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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32230 | ||||||||||||
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タイトル | Active state CI from Q10 dataset, Subclass 1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | mammalian (哺乳類) / mitochondrial (ミトコンドリア) / respiratory (呼吸器) / complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / cardiac muscle tissue development / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone ...RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / cardiac muscle tissue development / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / negative regulation of cell growth / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / nuclear body / ミトコンドリアマトリックス / nuclear speck / 小胞体 / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / pig (ブタ) / Pig (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gu JK / Yang MJ | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I. 著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang / 要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32230.map.gz | 16.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32230-v30.xml emd-32230.xml | 54.7 KB 54.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32230.png | 68.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32230 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32230 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vzvMC 7v2cC 7v2dC 7v2eC 7v2fC 7v2hC 7v2kC 7v2rC 7v30C 7v31C 7v32C 7v33C 7v3mC 7vb7C 7vblC 7vbnC 7vbpC 7vbzC 7vc0C 7vwjC 7vwlC 7vxpC 7vxsC 7vxuC 7vy1C 7vy8C 7vy9C 7vyaC 7vyeC 7vyfC 7vygC 7vyhC 7vyiC 7vynC 7vysC 7vz1C 7vz8C 7vzwC 7w00C 7w0hC 7w0rC 7w0yC 7w1oC 7w1pC 7w1tC 7w1uC 7w1vC 7w1zC 7w20C 7w2kC 7w2lC 7w2rC 7w2uC 7w2yC 7w31C 7w32C 7w35C 7w4cC 7w4dC 7w4eC 7w4fC 7w4gC 7w4jC 7w4kC 7w4lC 7w4mC 7w4nC 7w4qC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32230.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Respiratory complex I
+超分子 #1: Respiratory complex I
+分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
+分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
+分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
+分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
+分子 #6: Acyl carrier protein
+分子 #7: Complex I subunit B13
+分子 #8: Complex I-B14.5a
+分子 #9: NADH dehydrogenase ubiquinone 1 alpha subcomplex subunit 9, mitoc...
+分子 #10: Complex I-9kD
+分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
+分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
+分子 #15: Complex I-30kD
+分子 #16: Complex I-49kD
+分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
+分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
+分子 #20: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
+分子 #21: Complex I-B16.6
+分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...
+分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
+分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...
+分子 #25: Complex I-B17
+分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
+分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...
+分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
+分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
+分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
+分子 #32: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #33: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #34: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #35: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #36: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
+分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
+分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
+分子 #40: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #41: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #42: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
+分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
+分子 #44: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...
+分子 #45: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #46: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #47: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
+分子 #48: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...
+分子 #49: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer
+分子 #50: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
+分子 #51: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #52: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #53: MAGNESIUM ION
+分子 #54: CARDIOLIPIN
+分子 #55: ZINC ION
+分子 #56: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122532 |