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- EMDB-30545: Cryo-EM structure of Schizosaccharomyces pombe Atg9 of trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30545
タイトルCryo-EM structure of Schizosaccharomyces pombe Atg9 of trimer
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Protein detergent complex (Atg9-LMNG ) treated with GraFix
    • タンパク質・ペプチド: Atg9
機能・相同性
機能・相同性情報


オートファジー / : / phospholipid scramblase activity / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / オートファゴソーム / オートファジー ...オートファジー / : / phospholipid scramblase activity / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / オートファゴソーム / オートファジー / cytoplasmic vesicle membrane / オートファジー / protein transport / membrane => GO:0016020 / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 9 / Autophagy protein ATG9
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Matoba K / Tsutsumi A
資金援助 日本, 9件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06097 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101001 (support number 0053) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K21608 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR14M1 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR13M7 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25111004 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101079 (support number 0739) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05707 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03989 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion.
著者: Kazuaki Matoba / Tetsuya Kotani / Akihisa Tsutsumi / Takuma Tsuji / Takaharu Mori / Daisuke Noshiro / Yuji Sugita / Norimichi Nomura / So Iwata / Yoshinori Ohsumi / Toyoshi Fujimoto / Hitoshi ...著者: Kazuaki Matoba / Tetsuya Kotani / Akihisa Tsutsumi / Takuma Tsuji / Takaharu Mori / Daisuke Noshiro / Yuji Sugita / Norimichi Nomura / So Iwata / Yoshinori Ohsumi / Toyoshi Fujimoto / Hitoshi Nakatogawa / Masahide Kikkawa / Nobuo N Noda /
要旨: The molecular function of Atg9, the sole transmembrane protein in the autophagosome-forming machinery, remains unknown. Atg9 colocalizes with Atg2 at the expanding edge of the isolation membrane (IM) ...The molecular function of Atg9, the sole transmembrane protein in the autophagosome-forming machinery, remains unknown. Atg9 colocalizes with Atg2 at the expanding edge of the isolation membrane (IM), where Atg2 receives phospholipids from the endoplasmic reticulum (ER). Here we report that yeast and human Atg9 are lipid scramblases that translocate phospholipids between outer and inner leaflets of liposomes in vitro. Cryo-EM of fission yeast Atg9 reveals a homotrimer, with two connected pores forming a path between the two membrane leaflets: one pore, located at a protomer, opens laterally to the cytoplasmic leaflet; the other, at the trimer center, traverses the membrane vertically. Mutation of residues lining the pores impaired IM expansion and autophagy activity in yeast and abolished Atg9's ability to transport phospholipids between liposome leaflets. These results suggest that phospholipids delivered by Atg2 are translocated from the cytoplasmic to the luminal leaflet by Atg9, thereby driving autophagosomal membrane expansion.
履歴
登録2020年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0291
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0291
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30545.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30545.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.545 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0291 / ムービー #1: 0.0291
最小 - 最大-0.022595631 - 0.07088186
平均 (標準偏差)0.0018120831 (±0.005914598)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 216.29999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5451.5451.545
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z216.300216.300216.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.0230.0710.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30545_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30545_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30545_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein detergent complex (Atg9-LMNG ) treated with GraFix

全体名称: Protein detergent complex (Atg9-LMNG ) treated with GraFix
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Protein detergent complex (Atg9-LMNG ) treated with GraFix
    • タンパク質・ペプチド: Atg9

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超分子 #1: Protein detergent complex (Atg9-LMNG ) treated with GraFix

超分子名称: Protein detergent complex (Atg9-LMNG ) treated with GraFix
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: BJ926 / 組換プラスミド: pRS426

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分子 #1: Atg9

分子名称: Atg9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFYQPAQNKK QYDDLADIEA QNNVPNTQEV LEAWQESLDS DEDESSPLEE SNGFTISEHD DFVKSVPRKN NPTDLLYSGK LLDSDEPPS VHGNSSKVPS KHPSPSFPET TSLRNLQNGS KQKPALPNFN DPHFYNEDVT RSGHPNRSIY TQLPRNEFSN A RVLWNRLS ...文字列:
MFYQPAQNKK QYDDLADIEA QNNVPNTQEV LEAWQESLDS DEDESSPLEE SNGFTISEHD DFVKSVPRKN NPTDLLYSGK LLDSDEPPS VHGNSSKVPS KHPSPSFPET TSLRNLQNGS KQKPALPNFN DPHFYNEDVT RSGHPNRSIY TQLPRNEFSN A RVLWNRLS ARDRVLWRWA NVENLDSFLQ QVYTYYTGKG LSCIIVHRLF QILTVSFVIG FTTFITSCID WPAVTPHGSL AG VTKSQCI AQMSPITYLV LWLFLSFLLA LWIYYLTDIP RLWQMREFYI HALKIATADM PTVSWQRVLY RLLKLKNVNA LTA EDGRVV SLHNMKRLDA YAIANRIMRK DNYFIALINN GIINIELPLL HRRILTHTTE WNINWCIFNF VFDEQGQLRS AFRN PNSRK RLSEELRRRF IVAGFLNCLF APIVAIYLVI HNFFRYFNEY HKNPGALSTR RYTPLALWTF REYNELQHFF DERIN DSYA AASHYVSQFP DFNMIRLFKY ISFILGSFTA ILVIITVFDP ELMVTFEITK DRSVLFYLGL FGSLIAVSRS IIPDET LVF APEKALRRVI TFTHYMPGWW SDNMHSKAVQ QEFCSLYSYR IVNLLWEILG ILLTPVLLFF TFPSCSQDIV DFFREHT IN VEGVGYVCSY AVFQDNPPYE SVASLVQSRK ISPLIQNKPE LSRIYFYEQF NTEAPRRDLR GSLEVLFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8.3
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESN-(2-Hydroxyethyl)piperazine-N'-2-ethanesulfonic Acid
150.0 mMKClpotassium chloride
0.002 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 43113
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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