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- EMDB-32191: Membrane arm of deactive state CI from Q10 dataset -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32191
タイトルMembrane arm of deactive state CI from Q10 dataset
マップデータ
試料
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 6種
キーワードmammalian / mitochondrial / respiratory / complex I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein lipoylation / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / cellular response to oxygen levels / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / gliogenesis / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / protein lipoylation / Mitochondrial protein import / Complex I biogenesis / cellular response to oxygen levels / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / gliogenesis / Mitochondrial protein degradation / neural precursor cell proliferation / mitochondrial large ribosomal subunit / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / respiratory chain complex I / deoxynucleoside kinase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / reactive oxygen species metabolic process / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / nuclear speck / mitochondrial matrix / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 ...NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 ...Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / pig (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gu JK / Yang MJ
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504600 and 2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625008 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030056, 21532004 and 31570733 and 31800620 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: The coupling mechanism of mammalian mitochondrial complex I.
著者: Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Laixing Zhang / Maojun Yang /
要旨: Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in ...Mammalian respiratory complex I (CI) is a 45-subunit, redox-driven proton pump that generates an electrochemical gradient across the mitochondrial inner membrane to power ATP synthesis in mitochondria. In the present study, we report cryo-electron microscopy structures of CI from Sus scrofa in six treatment conditions at a resolution of 2.4-3.5 Å, in which CI structures of each condition can be classified into two biochemical classes (active or deactive), with a notably higher proportion of active CI particles. These structures illuminate how hydrophobic ubiquinone-10 (Q10) with its long isoprenoid tail is bound and reduced in a narrow Q chamber comprising four different Q10-binding sites. Structural comparisons of active CI structures from our decylubiquinone-NADH and rotenone-NADH datasets reveal that Q10 reduction at site 1 is not coupled to proton pumping in the membrane arm, which might instead be coupled to Q10 oxidation at site 2. Our data overturn the widely accepted previous proposal about the coupling mechanism of CI.
履歴
登録2021年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0238
最小 - 最大-0.057419486 - 0.108358845
平均 (標準偏差)0.0002899445 (±0.0034188312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 354.48602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory complex I

全体名称: Respiratory complex I
要素
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-KFYI
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-B15
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
  • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
  • タンパク質・ペプチド: Complex I-ESSS
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
  • タンパク質・ペプチド: ND3
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
  • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
  • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
  • リガンド: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
  • リガンド: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Respiratory complex I

超分子名称: Respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #1-#2, #5, #7-#8, #10-#12, #14-#16, #19, #23-#24, #27
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 53.735777 KDa
配列文字列: MVPVSLWRGK MAALRALCSL RGVAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQFGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSN LTLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMC NE ...文字列:
MVPVSLWRGK MAALRALCSL RGVAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQFGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSN LTLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMC NE QAYSLAVEKL LNIQPPPRAQ WIRVLFGEIT RLLNHIMAVT THALDIGAMT PFFWMFEERE KMFEFYERVS GARMHAAY I RPGGVHQDLP LGLLDDIYEF SKNFSFRIDE LEEMLTNNRI WRNRTVDIGV VTAEDALNYG FSGVMLRGSG IQWDLRKTQ PYDVYDQVEF DVPIGSRGDC YDRYLCRVEE MRQSLRIISQ CLNKMPPGEI KVDDAKVSPP KRAEMKTSME SLIHHFKLYT EGYQVPPGA TYTAIEAPKG EFGVYLVSDG SSRPYRCKIK APGFAHLAGL DKMSKGHMLA DVVAIIGTQD IVFGEVDR

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 8.088424 KDa
配列文字列:
MWFEILPGIA VMAACLFIPG MATAHIHKFT NGGKEKRVAH FSYQWNLMER DRRISGVNRY HVTKGLENID

