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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3618 | |||||||||
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タイトル | Bypassing 70S ribosome | |||||||||
マップデータ | raw map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / DNA topological change ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / DNA topological change / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Agirrezabala X / Samatova E / Klimova M / Zamora M / Gil-Carton D / Rodnina M / Valle M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017 タイトル: Ribosome rearrangements at the onset of translational bypassing. 著者: Xabier Agirrezabala / Ekaterina Samatova / Mariia Klimova / Miguel Zamora / David Gil-Carton / Marina V Rodnina / Mikel Valle / 要旨: Bypassing is a recoding event that leads to the translation of two distal open reading frames into a single polypeptide chain. We present the structure of a translating ribosome stalled at the ...Bypassing is a recoding event that leads to the translation of two distal open reading frames into a single polypeptide chain. We present the structure of a translating ribosome stalled at the bypassing take-off site of of bacteriophage T4. The nascent peptide in the exit tunnel anchors the P-site peptidyl-tRNA to the ribosome and locks an inactive conformation of the peptidyl transferase center (PTC). The mRNA forms a short dynamic hairpin in the decoding site. The ribosomal subunits adopt a rolling conformation in which the rotation of the small subunit around its long axis causes the opening of the A-site region. Together, PTC conformation and mRNA structure safeguard against premature termination and read-through of the stop codon and reconfigure the ribosome to a state poised for take-off and sliding along the noncoding mRNA gap. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3618.map.gz | 117.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3618-v30.xml emd-3618.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3618.png | 226 KB | ||
その他 | emd_3618_half_map_1.map.gz emd_3618_half_map_2.map.gz | 118.1 MB 118.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3618 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3618 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | raw map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map for FSC calculation/filtering/sharpening
ファイル | emd_3618_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map for FSC calculation/filtering/sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map for FSC calculation/filtering/sharpening
ファイル | emd_3618_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map for FSC calculation/filtering/sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bypassing 70S take-off complex
全体 | 名称: Bypassing 70S take-off complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Bypassing 70S take-off complex
超分子 | 名称: Bypassing 70S take-off complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoid R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-10 / 平均電子線量: 26.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 36984 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND / ソフトウェア - 詳細: Wiener filtering inside Relion / 詳細: Wiener filter |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: hierarchical 3D classification |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 37000 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-5np6: |