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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32003 | |||||||||
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タイトル | Structural insights into the membrane microdomain organization by SPFH family proteins | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane microdomain organization / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / membrane => GO:0016020 / cell division / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma CY / Wang CK | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the membrane microdomain organization by SPFH family proteins. 著者: Chengying Ma / Chengkun Wang / Dingyi Luo / Lu Yan / Wenxian Yang / Ningning Li / Ning Gao / 要旨: The lateral segregation of membrane constituents into functional microdomains, conceptually known as lipid raft, is a universal organization principle for cellular membranes in both prokaryotes and ...The lateral segregation of membrane constituents into functional microdomains, conceptually known as lipid raft, is a universal organization principle for cellular membranes in both prokaryotes and eukaryotes. The widespread Stomatin, Prohibitin, Flotillin, and HflK/C (SPFH) family proteins are enriched in functional membrane microdomains at various subcellular locations, and therefore were hypothesized to play a scaffolding role in microdomain formation. In addition, many SPFH proteins are also implicated in highly specific processes occurring on the membrane. However, none of these functions is understood at the molecular level. Here we report the structure of a supramolecular complex that is isolated from bacterial membrane microdomains and contains two SPFH proteins (HflK and HflC) and a membrane-anchored AAA+ protease FtsH. HflK and HflC form a circular 24-mer assembly, featuring a laterally segregated membrane microdomain (20 nm in diameter) bordered by transmembrane domains of HflK/C and a completely sealed periplasmic vault. Four FtsH hexamers are embedded inside this microdomain through interactions with the inner surface of the vault. These observations provide a mechanistic explanation for the role of HflK/C and their mitochondrial homologs prohibitins in regulating membrane-bound AAA+ proteases, and suggest a general model for the organization and functionalization of membrane microdomains by SPFH proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32003.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32003-v30.xml emd-32003.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32003.png | 138.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32003.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32003 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32003 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32003_validation.pdf.gz | 348.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32003_full_validation.pdf.gz | 348 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32003_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32003_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32003 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32003 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.057 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KCF complex
全体 | 名称: KCF complex |
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要素 |
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-超分子 #1: KCF complex
超分子 | 名称: KCF complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
分子 | 名称: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 7.345267 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RKVDYSTFLQ EVNNDQVREA RINGREINVT KKDSNRYTTY IPVQDPKLLD NLLTKNVKVV GEP UniProtKB: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH |
-分子 #2: Protein HflK
分子 | 名称: Protein HflK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 30.164129 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RVVTIAAAAI VIIWAASGFY TIKEAERGVV TRFGKFSHLV EPGLNWKPTF IDEVKPVNVE AVRELAASGV MLTSDENVVR VEMNVQYRV TNPEKYLYSV TSPDDSLRQA TDSALRGVIG KYTMDRILTE GRTVIRSDTQ RELEETIRPY DMGITLLDVN F QAARPPEE ...文字列: RVVTIAAAAI VIIWAASGFY TIKEAERGVV TRFGKFSHLV EPGLNWKPTF IDEVKPVNVE AVRELAASGV MLTSDENVVR VEMNVQYRV TNPEKYLYSV TSPDDSLRQA TDSALRGVIG KYTMDRILTE GRTVIRSDTQ RELEETIRPY DMGITLLDVN F QAARPPEE VKAAFDDAIA ARENEQQYIR EAEAYTNEVQ PRANGQAQRI LEEARAYKAQ TILEAQGEVA RFAKLLPEYK AA PEITRER LYIETMEKVL GNTRKVLVND UniProtKB: Protein HflK |
-分子 #3: Modulator of FtsH protease HflC
分子 | 名称: Modulator of FtsH protease HflC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 37.176293 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRKSVIAIII IVLVVLYMSV FVVKEGERGI TLRFGKVLRD DDNKPLVYEP GLHFKIPFIE TVKMLDARIQ TMDNQADRFV TKEKKDLIV DSYIKWRISD FSRYYLATGG GDISQAEVLL KRKFSDRLRS EIGRLDVKDI VTDSRGRLTL EVRDALNSGS A GTEDEVTT ...文字列: MRKSVIAIII IVLVVLYMSV FVVKEGERGI TLRFGKVLRD DDNKPLVYEP GLHFKIPFIE TVKMLDARIQ TMDNQADRFV TKEKKDLIV DSYIKWRISD FSRYYLATGG GDISQAEVLL KRKFSDRLRS EIGRLDVKDI VTDSRGRLTL EVRDALNSGS A GTEDEVTT SAADNAIAEA AERVTAETKG KVPVINPNSM AALGIEVVDV RIKQINLPTE VSEAIYNRMR AEREAVARRH RS QGQEEAE KLRATADYEV TRTLAEAERQ GRIMRGEGDA EAAKLFADAF SKDPDFYAFI RSLRAYENSF SGNQDVMVMS PDS DFFRYM KTP UniProtKB: Modulator of FtsH protease HflC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274457 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |