 domain profile. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit delta / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Adomavicius T / Roseman AM / Pavitt GD
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L020157/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M006565/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N014049/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011208/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Fail-safe control of translation initiation by dissociation of eIF2α phosphorylated ternary complexes.
著者: Martin D Jennings / Christopher J Kershaw / Tomas Adomavicius / Graham D Pavitt /
要旨: Phosphorylation of eIF2α controls translation initiation by restricting the levels of active eIF2-GTP/Met-tRNAi ternary complexes (TC). This modulates the expression of all eukaryotic mRNAs and ...Phosphorylation of eIF2α controls translation initiation by restricting the levels of active eIF2-GTP/Met-tRNAi ternary complexes (TC). This modulates the expression of all eukaryotic mRNAs and contributes to the cellular integrated stress response. Key to controlling the activity of eIF2 are translation factors eIF2B and eIF5, thought to primarily function with eIF2-GDP and TC respectively. Using a steady-state kinetics approach with purified proteins we demonstrate that eIF2B binds to eIF2 with equal affinity irrespective of the presence or absence of competing guanine nucleotides. We show that eIF2B can compete with Met-tRNAi for eIF2-GTP and can destabilize TC. When TC is formed with unphosphorylated eIF2, eIF5 can out-compete eIF2B to stabilize TC/eIF5 complexes. However when TC/eIF5 is formed with phosphorylated eIF2, eIF2B outcompetes eIF5 and destabilizes TC. These data uncover competition between eIF2B and eIF5 for TC and identify that phosphorylated eIF2-GTP translation initiation intermediate complexes can be inhibited by eIF2B.
履歴
登録2018年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月8日-
マップ公開2019年5月22日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i3m
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4404.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈eIF2B:eIF2 complex with eIF2 alpha phosphorylated on serine 52
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.18108554 - 0.3041722
平均 (標準偏差)0.00024270266 (±0.008404886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 428.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.800428.800428.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ513513513
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1810.3040.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4404_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: LocScale version of main map

ファイルemd_4404_additional.map
注釈LocScale version of main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: relion half-map 1

ファイルemd_4404_half_map_1.map
注釈relion half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: relion half-map 2

ファイルemd_4404_half_map_2.map
注釈relion half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B

全体名称: Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B
要素
  • 複合体: Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

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超分子 #1: Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B

超分子名称: Complex of translation initiation factors eIF2 and eIF2B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量実験値: 838 KDa

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分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 34.062027 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSEFNITETY LRFLEEDTEM TMPIAAIEAL VTLLRIKTPE TAAEMINTIK SSTEELIKSI PNSVSLRAGC DIFMRFVLRN LHLYGDWEN CKQHLIENGQ LFVSRAKKSR NKIAEIGVDF IADDDIILVH GYSRAVFSLL NHAANKFIRF RCVVTESRPS K QGNQLYTL ...文字列:
MSEFNITETY LRFLEEDTEM TMPIAAIEAL VTLLRIKTPE TAAEMINTIK SSTEELIKSI PNSVSLRAGC DIFMRFVLRN LHLYGDWEN CKQHLIENGQ LFVSRAKKSR NKIAEIGVDF IADDDIILVH GYSRAVFSLL NHAANKFIRF RCVVTESRPS K QGNQLYTL LEQKGIPVTL IVDSAVGAVI DKVDKVFVGA EGVAESGGII NLVGTYSVGV LAHNARKPFY VVTESHKFVR MF PLSSDDL PMAGPPLDFT RRTDDLEDAL RGPTIDYTAQ EYITALITDL GVLTPSAVSE ELIKMWYD

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分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 70.945195 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSESEAKSRS ATPPSKAKQA TPTTTAAANG EKKLTNKELK ELKKQEKAAK RAAMKQANGI SIEQQQQQAQ MKKEKKQLQR EQQQKREQK QKNANKKKQN ERNVKKSTLF GHLETTEERR ATILALTSAV SSPKTSRITA AGLMVPVVAS ALSGSNVLTA S SLMPVGPN ...文字列:
MSESEAKSRS ATPPSKAKQA TPTTTAAANG EKKLTNKELK ELKKQEKAAK RAAMKQANGI SIEQQQQQAQ MKKEKKQLQR EQQQKREQK QKNANKKKQN ERNVKKSTLF GHLETTEERR ATILALTSAV SSPKTSRITA AGLMVPVVAS ALSGSNVLTA S SLMPVGPN ASSTVSASAP ASTTTTLPAS SAALSAGTSS ASTNTPTAIQ QEIASSNASD VAKTLASISL EAGEFNVIPG IS SVIPTVL EQSFDNSSLI SSVKELLLNK DLIHPSILLL TSHLAHYKIV GSIPRCIAML EVFQIVIKDY QTPKGTTLSR NLT SYLSHQ IDLLKKARPL SVTMGNAIRW LKQEISLIDP STPDKAAKKD LCEKIGQFAK EKIELADQLI IDNASTQIEE STTI VTYGS SKVLTELLLH NAISLKKNIK VIVVDSRPLF EGRKMAETLR NAGVNVMYAL ITSLDTIFNM DVDYVFLGAH SILSN GFLY SRAGTAMLAM SAKRRNIPVL VCCESLKFSQ RVQLDSVTFN ELADPNDLVN IDYENPVERR GNKGALLNQF IKERKF EKK KLAMENKPKG NKIGGKKGSE GESKDASNEE DSNSKNILDG WQELPSLNIV NILYDLTPPE YIKKVITEFG ALPPSSV PV ILREYKGSA

