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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3200 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Rix1dC mutant pre-60S particle | |||||||||
マップデータ | Reconstructed Rix1 mutant pre-60S particle | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / ribosome assembly (リボソーム) / pre-60S / 5S RNP / assembly intermediate / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / Rea1 / Rix1 complex / Sda1 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Barrio-Garcia C / Thoms M / Flemming D / Kater L / Berninghausen O / Bassler J / Beckmann R / Hurt E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Architecture of the Rix1-Rea1 checkpoint machinery during pre-60S-ribosome remodeling. 著者: Clara Barrio-Garcia / Matthias Thoms / Dirk Flemming / Lukas Kater / Otto Berninghausen / Jochen Baßler / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Ribosome synthesis is catalyzed by ∼200 assembly factors, which facilitate efficient production of mature ribosomes. Here, we determined the cryo-EM structure of a Saccharomyces cerevisiae ...Ribosome synthesis is catalyzed by ∼200 assembly factors, which facilitate efficient production of mature ribosomes. Here, we determined the cryo-EM structure of a Saccharomyces cerevisiae nucleoplasmic pre-60S particle containing the dynein-related 550-kDa Rea1 AAA(+) ATPase and the Rix1 subcomplex. This particle differs from its preceding state, the early Arx1 particle, by two massive structural rearrangements: an ∼180° rotation of the 5S ribonucleoprotein complex and the central protuberance (CP) rRNA helices, and the removal of the 'foot' structure from the 3' end of the 5.8S rRNA. Progression from the Arx1 to the Rix1 particle was blocked by mutational perturbation of the Rix1-Rea1 interaction but not by a dominant-lethal Rea1 AAA(+) ATPase-ring mutant. After remodeling, the Rix1 subcomplex and Rea1 become suitably positioned to sense correct structural maturation of the CP, which allows unidirectional progression toward mature ribosomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3200.map.gz | 51.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3200-v30.xml emd-3200.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3200_Rix1-dC.png | 1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3200 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 443.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstructed Rix1 mutant pre-60S particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0345 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rix1dC mutant pre60S particle
全体 | 名称: Rix1dC mutant pre60S particle |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rix1dC mutant pre60S particle
超分子 | 名称: Rix1dC mutant pre60S particle / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: pre-60S particle
超分子 | 名称: pre-60S particle / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: pre-60S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 1.5 mM or 5 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: The freshly prepared pre-60S sample was applied to 2 nm pre-coated Quantifoil holey carbon supported grids and vitrified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.39 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.29 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2014年8月29日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) 実像数: 2659 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Subvolumes |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Signature, Spider / 使用した粒子像数: 26082 |
詳細 | The particles were selected using the automatic selection program SIGNATURE |