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 9.225567 KDa
配列文字列:
MAGRIASFLK NAWAKEPVLV ASFAIGGLAI ILPSLSPYTN YAIRINRATP YNYPVPLRDD GNMPDVPSHP QDPQGPSLEW LKNL

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.686894 KDa
配列文字列:
MAKTLLHKYS DIPEGTECHR KAYASTSIGG ATGLIVSAYS IALKPPASFL EGVARTGRYT FTSAAIGAIF GLTSCISAQV REKPDDPLN YFIGGCAGGL TLGARTRSYG IGAAACAYMG LTAALVKMGQ LEGWQVFAEP KV

+
分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 16.911611 KDa
配列文字列:
MAASKVKQDM PPPGGYGPID YKRNLPRRGL SGYSMFAVGI GTLLFGYWSM MKWNRERRRL QIEDFEARIA LMPLFQAEKD RRVLQMLRE NLEEEAIIMK DVPDWKVGES VFHTTRWVTP MMGELYGLRT NEEILSATYG FIWYT

+
分子 #6: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 17.308186 KDa
配列文字列:
MAARVLCACV RRLPAAFAPL PRIPTVVAAR PLSTTLFPTG AQARSRALQP ALVLAQAPGG VTQLCRRYSD APPLTLEAIK DRVLYVLKL YDKIDPEKLS VNSHFMKDLG LDSLDQVEII MAMEDEFGFE IPDIDAEKLM CPQEIVDYIA DKKDVYE

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 11.939366 KDa
配列文字列:
MSPLQRLAPF TRVGGRFLRG RGAGVAGGGG VRHAGGGVHI EPRYRQFPQL TRSQLIQAEF FSATMWFWIL WRFWHDSDAV LGHFPYPDP SQWTDEELGI LPDDED

+
分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 11.128515 KDa
配列文字列:
MAHGHGHEHG HSKMELPDYK QWKIEGTPLE TVQEKLAARG LRDPWGRNEA WRYSGGFANN VSFVGALLKG FKWGFAAFVV AVGAEYYLE SQNKDKKHH

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 21.587006 KDa
配列文字列: MAAMSLLQRA SVTAVATLSR SRLGTRFGFG GFLTHGFPKT GAPVRHSGDH GKRLFIIKPS GFYDRRFLKL MRFYILLTGI PVAIGITLV NVFIGEAELA DIPEGYVPEH WEYFKHPISR WIARTFYDGP EKNYEKTMAI LQIEAEKAEL RLKELEVRRL M RARGDGPW ...文字列:
MAAMSLLQRA SVTAVATLSR SRLGTRFGFG GFLTHGFPKT GAPVRHSGDH GKRLFIIKPS GFYDRRFLKL MRFYILLTGI PVAIGITLV NVFIGEAELA DIPEGYVPEH WEYFKHPISR WIARTFYDGP EKNYEKTMAI LQIEAEKAEL RLKELEVRRL M RARGDGPW YQYPTIDKAL IDHSPKTTPD N

+
分子 #10: NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex 6

分子名称: NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 15.603177 KDa
配列文字列:
MSGYTPDEKL RLQQLRELRR RWLKDQELSP REPVLPPRRV WPMEQFWNKF LQDGAPWKNV IYKTYRHSIF AVTHVLIPVW IIHYYLKYH VTAKPYTVVE RKPRIFPGDT ILETGEVIPL MKEFPDQHH

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 21.702543 KDa
配列文字列:
MAAAKAGVLG VRWLQRAARK VVPLGARTAS HVTKDMFPGP YPKTPEERAA AAKKYNMRVE DYEPYPDDGM GYGDYPKLPD RSQQERDPW YDWDHPDLRL NWGEPIHWDL DMYIRNRVDT SPTPVSWNTM CKHLFGFVAF MLFMFWVGEI YPSYQPVGPK Q YPYNDLYL ERGGDPTKEP EPVVHYEI

