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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3493 | |||||||||
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タイトル | Structure of the 70S ribosome (empty A site) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / ArfA / RF2 / trans-translation (TmRNA) / 70S / 50S / 30S / rescue termination / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | James NR / Brown A | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Translational termination without a stop codon. 著者: Nathan R James / Alan Brown / Yuliya Gordiyenko / V Ramakrishnan / 要旨: Ribosomes stall when they encounter the end of messenger RNA (mRNA) without an in-frame stop codon. In bacteria, these "nonstop" complexes can be rescued by alternative ribosome-rescue factor A (ArfA) ...Ribosomes stall when they encounter the end of messenger RNA (mRNA) without an in-frame stop codon. In bacteria, these "nonstop" complexes can be rescued by alternative ribosome-rescue factor A (ArfA). We used electron cryomicroscopy to determine structures of ArfA bound to the ribosome with 3'-truncated mRNA, at resolutions ranging from 3.0 to 3.4 angstroms. ArfA binds within the ribosomal mRNA channel and substitutes for the absent stop codon in the A site by specifically recruiting release factor 2 (RF2), initially in a compact preaccommodated state. A similar conformation of RF2 may occur on stop codons, suggesting a general mechanism for release-factor-mediated translational termination in which a conformational switch leads to peptide release only when the appropriate signal is present in the A site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3493.map.gz | 17.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3493-v30.xml emd-3493.xml | 74.3 KB 74.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3493.png | 272.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3493.cif.gz | 14.3 KB | ||
その他 | emd_3493_half_map_1.map.gz emd_3493_half_map_2.map.gz | 193.7 MB 193.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3493 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3493_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3493_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Structure of the 70S ribosome (empty A site)
+超分子 #1: Structure of the 70S ribosome (empty A site)
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 16S ribosomal RNA
+分子 #3: 5S ribosomal RNA
+分子 #4: mRNA
+分子 #5: fMet-NH-tRNA(fMet)
+分子 #6: 50S ribosomal protein L2
+分子 #7: 50S ribosomal protein L3
+分子 #8: 50S ribosomal protein L4
+分子 #9: 50S ribosomal protein L5
+分子 #10: 50S ribosomal protein L6
+分子 #11: 50S ribosomal protein L9
+分子 #12: 50S ribosomal protein L10
+分子 #13: 50S ribosomal protein L11
+分子 #14: 50S ribosomal protein L13
+分子 #15: 50S ribosomal protein L14
+分子 #16: 50S ribosomal protein L15
+分子 #17: 50S ribosomal protein L16
+分子 #18: 50S ribosomal protein L17
+分子 #19: 50S ribosomal protein L18
+分子 #20: 50S ribosomal protein L19
+分子 #21: 50S ribosomal protein L20
+分子 #22: 50S ribosomal protein L21
+分子 #23: 50S ribosomal protein L22
+分子 #24: 50S ribosomal protein L23
+分子 #25: 50S ribosomal protein L24
+分子 #26: 50S ribosomal protein L25
+分子 #27: 50S ribosomal protein L27
+分子 #28: 50S ribosomal protein L28
+分子 #29: 50S ribosomal protein L29
+分子 #30: 50S ribosomal protein L30
+分子 #31: 50S ribosomal protein L31
+分子 #32: 50S ribosomal protein L32
+分子 #33: 50S ribosomal protein L33
+分子 #34: 50S ribosomal protein L34
+分子 #35: 50S ribosomal protein L35
+分子 #36: 50S ribosomal protein L36
+分子 #37: 30S ribosomal protein S2
+分子 #38: 30S ribosomal protein S3
+分子 #39: 30S ribosomal protein S4
+分子 #40: 30S ribosomal protein S5
+分子 #41: 30S ribosomal protein S6
+分子 #42: 30S ribosomal protein S7
+分子 #43: 30S ribosomal protein S8
+分子 #44: 30S ribosomal protein S9
+分子 #45: 30S ribosomal protein S10
+分子 #46: 30S ribosomal protein S11
+分子 #47: 30S ribosomal protein S12
+分子 #48: 30S ribosomal protein S13
+分子 #49: 30S ribosomal protein S14
+分子 #50: 30S ribosomal protein S15
+分子 #51: 30S ribosomal protein S16
+分子 #52: 30S ribosomal protein S17
+分子 #53: 30S ribosomal protein S18
+分子 #54: 30S ribosomal protein S19
+分子 #55: 30S ribosomal protein S20
+分子 #56: 30S ribosomal protein S21
+分子 #57: MAGNESIUM ION
+分子 #58: N-FORMYLMETHIONINE
+分子 #59: ZINC ION
+分子 #60: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 134615 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 140027 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 75.3 |
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得られたモデル | PDB-5mdz: |