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- PDB-5n9j: Core Mediator of transcriptional regulation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9j
タイトルCore Mediator of transcriptional regulation
要素
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 14
  • Mediator Complex Subunit 9
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase II
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / nuclear envelope / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / nuclear envelope / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II, submodule Med31 (Soh1) / Helix Hairpins - #3490 / Mediator complex, subunit Med19, fungi / Rox3 mediator complex subunit / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Mediator complex, subunit Med10 / Transcription factor subunit Med10 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med4 ...Mediator of RNA polymerase II, submodule Med31 (Soh1) / Helix Hairpins - #3490 / Mediator complex, subunit Med19, fungi / Rox3 mediator complex subunit / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Mediator complex, subunit Med10 / Transcription factor subunit Med10 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med4 / Vitamin-D-receptor interacting Mediator subunit 4 / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / : / MED7 protein / Mediator complex, subunit Med20 / Mediator complex, subunit Med14 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex subunit MED14 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein C24C9.04 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 ...Uncharacterized protein C24C9.04 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nozawa, K. / Schneider, T.R. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, フランス, 日本, 6件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860, SPP1935 ドイツ
European Research Council Advanced Investigator Grant TRANSREGULON693023 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
Human Frontier Science ProgramLT000621/2012-L フランス
Japan Society for the Promotion of Science 日本
Uehara Memorial Foundation 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Core Mediator structure at 3.4 Angstrom extends model of transcription initiation complex.
著者: Nozawa, K. / Schneider, T.R. / Cramer, P.
履歴
登録2017年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
E: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
F: Mediator Complex Subunit 9
G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
S: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
V: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
W: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
X: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
Y: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
Z: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,41515
ポリマ－403,41515
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area89690 Å2
ΔGint-655 kcal/mol
Surface area142090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.864, 211.768, 267.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 14種, 14分子 ABCDEGRSUVWXYZ

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator complex subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II complex subunit pmc1


分子量: 68020.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med14, pmc1, SPBC1A4.10c, SPBP23A10.01c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P7Y4
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10 / Mediator complex subunit 10


分子量: 16352.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med10, nut2, SPBC31F10.09c / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P87310
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19 / Mediator complex subunit 19 / RNA polymerase II mediator complex protein rox3


分子量: 15952.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med19, rox3, SPCC1450.05c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7N2
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator complex subunit 21 / Suppressor of RNA polymerase B 7


分子量: 15821.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med21, srb7, SPBC1604.10 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94376
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / Mediator complex subunit 7


分子量: 43573.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med7, SPBC14F5.08 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60104
#7: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 / Mediator complex subunit 4 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc4


分子量: 27370.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med4, pmc4, SPBC1105.06 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y821
#8: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 / Cell separation protein sep10 / Mediator complex subunit 31 / Soh1 homolog


分子量: 16913.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med31, sep10, SPCP31B10.03c / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USH1
#9: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc5


分子量: 24928.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med6, pmc5, SPAC1002.15c / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9US45
#10: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Cell separation protein sep15 / Mediator complex subunit 8


分子量: 23360.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med8, sep15, SPBC21.04 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94646
#11: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 12644.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med11, SPAC644.10 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P6Q0
#12: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4 homolog


分子量: 62551.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med17, srb4, SPBC31F10.04c / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P87306
#13: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Cell separation protein sep11 / Mediator complex subunit 18 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc6


分子量: 24345.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med18, pmc6, sep11, SPAC5D6.05 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14198
#14: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex subunit 20


分子量: 22374.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med20, SPAC17G8.05 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10317
#15: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6 homolog


分子量: 15396.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: med22, srb6, SPAC29A4.07 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14010

-
タンパク質 , 1種, 1分子 F

#6: タンパク質 Mediator Complex Subunit 9


分子量: 13810.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC24C9.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O13964

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 3.2% PEG 20000, 700 mM ammonium nitrate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)10.97940, 1.90750, 0.97794, 0.97863
シンクロトロンSLS X06SA21.25414, 0.97630, 0.97920
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2015年9月17日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2016年2月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.90751
30.977941
40.978631
51.254141
60.97631
70.97921
反射解像度: 3.4→98.486 Å / Num. obs: 113813 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.643 % / Biso Wilson estimate: 154.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.174 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.4-3.66.6221.6441.06178000.4131.78497.5
3.6-3.856.9450.792.32172290.8020.85499.9
3.85-4.166.8520.3415.21160470.960.36999.9
4.16-4.566.8120.13512.41147740.9940.14799.9
4.56-5.096.5550.07721.72134420.9970.084100
5.09-5.886.6920.06326.52119130.9980.06899.9
5.88-7.26.4930.04635.7100990.9980.0599.8
7.2-10.156.1020.03150.1879310.9990.03499.8
10.15-98.4865.7040.02754.1545780.9980.0399.3

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→98.486 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 30.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 10950 4.99 %
Rwork0.2331 --
obs0.2343 219292 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 368.86 Å2 / Biso mean: 159.0468 Å2 / Biso min: 80.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→98.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23726 0 0 0 23726
残基数----2929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08132790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.61314804
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.43860.38543690.385669087277100
3.4386-3.47910.39593630.377669997362100
3.4791-3.52150.37943680.376569137281100
3.5215-3.56610.36353610.351469587319100
3.5661-3.6130.36573670.356269157282100
3.613-3.66250.3393730.349369907363100
3.6625-3.71490.36033690.338669457314100
3.7149-3.77030.33653640.337568917255100
3.7703-3.82920.32463670.32469687335100
3.8292-3.8920.34243660.304169107276100
3.892-3.95910.28753610.289170027363100
3.9591-4.03110.32013700.288469207290100
4.0311-4.10870.29793600.279369757335100
4.1087-4.19250.33363660.279869307296100
4.1925-4.28370.3123660.26569427308100
4.2837-4.38330.32083710.256869197290100
4.3833-4.49290.28253630.244869817344100
4.4929-4.61440.23973640.225669257289100
4.6144-4.75020.26643680.221869567324100
4.7502-4.90350.25113650.221169357300100
4.9035-5.07880.26033630.222269817344100
5.0788-5.28210.25673660.233669377303100
5.2821-5.52250.26093670.246769327299100
5.5225-5.81360.28163650.241669847349100
5.8136-6.17780.27083610.249569447305100
6.1778-6.65470.3183620.25169657327100
6.6547-7.32420.25533640.226769637327100
7.3242-8.38350.20833630.191969047267100
8.3835-10.56040.15543540.145269557309100
10.5604-98.52710.21653640.21236895725999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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