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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30997 | |||||||||
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タイトル | the complex of inactive CaSR and NB2D11 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 bile acid secretion / chemosensory behavior / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol phospholipase C activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / calcium ion import / positive regulation of positive chemotaxis / fat pad development ...bile acid secretion / chemosensory behavior / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol phospholipase C activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / calcium ion import / positive regulation of positive chemotaxis / fat pad development / amino acid binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of calcium ion import / regulation of calcium ion transport / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / detection of calcium ion / anatomical structure morphogenesis / axon terminus / JNK cascade / positive regulation of vasoconstriction / chloride transmembrane transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 骨化 / response to ischemia / G protein-coupled receptor activity / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of insulin secretion / intracellular calcium ion homeostasis / vasodilation / integrin binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / cellular response to hypoxia / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / 細胞膜 / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Geng Y / Chen XC / Wang L / Cui QQ / Ding ZY / Han L / Kou YJ / Zhang WQ / Wang HN / Jia XM ...Geng Y / Chen XC / Wang L / Cui QQ / Ding ZY / Han L / Kou YJ / Zhang WQ / Wang HN / Jia XM / Dai M / Shi ZZ / Li YY / Li XY | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the activation of human calcium-sensing receptor. 著者: Xiaochen Chen / Lu Wang / Qianqian Cui / Zhanyu Ding / Li Han / Yongjun Kou / Wenqing Zhang / Haonan Wang / Xiaomin Jia / Mei Dai / Zhenzhong Shi / Yuying Li / Xiyang Li / Yong Geng / 要旨: Human calcium-sensing receptor (CaSR) is a G-protein-coupled receptor that maintains Ca homeostasis in serum. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of the CaSR in the inactive and ...Human calcium-sensing receptor (CaSR) is a G-protein-coupled receptor that maintains Ca homeostasis in serum. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of the CaSR in the inactive and agonist+PAM bound states. Complemented with previously reported structures of CaSR, we show that in addition to the full inactive and active states, there are multiple intermediate states during the activation of CaSR. We used a negative allosteric nanobody to stabilize the CaSR in the fully inactive state and found a new binding site for Ca ion that acts as a composite agonist with L-amino acid to stabilize the closure of active Venus flytraps. Our data show that agonist binding leads to compaction of the dimer, proximity of the cysteine-rich domains, large-scale transitions of seven-transmembrane domains, and inter- and intrasubunit conformational changes of seven-transmembrane domains to accommodate downstream transducers. Our results reveal the structural basis for activation mechanisms of CaSR and clarify the mode of action of Ca ions and L-amino acid leading to the activation of the receptor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30997.map.gz | 17.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30997-v30.xml emd-30997.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30997.png | 85.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30997 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30997 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.105 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CaSR
全体 | 名称: CaSR |
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要素 |
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-超分子 #1: CaSR
超分子 | 名称: CaSR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Extracellular calcium-sensing receptor
分子 | 名称: Extracellular calcium-sensing receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 97.326094 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: YGPDQRAQKK GDIILGGLFP IHFGVAAKDQ DLKSRPESVE CIRYNFRGFR WLQAMIFAIE EINSSPALLP NLTLGYRIFD TCNTVSKAL EATLSFVAQN KIDSLNLDEF CNCSEHIPST IAVVGATGSG VSTAVANLLG LFYIPQVSYA SSSRLLSNKN Q FKSFLRTI ...文字列: YGPDQRAQKK GDIILGGLFP IHFGVAAKDQ DLKSRPESVE CIRYNFRGFR WLQAMIFAIE EINSSPALLP NLTLGYRIFD TCNTVSKAL EATLSFVAQN KIDSLNLDEF CNCSEHIPST IAVVGATGSG VSTAVANLLG LFYIPQVSYA SSSRLLSNKN Q FKSFLRTI PNDEHQATAM ADIIEYFRWN WVGTIAADDD YGRPGIEKFR EEAEERDICI DFSELISQYS DEEEIQHVVE VI QNSTAKV IVVFSSGPDL EPLIKEIVRR NITGKIWLAS EAWASSSLIA MPQYFHVVGG TIGFALKAGQ IPGFREFLKK VHP RKSVHN GFAKEFWEET FNCHLQEGAK GPLPVDTFLR GHEESGDRFS NSSTAFRPLC TGDENISSVE TPYIDYTHLR ISYN VYLAV YSIAHALQDI YTCLPGRGLF TNGSCADIKK VEAWQVLKHL RHLNFTNNMG EQVTFDECGD LVGNYSIINW HLSPE DGSI VFKEVGYYNV YAKKGERLFI NEEKILWSGF SREVPFSNCS RDCLAGTRKG IIEGEPTCCF ECVECPDGEY SDETDA SAC NKCPDDFWSN ENHTSCIAKE IEFLSWTEPF GIALTLFAVL GIFLTAFVLG VFIKFRNTPI VKATNRELSY LLLFSLL CC FSSSLFFIGE PQDWTCRLRQ PAFGISFVLC ISCILVKTNR VLLVFEAKIP TSFHRKWWGL NLQFLLVFLC TFMQIVIC V IWLYTAPPSS YRNQELEDEI IFITCHEGSL MALGFLIGYT CLLAAICFFF AFKSRKLPEN FNEAKFITFS MLIFFIVWI SFIPAYASTY GKFVSAVEVI AILAASFGLL ACIFFNKIYI ILFKPSRNTI EAAADYKDDD DK |
-分子 #2: NB-2D11
分子 | 名称: NB-2D11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 15.776344 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG SVQAGGSLRL SCAASGFPIS TYDMGWFRQA PGKEREGVVG ITDSFSIKYE DSVKGRFTIS RDNAKNALYL QMNSLKPED TGMYYCAAGD ARWSLLLRAE QYNYWGQGTQ VTVSSAAAYP YDVPDYGSHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1215058 |