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 20.944768 KDa
配列文字列:
MPDSWDKDVY PEPPRRTPAP APQTSLPNPV TYLTKIFDLL VDRPVTLARE FIEQQHAKNR YYYYHREFRR VPDITECEEK DILCMFEAE MQWRRDYKVD QEIVNIIQER LKACQQREGE SYRQNCAKEL EQFTQVSKAF QDRYSDLGAH YSARKCLAKQ K QRMLAERK AAKEAAAA

+
分子 #13: Complex I-ESSS

分子名称: Complex I-ESSS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 17.384729 KDa
配列文字列:
MAAGVLGLCA RRLLAAAATR GLPAARVRWE SGSSRAVIAP SALVGKRPPE PTIRLQEDPD PEDENLYEKN PDSHGYDKDP IVDLWNMRV VFFFGFSIVL VLGSTFVAYL PDYRMQEWAR REAERLVKYR EANGLPLMES NCFDPNKIQL PEDED

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分子 #14: Complex I-KFYI

分子名称: Complex I-KFYI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 8.664053 KDa
配列文字列:
MAASALFRPF SKLLSSARLP SGSSARSKFY IREPPHGSPD WLKVGLTLGT SVFLWIYLIK QHKEDVLEYK RRNGLE

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分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 14.327655 KDa
配列文字列:
MTMMSGRPGR VPLQFLPNEA RSLPPPKLTD PRLVYMGFLG YCSGLIDNAI RRRPVVSAGL HRQLLYVTSF VFFGYYLLKR QDYMYALRD HDMFAYVKSH PEDFPEKDKK TYGEILEEFH PVR

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分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.506591 KDa
配列文字列:
MPFFDVQKRL GLDLDRWMTI QSAEQPHKIP GRCHAFEKEW IECAHGIGGI RAEKECKIEF DDFVECLLRQ KTMKRLSAIK RQRDKLIKE GKYTPPPHHL GKEDPRP

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分子 #17: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 39.077504 KDa
配列文字列: MNPIIYTTLI MTVMSGTMLV MISSHWLLIW IGFEMNLLAM IPVLMKNFNP RATEAATKYF LTQATASMML MMAIIINLLY SGQWTITKM FNPVAMTMMT MALAMKLGLS PFHFWVPEVT QGISLQAGLL LLTWQKLAPL SVLCQISQSI NPNLMLTMAM L SILIGGWG ...文字列:
MNPIIYTTLI MTVMSGTMLV MISSHWLLIW IGFEMNLLAM IPVLMKNFNP RATEAATKYF LTQATASMML MMAIIINLLY SGQWTITKM FNPVAMTMMT MALAMKLGLS PFHFWVPEVT QGISLQAGLL LLTWQKLAPL SVLCQISQSI NPNLMLTMAM L SILIGGWG GLNQTQLRKI MAYSSIAHMG WMTAVLPYNT TMTILNLLIY ITMTLAMFML LIHSSATTTL SLSHTWNKMP VI TSLMMVT LLSMGGLPPL SGFMPKWMII QEMTKNESII MPTLMAMTAL LNLYFYMRLA YSSSLTMFPS TNNMKMKWQF EHT KQMKLL PTMIVLSTLV LPMTPALSSL N

+
分子 #18: ND3

分子名称: ND3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 12.798257 KDa
配列文字列:
MNIMLTLLTN VTLASLLVLI AFWLPQLNAY SEKTSPYECG FDPMGSARLP FSMKFFLVAI TFLLFDLEIA LLLPLPWASQ TNNLKTMLT MALFLLILLA ASLAYEWTQK GLEW

+
分子 #19: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 10.827253 KDa
配列文字列:
MPLVYMNIIM AFAIALAGLL MYRSHLMSSL LCLEGMMLSL FIMSTLIILN THFTLANMMP IILLVFAACE AALGLSLLVM VSNTYGTDY VQNLNLLQC

