+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3687 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a pre-catalytic spliceosome (B6 map) | |||||||||
マップデータ | sharpened B6 map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Plaschka C / Lin P-C / Nagai K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure of a pre-catalytic spliceosome. 著者: Clemens Plaschka / Pei-Chun Lin / Kiyoshi Nagai / 要旨: Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy ...Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the yeast Saccharomyces cerevisiae pre-catalytic B complex spliceosome at near-atomic resolution. The mobile U2 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) associates with U4/U6.U5 tri-snRNP through the U2/U6 helix II and an interface between U4/U6 di-snRNP and the U2 snRNP SF3b-containing domain, which also transiently contacts the helicase Brr2. The 3' region of the U2 snRNP is flexibly attached to the SF3b-containing domain and protrudes over the concave surface of tri-snRNP, where the U1 snRNP may reside before its release from the pre-mRNA 5' splice site. The U6 ACAGAGA sequence forms a hairpin that weakly tethers the 5' splice site. The B complex proteins Prp38, Snu23 and Spp381 bind the Prp8 N-terminal domain and stabilize U6 ACAGAGA stem-pre-mRNA and Brr2-U4 small nuclear RNA interactions. These results provide important insights into the events leading to active site formation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3687.map.gz | 389.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3687-v30.xml emd-3687.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3687.png | 13.2 KB | ||
その他 | emd_3687_additional.map.gz | 379.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3687 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3687 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3682C 3683C 3684C 3685C 3686C 3688C 5nrlC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10180 (タイトル: Structure of a pre-catalytic spliceosome / Data size: 126.5 Data #1: Polished parcitles [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened B6 map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: unsharpened B6 map
ファイル | emd_3687_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened B6 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pre-catalytic B complex Spliceosome
全体 | 名称: Pre-catalytic B complex Spliceosome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Pre-catalytic B complex Spliceosome
超分子 | 名称: Pre-catalytic B complex Spliceosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 |
分子量 | 実験値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
詳細: Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ...詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 5.3 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.35 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 5115 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 496581 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | ソフトウェア:
| ||||||
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: The negative stain map of human B-delta-U1 (EMD-1066) was used as an initial reference for three-dimensional refinement of a 12229 particle negative stain data set of the yeast B complex. A ...詳細: The negative stain map of human B-delta-U1 (EMD-1066) was used as an initial reference for three-dimensional refinement of a 12229 particle negative stain data set of the yeast B complex. A single round of 3D classification revealed a B complex density from 3707 particles that was refined to an estimated resolution of 50 A. This density was low-pass filtered to 60 A and used for processing of cryo-EM data. | ||||||
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) | ||||||
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) | ||||||
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) | ||||||
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) 詳細: A temperature factor of -140 A2 was applied (sharpened B6 map). 使用した粒子像数: 327490 | ||||||
詳細 | Movies were binned once and aligned using MOTIONCORR. |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / 温度因子: 140 |
---|