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分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 42.621441 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSQAFTSVH PNAATSDVNV TIDTFVAKLK RRQVQGSYAI ALETLQLLMR FISAARWNHV NDLIEQIRDL GNSLEKAHPT AFSCGNVIR RILAVLRDEV EEDTMSTTVT STSVAEPLIS SMFNLLQKPE QPHQNRKNSS GSSSMKTKTD YRQVAIQGIK D LIDEIKNI ...文字列:
MSSQAFTSVH PNAATSDVNV TIDTFVAKLK RRQVQGSYAI ALETLQLLMR FISAARWNHV NDLIEQIRDL GNSLEKAHPT AFSCGNVIR RILAVLRDEV EEDTMSTTVT STSVAEPLIS SMFNLLQKPE QPHQNRKNSS GSSSMKTKTD YRQVAIQGIK D LIDEIKNI DEGIQQIAID LIHDHEILLT PTPDSKTVLK FLITARERSN RTFTVLVTEG FPNNTKNAHE FAKKLAQHNI ET LVVPDSA VFALMSRVGK VIIGTKAVFV NGGTISSNSG VSSVCECARE FRTPVFAVAG LYKLSPLYPF DVEKFVEFGG SQR ILPRMD PRKRLDTVNQ ITDYVPPENI DIYITNVGGF NPSFIYRIAW DNYKQIDVHL DKNKA

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分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 81.249062 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAGKKGQKKS GLGNHGKNSD MDVEDRLQAV VLTDSYETRF MPLTAVKPRC LLPLANVPLI EYTLEFLAKA GVHEVFLICS SHANQINDY IENSKWNLPW SPFKITTIMS PEARCTGDVM RDLDNRGIIT GDFILVSGDV LTNIDFSKML EFHKKMHLQD K DHISTMCL ...文字列:
MAGKKGQKKS GLGNHGKNSD MDVEDRLQAV VLTDSYETRF MPLTAVKPRC LLPLANVPLI EYTLEFLAKA GVHEVFLICS SHANQINDY IENSKWNLPW SPFKITTIMS PEARCTGDVM RDLDNRGIIT GDFILVSGDV LTNIDFSKML EFHKKMHLQD K DHISTMCL SKASTYPKTR TIEPAAFVLD KSTSRCIYYQ DLPLPSSREK TSIQIDPELL DNVDEFVIRN DLIDCRIDIC TS HVPLIFQ ENFDYQSLRT DFVKGVISSD ILGKHIYAYL TDEYAVRVES WQTYDTISQD FLGRWCYPLV LDSNIQDDQT YSY ESRHIY KEKDVVLAQS CKIGKCTAIG SGTKIGEGTK IENSVIGRNC QIGENIRIKN SFIWDDCIIG NNSIIDHSLI ASNA TLGSN VRLNDGCIIG FNVKIDDNMD LDRNTKISAS PLKNAGSRMY DNESNEQFDQ DLDDQTLAVS IVGDKGVGYI YESEV SDDE DSSTEACKEI NTLSNQLDEL YLSDDSISSA TKKTKKRRTM SVNSIYTDRE EIDSEFEDED FEKEGIATVE RAMENN HDL DTALLELNTL RMSMNVTYHE VRIATITALL RRVYHFIATQ TLGPKDAVVK VFNQWGLLFK RQAFDEEEYI DLMNIIM EK IVEQSFDKPD LILFSALVSL YDNDIIEEDV IYKWWDNVST DPRYDEVKKL TVKWVEWLQN ADEESSSEEE