+
分子 #20: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 68.267031 KDa
配列文字列: MNPFASLTLT TLTILTIPIM MSNSNIYKTN LYPNYVKTTV SYAFTLSLVP LLMFMHTGQE MIISNWHWMT LQTVELSLSF KMDYFSVMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMH SDPFINRFFK YLLLFLITMM ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWH G RTDANTAA ...文字列:
MNPFASLTLT TLTILTIPIM MSNSNIYKTN LYPNYVKTTV SYAFTLSLVP LLMFMHTGQE MIISNWHWMT LQTVELSLSF KMDYFSVMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMH SDPFINRFFK YLLLFLITMM ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIGWWH G RTDANTAA LQAILYNRIG DIGFVLSMAW FLTHSNAWDL QQIFMLNNEC PNMPLIGLLL AAAGKSAQFG LHPWLPSAME GP TPVSALL HSSTMVVAGV FLLIRFYPLM ETNKLVQTMT LCLGAITTLF TALCAITQND IKKIVAFSTS SQLGLMMVTI GIN QPHLAF LHICMHAFFK AMLFMCSGSI IHSLNDEQDI RKMGGLYKAM PFTTTALIIG SLALTGMPYL TGFYSKDLII EAVN MSYTN AWALLMTLIA TSLTAAYSTR IIFFAFLGKP RFPPLVLINE NNPLLINSIK RLLIGSIFAG FIISNNIPPM TVPNT TMPL YMKMTALIVT IMGFMLALEL NNTTYYLKFK YPSQTYKFSN MLGYYPSIMH RLPTYHNLSM SQKSASSLLD LIWLET ILP KTTSFIQMKM SIMVSNQKGL IKLYFLSFLI TIMISMTLFN

+
分子 #21: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 19.021332 KDa
配列文字列:
MTMYIAFILS TIFVIGFVGF SSKPSPIYGG LGLIVSGGVG CGIVLNFGGS FLGLMVFLIY LGGMLVVFGY TTAMATEMYP EVWVSNKTV FGAFVSGLMM EFCMVYYALK EEEVEIIFKF NGLGDWVIYD TGDSGFFSEE AMGIAALYSY GTWLVIVTGW S LLIGVVVI MEITRGN

+
分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 7.044278 KDa
配列文字列:
MMNVLQIVRD HWVHILVPVG FVFGCYLDRR SDEKLTAFRN KSLLFKRELR PNEEVTWK

+
分子 #23: Complex I-B15

分子名称: Complex I-B15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 15.11735 KDa
配列文字列:
MSFPKYKPSR LATLPATLDP AEYDISPETR KAQAERLAIR SRLKREYLLQ YNDPNRLGVI EDPALIRWTY ARSANIYPNF RPTPKTSLL GALFGIGPLF FWYYVFKTDR DKKEKLIQEG KLDQTFNISY

+
分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 21.864906 KDa
配列文字列:
MAFSAPAAYL THQQKVLRLY KRALRHLESW CVHRDKYRYF ACLMRARFDE HKNEKDMVKA TQLLRQAEEE FWYGQHPQPY IFPESPGGT SYERYECYKV PEWCLDDWHP SEKAMYPDYF AKREQWKRLR RESWEREVKQ LQEETPPGGP RTEALPPARK E GDLPPLWW HIVTRPRERP M

+
分子 #25: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 51.853355 KDa
配列文字列: MLKIIIPTTM LLPMTWMSKH NMIWINATVH SLLISLISLS LLNQLGENSL NFSLTFFSDS LSAPLLVLTT WLLPLMLMAS QSHLSKETT TRKKLYITML ILLQLFLIMT FTATELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALVYIQ ...文字列:
MLKIIIPTTM LLPMTWMSKH NMIWINATVH SLLISLISLS LLNQLGENSL NFSLTFFSDS LSAPLLVLTT WLLPLMLMAS QSHLSKETT TRKKLYITML ILLQLFLIMT FTATELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAGSLP L LVALVYIQ NTTGSLNFLI IHYWSHPLSN SWSNIFMWLA CIMAFMVKMP LYGLHLWLPK AHVEAPIAGS MVLAAVLLKL GG YGMMRIT TILNPLTNYM AYPFLMLSMW GMIMTSSICL RQTDLKSLIA YSSVSHMALV IVAIMIQTPW SFMGATALMI AHG LTSSML FCLANTNYER VHSRTMILAR GLQTLLPLMA TWWLVASLTN LALPPSINLI GELFIITASF SWSNITIILM GMNM MITAL YSLYMLITTQ RGKYTHHINN IKPSFTRENA LMALHILPLL LLTLNPKMIL GPLY

