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- EMDB-2966: EM structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2966
タイトルEM structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
マップデータReconstruction of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP
試料
  • 試料: Yeast U4/U6.U5 tri-snRNP
  • RNA: U4 snRNA
  • RNA: U5 snRNA
  • RNA: U6 snRNA
  • タンパク質・ペプチド: U4/U6.U5 tri-snRNP
キーワードSpliceosome (スプライセオソーム) / tri-snRNP (核内低分子リボ核タンパク質)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Nguyen THD / Galej WP / Bai X-C / Savva CG / Newman AJ / Scheres SHW / Nagai K
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-chen Bai / Christos G Savva / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key ...U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key components Prp8, Brr2 and Snu114. The tri-snRNP combines with a precursor messenger RNA substrate bound to U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), and transforms into a catalytically active spliceosome after extensive compositional and conformational changes triggered by unwinding of the U4 and U6 (U4/U6) snRNAs. Here we use cryo-electron microscopy single-particle reconstruction of Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP at 5.9 Å resolution to reveal the essentially complete organization of its RNA and protein components. The single-stranded region of U4 snRNA between its 3' stem-loop and the U4/U6 snRNA stem I is loaded into the Brr2 helicase active site ready for unwinding. Snu114 and the amino-terminal domain of Prp8 position U5 snRNA to insert its loop I, which aligns the exons for splicing, into the Prp8 active site cavity. The structure provides crucial insights into the activation process and the active site of the spliceosome.
履歴
登録2015年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月6日-
マップ公開2015年7月1日-
更新2015年7月1日-
現状2015年7月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2966.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2966.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.19736847 - 0.37212843
平均 (標準偏差)0.00018776 (±0.01347888)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 495.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z495.600495.600495.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1970.3720.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast U4/U6.U5 tri-snRNP

全体名称: Yeast U4/U6.U5 tri-snRNP
要素
  • 試料: Yeast U4/U6.U5 tri-snRNP
  • RNA: U4 snRNA
  • RNA: U5 snRNA
  • RNA: U6 snRNA
  • タンパク質・ペプチド: U4/U6.U5 tri-snRNP

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超分子 #1000: Yeast U4/U6.U5 tri-snRNP

超分子名称: Yeast U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: U4 snRNA

分子名称: U4 snRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: budding yeast

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分子 #2: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: budding yeast

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分子 #3: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: budding yeast

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分子 #4: U4/U6.U5 tri-snRNP

分子名称: U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Budding yeast / Organelle: Nucleus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged in amylamine atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 2 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 79096 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
日付2014年6月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2035 / 平均電子線量: 40 e/Å2
詳細: Every image is the average of sixteen frames recorded by the direct electron detector
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION
詳細: To correct for beam-induced movements, the 16 video frames for each micrograph were first aligned using whole-image motion correction. Second, particle based beam-induced movement correction ...詳細: To correct for beam-induced movements, the 16 video frames for each micrograph were first aligned using whole-image motion correction. Second, particle based beam-induced movement correction was performed using statistical movie processing in RELION.
使用した粒子像数: 179079
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4i43

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4bgd

ソフトウェア名称: Chimera, coot
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4wzj

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

1qgv

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

2ozb

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 6

初期モデルPDB ID:

2ale

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 7

初期モデルPDB ID:

4m77

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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