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- EMDB-3763: Sub-tomogram average of cytosolic yeast polysomes associated with... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3763
タイトルSub-tomogram average of cytosolic yeast polysomes associated with mitochondria
マップデータSub-tomogram average of cytosolic yeast polysomes associated with mitochondria
試料S. cerevisiae cytosolic polyribosome associated with mitochondria:
由来Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
実験手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 46Å分解能
データ登録者Gold VAM / Chroscicki P / Bragoszewski P / Chacinska A
引用ジャーナル: EMBO Rep. / : 2017
タイトル: Visualization of cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria by electron cryo-tomography.
著者: Vicki Am Gold / Piotr Chroscicki / Piotr Bragoszewski / Agnieszka Chacinska
要旨: We employed electron cryo-tomography to visualize cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria. Translation-arrested ribosomes reveal the clustered organization of the TOM complex, ...We employed electron cryo-tomography to visualize cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria. Translation-arrested ribosomes reveal the clustered organization of the TOM complex, corroborating earlier reports of localized translation. Ribosomes are shown to interact specifically with the TOM complex, and nascent chain binding is crucial for ribosome recruitment and stabilization. Ribosomes are bound to the membrane in discrete clusters, often in the vicinity of the crista junctions. This interaction highlights how protein synthesis may be coupled with transport. Our work provides unique insights into the spatial organization of cytosolic ribosomes on mitochondria.
日付登録: 2017年6月14日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年6月28日 / マップ公開: 2017年8月30日 / 最新の更新: 2017年10月11日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 143
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 143
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3763.map.gz (map file in CCP4 format, 2049 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
80 pix
6.7 Å/pix.
= 536. Å
80 pix
6.7 Å/pix.
= 536. Å
80 pix
6.7 Å/pix.
= 536. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.7 Å
密度
表面のレベル:142 (by author), 143 (ムービー #1)
最小 - 最大134.00002 - 148.99998
平均 (標準偏差)140.56647 (1.3885281)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions808080
Origin000
Limit797979
Spacing808080
セルA=B=C: 536 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.76.76.7
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z536.000536.000536.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean134.000149.000140.566

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 S. cerevisiae cytosolic polyribosome associated with mitochondria

全体名称: S. cerevisiae cytosolic polyribosome associated with mitochondria
構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, S. cerevisiae cytosolic polyribosome associated with mitoc...

タンパク質名称: S. cerevisiae cytosolic polyribosome associated with mitochondria
組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.2
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細: blotted for ~4 s on one side in a humidified atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 5000 - 8000 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: サブトモグラム平均法 / 想定した対称性: C1 (非対称)
3次元再構成ソフトウェア: IMOD / 分解能: 46 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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