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万見
- EMDB-32717: Structure of Inhibited-EP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32717
タイトルStructure of Inhibited-EP
マップデータ
試料
  • 複合体: inhibited-EP
    • タンパク質・ペプチド: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Enteropeptidase catalytic light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 4-carbamimidamidobenzoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


エンテロキナーゼ / 刷子縁 / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, enteropeptidase / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / MAM domain signature. / SEA domain superfamily ...Peptidase S1A, enteropeptidase / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / MAM domain signature. / SEA domain superfamily / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
エンテロキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yang XL / Ding ZY / Huang HJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures reveal the activation and substrate recognition mechanism of human enteropeptidase.
著者: Xiaoli Yang / Zhanyu Ding / Lisi Peng / Qiuyue Song / Deyu Zhang / Fang Cui / Chuanchao Xia / Keliang Li / Hua Yin / Shiyu Li / Zhaoshen Li / Haojie Huang /
要旨: Enteropeptidase (EP) initiates intestinal digestion by proteolytically processing trypsinogen, generating catalytically active trypsin. EP dysfunction causes a series of pancreatic diseases including ...Enteropeptidase (EP) initiates intestinal digestion by proteolytically processing trypsinogen, generating catalytically active trypsin. EP dysfunction causes a series of pancreatic diseases including acute necrotizing pancreatitis. However, the molecular mechanisms of EP activation and substrate recognition remain elusive, due to the lack of structural information on the EP heavy chain. Here, we report cryo-EM structures of human EP in inactive, active, and substrate-bound states at resolutions from 2.7 to 4.9 Å. The EP heavy chain was observed to clamp the light chain with CUB2 domain for substrate recognition. The EP light chain N-terminus induced a rearrangement of surface-loops from inactive to active conformations, resulting in activated EP. The heavy chain then served as a hinge for light-chain conformational changes to recruit and subsequently cleave substrate. Our study provides structural insights into rearrangements of EP surface-loops and heavy chain dynamics in the EP catalytic cycle, advancing our understanding of EP-associated pancreatitis.
履歴
登録2022年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.046 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.64
最小 - 最大-2.374475 - 3.7861748
平均 (標準偏差)-0.0007775996 (±0.054243445)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 267.776 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : inhibited-EP

全体名称: inhibited-EP
要素
  • 複合体: inhibited-EP
    • タンパク質・ペプチド: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Enteropeptidase catalytic light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 4-carbamimidamidobenzoic acid

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超分子 #1: inhibited-EP

超分子名称: inhibited-EP / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain

分子名称: Enteropeptidase non-catalytic heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.703256 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CGGPFELWEP NTTFSSTNFP NSYPNLAFCV WILNAQKGKN IQLHFQEFDL ENINDVVEIR DGEEADSLLL AVYTGPGPVK DVFSTTNRM TVLLITNDVL ARGGFKANFT TGYHLGIPEP CKADHFQCKN GECVPLVNLC DGHLHCEDGS DEADCVRFFN G TTNNNGLV ...文字列:
CGGPFELWEP NTTFSSTNFP NSYPNLAFCV WILNAQKGKN IQLHFQEFDL ENINDVVEIR DGEEADSLLL AVYTGPGPVK DVFSTTNRM TVLLITNDVL ARGGFKANFT TGYHLGIPEP CKADHFQCKN GECVPLVNLC DGHLHCEDGS DEADCVRFFN G TTNNNGLV RFRIQSIWHT ACAENWTTQI SNDVCQLLGL GSGNSSKPIF PTDGGPFVKL NTAPDGHLIL TPSQQCLQDS LI RLQCNHK SCGKKLAAQD ITPK

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分子 #2: Enteropeptidase catalytic light chain

分子名称: Enteropeptidase catalytic light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.27776 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IVGGSNAKEG AWPWVVGLYY GGRLLCGASL VSSDWLVSAA HCVYGRNLEP SKWTAILGLH MKSNLTSPQT VPRLIDEIVI NPHYNRRRK DNDIAMMHLE FKVNYTDYIQ PICLPEENQV FPPGRNCSIA GWGTVVYQGT TANILQEADV PLLSNERCQQ Q MPEYNITE ...文字列:
IVGGSNAKEG AWPWVVGLYY GGRLLCGASL VSSDWLVSAA HCVYGRNLEP SKWTAILGLH MKSNLTSPQT VPRLIDEIVI NPHYNRRRK DNDIAMMHLE FKVNYTDYIQ PICLPEENQV FPPGRNCSIA GWGTVVYQGT TANILQEADV PLLSNERCQQ Q MPEYNITE NMICAGYEEG GIDSCQGDSG GPLMCQENNR WFLAGVTSFG YKCALPNRPG VYARVSRFTE WIQSFLH

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #4: 4-carbamimidamidobenzoic acid

分子名称: 4-carbamimidamidobenzoic acid / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GBS
分子量理論値: 179.176 Da
Chemical component information

ChemComp-GBS:
4-carbamimidamidobenzoic acid / 4-グアニジノ安息香酸 / 抗がん剤, 抗凝固剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM / ナファモスタット

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 343205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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