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- EMDB-34596: Cryo-EM structure of the CBP catalytic core bound to the H4K12acK... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34596
タイトルCryo-EM structure of the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 2
マップデータ
試料
  • 複合体: the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (180-mer)
    • タンパク質・ペプチド: CREB-binding protein
キーワードAcetyl taransferase / Complex / Nucleosome (ヌクレオソーム) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes ...NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / MRF binding / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / Notch-HLH transcription pathway / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / Zygotic genome activation (ZGA) / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / cellular response to nutrient levels / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / histone acetyltransferase complex / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Attenuation phase / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / epigenetic regulation of gene expression / regulation of cellular response to heat / Packaging Of Telomere Ends / histone acetyltransferase activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RORA activates gene expression / NPAS4 regulates expression of target genes / telomere organization / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / SUMOylation of transcription cofactors / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / protein destabilization / Heme signaling / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / transcription coactivator binding / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Metalloprotease DUBs
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / ヒストンH3 / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Kikuchi M / Morita S / Wakamori M / Shin S / Uchikubo-Kamo T / Shirouzu M / Umehara T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2023
タイトル: Epigenetic mechanisms to propagate histone acetylation by p300/CBP.
著者: Masaki Kikuchi / Satoshi Morita / Masatoshi Wakamori / Shin Sato / Tomomi Uchikubo-Kamo / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Mikako Shirouzu / Takashi Umehara /
要旨: Histone acetylation is important for the activation of gene transcription but little is known about its direct read/write mechanisms. Here, we report cryogenic electron microscopy structures in which ...Histone acetylation is important for the activation of gene transcription but little is known about its direct read/write mechanisms. Here, we report cryogenic electron microscopy structures in which a p300/CREB-binding protein (CBP) multidomain monomer recognizes histone H4 N-terminal tail (NT) acetylation (ac) in a nucleosome and acetylates non-H4 histone NTs within the same nucleosome. p300/CBP not only recognized H4NTac via the bromodomain pocket responsible for reading, but also interacted with the DNA minor grooves via the outside of that pocket. This directed the catalytic center of p300/CBP to one of the non-H4 histone NTs. The primary target that p300 writes by reading H4NTac was H2BNT, and H2BNTac promoted H2A-H2B dissociation from the nucleosome. We propose a model in which p300/CBP replicates histone N-terminal tail acetylation within the H3-H4 tetramer to inherit epigenetic storage, and transcribes it from the H3-H4 tetramer to the H2B-H2A dimers to activate context-dependent gene transcription through local nucleosome destabilization.
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2023年7月26日-
現状2023年7月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.029165452 - 0.10786375
平均 (標準偏差)0.000010150499 (±0.0037878237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 367.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34596_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34596_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34596_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome

全体名称: the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
要素
  • 複合体: the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (180-mer)
    • タンパク質・ペプチド: CREB-binding protein

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超分子 #1: the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome

超分子名称: the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / 詳細: CBP was expressed in insect cells.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.305969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEACEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: ヒストンH3

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.345289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL G(ALY)GGA(ALY)RHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TY TEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

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分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.034355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

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分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.804045 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

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分子 #6: CREB-binding protein

分子名称: CREB-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.690906 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSSGSSGIFK PEELRQALMP TLEALYRQDP ESLPFRQPVD PQLLGIPDYF DIVKNPMDLS TIKRKLDTGQ YQEPWQYVDD VWLMFNNAW LYNRKTSRVY KFCSKLAEVF EQEIDPVMQS LGYCCGRKYE FSPQTLCCYG KQLCTIPRDA AYYSYQNRYH F CEKCFTEI ...文字列:
GSSGSSGIFK PEELRQALMP TLEALYRQDP ESLPFRQPVD PQLLGIPDYF DIVKNPMDLS TIKRKLDTGQ YQEPWQYVDD VWLMFNNAW LYNRKTSRVY KFCSKLAEVF EQEIDPVMQS LGYCCGRKYE FSPQTLCCYG KQLCTIPRDA AYYSYQNRYH F CEKCFTEI QGENVTLGDD PSQPQTTISK DQFEKKKNDT LDPEPFVDCK ECGRKMHQIC VLHYDIIWPS GFVCDNCLKK TG RPRKENK FSAKRLQTTR LGNHLEDRVN KFLRRQNHPE AGEVFVRVVA SSDKTVEVKP GMKSRFVDSG EMSESFPYRT KAL FAFEEI DGVDVCFFGM HVQEYGSDCP PPNTRRVYIS YLDSIHFFRP RCLRTAVYHE ILIGYLEYVK KLGYVTGHIW ACPP SEGDD YIFHCHPPDQ KIPKPKRLQE WYKKMLDKAF AERIIHDYKD IFKQATEDRL TSAKELPYFE GDFWPNVLEE SIKEL EQEE EERKKEESTA ASETTEGSQG DSKNAKKKNN KKTNKNKSSI SRANKKKPSM PNVSNDLSQK LYATMEKHKE VFFVIH LHA GPVINTLPPI VDPDPLLSCD LMDGRDAFLT LARDKHWEFS SLRRSKWSTL CMLVELHTQG QDRFVYTCNE CKHHVET RW HCTVCEDYDL CINCYNTKSH AHKMVKWGLG LDDEGSSQGE PQSKSPQESR RLSIQRCIQS LVHACQCRNA NCSLPSCQ K MKRVVQHTKG CKRKTNGGCP VCKQLIALCC YHAKHCQENK CPVPFCLNIK HKLRQQQIQH RLQQAQLMRR RMATMN

UniProtKB: CREB-binding protein

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分子 #5: DNA (180-mer)

分子名称: DNA (180-mer) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.560527 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90318
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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