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分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 65.76832 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSIQAFVFCG KGSNLAPFTQ PDFPFQTQNK DSTAATSGDK LNELVNSALD STVINEFMQH STRLPKALLP IGNRPMIEYV LDWCDQADF KEISVVAPVD EIELIESGLT SFLSLRKQQF ELIYKALSNS NHSHHLQDPK KINFIPSKAN STGESLQKEL L PRINGDFV ...文字列:
MSIQAFVFCG KGSNLAPFTQ PDFPFQTQNK DSTAATSGDK LNELVNSALD STVINEFMQH STRLPKALLP IGNRPMIEYV LDWCDQADF KEISVVAPVD EIELIESGLT SFLSLRKQQF ELIYKALSNS NHSHHLQDPK KINFIPSKAN STGESLQKEL L PRINGDFV ILPCDFVTDI PPQVLVDQFR NRDDNNLAMT IYYKNSLDSS IDKKQQQKQK QQQFFTVYSE NEDSERQPIL LD VYSQRDV TKTKYLQIRS HLLWNYPNLT VSTKLLNSFI YFCSFELCQL LKLGPQSMSR QASFKDPFTG NQQQQNPPTT DDD EDRNHD DDDDYKPSAT SIQPTYFKKK NDLILDPINC NKSLSKVFRD LSRRSWQHSK PREPIGIFIL PNETLFIRAN NLNA YMDAN RFVLKIKSQT MFTKNIQIQS AAIGADAIVD PKCQISAHSN VKMSVLGTQA NIGSRCRVAG SLLFPGVHLG DEVIL ENCI IGPMAKIGSK CKLSNCYIEG HYVVEPKNNF KGETLANVYL DEDEEDELIY DDSVIAGESE IAEETDSDDR SDEDSD DSE YTDEYEYEDD GLFER

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分子 #6: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 34.843633 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE L(SEP)RRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRV DKE KGYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWE GI ...文字列:
MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE L(SEP)RRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRV DKE KGYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWE GI EPPSKDVLDE LKNYISKRLT PQAVKIRADV EVSCFSYEGI DAIKDALKSA EDMSTEQMQV KVKLVAAPLY VLTTQALD K QKGIEQLESA IEKITEVITK YGGVCNITMP PKAVTATEDA ELQALLESKE LDNRSDSEDD EDESDDE

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分子 #7: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 31.631309 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD ...文字列:
MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD GKKTIFSNIQ DIAEKLHRSP EHLIQYLFAE LGTSGSVDGQ KRLVIKGKFQ SKQMENVLRR YILEYVTCKT CK SINTELK REQSNRLFFM VCKSCGSTRS VSSIKTGFQA TVGKRRRM

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分子 #8: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 57.942699 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK ...文字列:
MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK EISPKCQRPG CPGRYKLVRH VSFVDCPGHD ILMSTMLSGA AVMDAALLLI AGNESCPQPQ TSEHLAAIEI MK LKHVIIL QNKVDLMREE SALEHQKSIL KFIRGTIADG APIVPISAQL KYNIDAVNEF IVKTIPVPPR DFMISPRLIV IRS FDVNKP GAEIEDLKGG VAGGSILNGV FKLGDEIEIR PGIVTKDDKG KIQCKPIFSN IVSLFAEQND LKFAVPGGLI GVGT KVDPT LCRADRLVGQ VVGAKGHLPN IYTDIEINYF LLRRLLGVKT DGQKQAKVRK LEPNEVLMVN IGSTATGARV VAVKA DMAR LQLTSPACTE INEKIALSRR IEKHWRLIGW ATIKKGTTLE PIA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
1.0 mMTCEP

詳細: Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
詳細: Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon grids from Agar Scientific were used for 35 degree tilted data collection. For zero tilt data collection, 200 mesh Au Quantifoil, R2/2 grids were used.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 37313 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Tilt at zero and 35 degrees.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-48 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4533 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: 2 separate data collections for zero degree (2255 images) and tilted (2278 images) specimen. Both on Titan Krios
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 655000
詳細: Initially, approximately 3000 particles were picked manually and used for 2D classification. Then 4 best looking 2D class average images were used as references for automated particle picking ...詳細: Initially, approximately 3000 particles were picked manually and used for 2D classification. Then 4 best looking 2D class average images were used as references for automated particle picking in RELION. For the zero tilt data collection, 406000 particles were picked. For the 35 degree tilt data collection, 249000 particles were picked
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
詳細: CTF determination was performed per micrograph initially. After particle picking and initial reconstruction, per particle CTF determination was performed.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model was generated in Cryosparc.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 64541
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5b04


3jap

chain_id: j, residue_range: 3-174
詳細Modeller was used to build homology model of S. cerevisiae eIF2B structure based on S. pombe crystal structure. Subunits of the homology model, along with eIF2 alpha domains 1 and 2, were then rigid body fitted into our map using UCSF Chimera. The model then was refined using phenix and manually adjusted in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coeficient
得られたモデル

PDB-6i3m:
eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.

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原子モデル構築 2

初期モデル
PDB IDChain

3jap

chain_id: j, residue_range: 182-265

3jap

chain_id: k

3jap

chain_id: l, residue_range: 127-143
詳細eIF2 alpha domain 3, eIF2 gamma, and eIF2 beta (3JAP) were rigid body fitted into our map using Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6i3m:
eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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