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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30967 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the conformation 2 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex focused ACE2-B0AT1 complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 ...Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / sodium ion transmembrane transport / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / regulation of cytokine production / positive regulation of cardiac muscle contraction / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / endopeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapien (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan RH / Zhang YY | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the different states of the spike protein of SARS-CoV-2 in complex with ACE2. 著者: Renhong Yan / Yuanyuan Zhang / Yaning Li / Fangfei Ye / Yingying Guo / Lu Xia / Xinyue Zhong / Ximin Chi / Qiang Zhou / | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30967.map.gz | 44.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30967-v30.xml emd-30967.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30967.png | 59.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30967 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30967 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of the conformation 2 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex...
全体 | 名称: Cryo-EM map of the conformation 2 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex focused ACE2-B0AT1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of the conformation 2 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex...
超分子 | 名称: Cryo-EM map of the conformation 2 of S-ACE2-B0AT1 ternary complex focused ACE2-B0AT1 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapien (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 53141 |