+
分子 #26: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 35.66752 KDa
配列文字列: MFMINILSLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DALKLFTKEP LRPATSSISM FIIAPILALS LALTMWVPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS Y TLSTLITT ...文字列:
MFMINILSLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DALKLFTKEP LRPATSSISM FIIAPILALS LALTMWVPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS Y TLSTLITT QEHIWMIFTS WPLAMMWFIS TLAETNRAPF DLTEGESELV SGFNVEYAAG PFAMFFMAEY ANIIMMNAFT AI LFLGASH DPHTPELYTI NFVLKTLALT ITFLWIRASY PRFRYDQLMH LLWKSFLPLT LALCMWHISL PIMTASIPPQ S

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 20.064096 KDa
配列文字列:
MPGIVELPTL EDLKVQEVKV SSSVLKAAAH HYGAQCDKPN KEFMLCRWEE KDPRRCLEEG KLVNQCALDF FRQIKRHCAE PFTEYWTCI DYSGLQLFRH CRKQQAKFDE CVLDKLGWVR PDLGELSKVT KVKTDRPLPE NPYHSRARPE PNPEAEGDLK P AKHGSRLF FWTM

+
分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 16.35669 KDa
配列文字列:
GAHLARRYLG DASKEPDPLR MPTFPPDYGF PERKEREMVA TQQEMNDAQL MLQQRDYCAH YLIQLLKCKR DSFPNFLACK HEQHDWDYC EHLDYVKRMK EFERERRLLQ RKKRREQREA EMARGQGPGE VAPEMAL

+
分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: pig (ブタ)
分子量理論値: 40.476082 KDa
配列文字列: MALRLLRLAP ASASAVPRGL GAVAQRVGGI HTGAPCRLQY GPLAFVLGER TTRKLTETSK VITVDGNICS GKGRLAREIA EKLGLRHFP EAGIHYADST TGDGKPLDVQ LSGNCSLEKF YDDPKSNDGN SYRLQSWLYA SRLLQYADAL EHLLSTGQGV V LERSIYSD ...文字列:
MALRLLRLAP ASASAVPRGL GAVAQRVGGI HTGAPCRLQY GPLAFVLGER TTRKLTETSK VITVDGNICS GKGRLAREIA EKLGLRHFP EAGIHYADST TGDGKPLDVQ LSGNCSLEKF YDDPKSNDGN SYRLQSWLYA SRLLQYADAL EHLLSTGQGV V LERSIYSD FVFLEAMYRQ GFIRKQCVEH YNEVKKVTAC EYLPPHVVVY VDVPVPEIQS RIQKKGNPHE MKITAAYLQD IE NAYKKTF LPEMSEKCEV LQYSAREAED AEKVVEDIEY LKCDKGPWPD QDDRTFHRLR MLVQNKLEVL NYTTIPVYLP EIT IGAHQS DRVFQKFTEL PGRKYSPGYN EDVGDKWIWL K

+
分子 #30: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 8 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #31: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 8 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #32: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

+
分子 #33: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...

分子名称: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 5 / 式: PLX
分子量理論値: 767.132 Da
Chemical component information

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

+
分子 #34: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer

分子名称: Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: UQ
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ:
Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer

+
分子 #35: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193234
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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