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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4315 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligosaccharyltransferase III complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex ...oligosaccharyltransferase III complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / protein N-linked glycosylation via asparagine / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / protein glycosylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / post-translational protein modification / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to actinomycin D / rough endoplasmic reticulum / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / cellular response to gamma radiation / phospholipid binding / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Rabbit (ウサギ) / Dog (イヌ) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Foerster F | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structural basis for coupling protein transport and N-glycosylation at the mammalian endoplasmic reticulum. 著者: Katharina Braunger / Stefan Pfeffer / Shiteshu Shrimal / Reid Gilmore / Otto Berninghausen / Elisabet C Mandon / Thomas Becker / Friedrich Förster / Roland Beckmann / 要旨: Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and ...Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and oligosaccharyltransferase (OST). Here we used different cryo-electron microscopy approaches to determine structures of native and solubilized ribosome-Sec61-OST complexes. A molecular model for the catalytic OST subunit STT3A (staurosporine and temperature sensitive 3A) revealed how it is integrated into the OST and how STT3-paralog specificity for translocon-associated OST is achieved. The OST subunit DC2 was placed at the interface between Sec61 and STT3A, where it acts as a versatile module for recruitment of STT3A-containing OST to the ribosome-Sec61 complex. This detailed structural view on the molecular architecture of the cotranslational machinery for N-glycosylation provides the basis for a mechanistic understanding of glycoprotein biogenesis at the endoplasmic reticulum. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4315.map.gz | 13.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4315-v30.xml emd-4315.xml | 81.1 KB 81.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4315.png | 97.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4315 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4315 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4315_validation.pdf.gz | 231.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4315_full_validation.pdf.gz | 230.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4315_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4315 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4315 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ftgMC 4306C 4307C 4308C 4309C 4310C 4311C 4312C 4313C 4314C 4316C 4317C 6ftiC 6ftjC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 80S ribosome from WT canine rough microsomal membranes bound to t...
+超分子 #1: 80S ribosome from WT canine rough microsomal membranes bound to t...
+超分子 #2: Sec61 protein conducting channel
+超分子 #3: 60S ribosomal subunit
+超分子 #4: Mammalian Oligosaccharyltransferase
+分子 #1: uL2
+分子 #2: uL3
+分子 #3: Ribosomal protein L4
+分子 #4: 60S ribosomal protein L5
+分子 #5: 60S ribosomal protein L6
+分子 #6: uL30
+分子 #7: eL8
+分子 #8: uL6
+分子 #9: Ribosomal protein L10 (Predicted)
+分子 #10: Ribosomal protein L11
+分子 #11: eL13
+分子 #12: Ribosomal protein L14
+分子 #13: Ribosomal protein L15
+分子 #14: uL13
+分子 #15: uL22
+分子 #16: uL14
+分子 #17: eL19
+分子 #18: eL20
+分子 #19: eL21
+分子 #20: eL22
+分子 #21: uL14
+分子 #22: Ribosomal protein L24
+分子 #23: uL23
+分子 #24: Ribosomal protein L26
+分子 #25: 60S ribosomal protein L27
+分子 #26: uL15
+分子 #27: 60S ribosomal protein L29
+分子 #28: eL30
+分子 #29: eL31
+分子 #30: eL32
+分子 #31: eL33
+分子 #32: eL34
+分子 #33: eL29
+分子 #34: 60S ribosomal protein L36
+分子 #35: Ribosomal protein L37
+分子 #36: eL38
+分子 #37: eL39
+分子 #38: eL40
+分子 #39: 60s ribosomal protein l41
+分子 #40: eL42
+分子 #41: Ribosomal protein L37a
+分子 #42: eL28
+分子 #43: 60S acidic ribosomal protein P0
+分子 #44: Ribosomal protein L12
+分子 #48: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
+分子 #49: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
+分子 #50: Protein transport protein Sec61 subunit beta
+分子 #51: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
+分子 #52: TMEM258
+分子 #53: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
+分子 #54: OST4
+分子 #55: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
+分子 #56: DAD1
+分子 #57: OST48
+分子 #58: RPN2
+分子 #45: 28S ribosomal RNA
+分子 #46: 5S ribosomal RNA
+分子 #47: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #60: MAGNESIUM ION
+分子 #61: ZINC ION
+分子 #62: [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | 材質: MOLYBDENUM / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 3 seconds before plunging.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 17600 |
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抽出 | トモグラム数: 211 / 使用した粒子像数: 27500 / 手法: Template matching / ソフトウェア: (名称: PyTom, TOM Toolbox, AV3) |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: PyTom / 詳細: On each individual tilt image |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 500 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6ftg: |