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- EMDB-31184: In situ structure of capping enzyme lambda2, penetration protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31184
タイトルIn situ structure of capping enzyme lambda2, penetration protein mu1 of mammalian reovirus capsid asymmetric unit.
マップデータ
試料
  • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Mu1
  • タンパク質・ペプチド: Mu1
  • リガンド: MYRISTIC ACIDミリスチン酸
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / : / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mu1 membrane penetration protein, domain I / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / Mu1
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhou ZH / Pan M
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Asymmetric reconstruction of mammalian reovirus reveals interactions among RNA, transcriptional factor µ2 and capsid proteins.
著者: Muchen Pan / Ana L Alvarez-Cabrera / Joon S Kang / Lihua Wang / Chunhai Fan / Z Hong Zhou /
要旨: Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious ...Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious particle, limits understanding of molecular interactions among proteins and RNA, and their contributions to virion assembly and RNA transcription. Here, we report the 3.3 Å-resolution asymmetric reconstruction of transcribing MRV and in situ atomic models of its capsid proteins, the asymmetrically attached RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) λ3, and RdRp-bound nucleoside triphosphatase μ2 with a unique RNA-binding domain. We reveal molecular interactions among virion proteins and genomic and messenger RNA. Polymerase complexes in three Spinoreovirinae subfamily members are organized with different pseudo-D symmetries to engage their highly diversified genomes. The above interactions and those between symmetry-mismatched receptor-binding σ1 trimers and RNA-capping λ2 pentamers balance competing needs of capsid assembly, external protein removal, and allosteric triggering of endogenous RNA transcription, before, during and after infection, respectively.
履歴
登録2021年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
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  • 原子モデル: PDB-7ell
  • 表面レベル: 0.013
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ell
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31184.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31184.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.01853774 - 0.03678633
平均 (標準偏差)0.0009727747 (±0.003815516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 642.00006 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z642.000642.000642.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ336210602
NX/NY/NZ227193139
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0190.0370.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian orthoreovirus 3 Dearing

全体名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Mu1
  • タンパク質・ペプチド: Mu1
  • リガンド: MYRISTIC ACIDミリスチン酸

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超分子 #1: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing

超分子名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3 / NCBI-ID: 10886 / 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Mu1

分子名称: Mu1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 4.050441 KDa
配列文字列:
GNASSIVQTI NVTGDGNVFK PSAETSSTAV PSLSLSPGML N

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分子 #2: Mu1

分子名称: Mu1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 72.228719 KDa
配列文字列: PGGVPWIAVG DETSVTSPGA LRRMTSKDIP ETAIINTDNS SGAVPSESAL VPYIDEPLVV VTEHAITNFT KAEMALEFNR EFLDKMRVL SVSPKYSDLL TYVDCYVGVS ARQALNNFQK QVPVITPTRQ TMYVDSIQAA LKALEKWEID LRVAQTLLPT N VPIGEVSC ...文字列:
PGGVPWIAVG DETSVTSPGA LRRMTSKDIP ETAIINTDNS SGAVPSESAL VPYIDEPLVV VTEHAITNFT KAEMALEFNR EFLDKMRVL SVSPKYSDLL TYVDCYVGVS ARQALNNFQK QVPVITPTRQ TMYVDSIQAA LKALEKWEID LRVAQTLLPT N VPIGEVSC PMQSVVKLLD DQLPDDSLIR RYPKEAAVAL AKRNGGIQWM DVSEGTVMNE AVNAVAASAL APSASAPPLE EK SKLTEQA MDLVTAAEPE IIASLVPVPA PVFAIPPKPA DYNVRTLRID EATWLRMIPK SMNTPFQIQV TDNTGTNWHL NLR GGTRVV NLDQIAPMRF VLDLGGKSYK ETSWDPNGKK VGFIVFQSKI PFELWTAASQ IGQATVVNYV QLYAEDSSFT AQSI IATTS LAYNYEPEQL NKTDPEMNYY LLATFIDSAA ITPTNMTQPD VWDALLTMSP LSAGEVTVKG AVVSEVVPAD LIGSY TPES LNTSLPNDAA RCMIDRASKI AEAIKIDDDA GPDEYSPNSV PIQGQLAISQ LETGYGVRIF NPKGILSKIA SRAMQA FIG DPSTIITQAA PVLSDKNNWI ALAQGVKTSL RTKSLSAGVK TAVSKLSSSE SIQNWTQGFL DKVSAHFPAP KPDCPTS GD SGESSNRRVK RDSYAGVVKR GYTR

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分子 #3: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase

分子名称: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 143.998625 KDa
配列文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREK LRVLKYEVLR IYPISNYSNE HVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIIN DTMIGDLLGT GASLSQFFQS H GDVLEVAA ...文字列:
MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREK LRVLKYEVLR IYPISNYSNE HVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIIN DTMIGDLLGT GASLSQFFQS H GDVLEVAA GRKYLQMENY SNDDDDPPLF AKDLSDYAKA FYSDTYEVLD RFFWTHDSSA GVLVHYDKPT NGHHYLLGTL TQ MVSAPPY IINATDAMLL ESCLEQFSAN VRARPAQPVT RLDQCYHLRW GAQYVGEDSL TYRLGVLSLL ATNGYQLARP IPR QLTNRW LSSFVSQIMS DGVNETPLWP QERYVQIAYD SPSVVDGATQ YGYVRKNQLR LGMRISALQS LSDTPSPVQW LPQY TIDQA AMDEGDLMVS RLTQLPLRPD YGNIWVGDAL SYYVDYNRSH RVVLSSELPQ LPDTYFDGDE QYGRSLFSLA RKIGD RSLV KDTAVLKHAY QAIDPNTGKE YLRSGQSVAY FGASAGHSGA DQPLVIEPWI QGKISGVPPP SSVRQFGYDV ARGAIV DLA RPFPSGDYQF VYSDVDQVVD GHDDLSISSG LVESLLSSCM HATAPGGSFV VKINFPTRPV WHYIEQKILP NITSYML IK PFVTNNVELF FVAFGVHQHS SLTWTSGVYF FLVDHFYRYE TLSTISRQLP SFGYVDDGSS VTGIETISIE NPGFSNMT Q AARIGISGLC ANVGNARKSI AIYESHGARV LTITSRRSPA SARRKSRLRY LPLIDPRSLE VQARTILPAD PVLFENVSG ASPHVCLTMM YNFEVSSAVY DGDVVLDLGT GPEAKILELI PATSPVTCVD IRPTAQPSGC WNVRTTFLEL DYLSDGWITG VRGDIVTCM LSLGAAAAGK SMTFDAAFQQ LIKVLSKSTA NVVLVQVNCP TDVVRSIKGY LEIDSTNKRY RFPKFGRDEP Y SDMDALEK ICRTAWPNCS ITWVPLSYDL RWTRLALLES TTLSSASIRI AELMYKYMPI MRIDIHGLPM EKRGNFIVGQ NC SLVIPGF NAQDVFNCYF NSALAFSTED VNAAMIPQVS AQFDATKGEW TLDMVFSDAG IYTMQALVGS NANPVSLGSF VVD SPDVDI TDAWPAQLDF TIAGTDVDIT VNPYYRLMTF VRIDGQWQIA NPDKFQFFSS ASGTLVMNVK LDIADKYLLY YIRD VQSRD VGFYIQHPLQ LLNTITLPTN EDLFLSAPDM REWAVKESGN TICILNSQGF VLPQDWDVLT DTISWSPSIP TYIVP PGDY TLTPL

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分子 #4: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Sphere
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61861
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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