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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2847 | |||||||||
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タイトル | 2.9A structure of E. coli ribosome-EF-Tu complex by Cs-corrected cryo-EM | |||||||||
マップデータ | Structure of E. coli 70S-EF-Tu-GDP-kirromycin-Phe-tRNAPhe-fMet-tRNAfmet-tRNAfMet complex optimum contour level 0.32-0.64 (1.5-3 sigma) | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / protein synthesis (タンパク質生合成) / decoding / elongation factor Tu (EF-Tu) / tRNA (転移RNA) / RNA modification (RNAエディティング) / antibiotic (抗生物質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fischer N / Neumann P / Konevega AL / Bock LV / Ficner R / Rodnina MV / Stark H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Structure of the E. coli ribosome-EF-Tu complex at <3 Å resolution by Cs-corrected cryo-EM. 著者: Niels Fischer / Piotr Neumann / Andrey L Konevega / Lars V Bock / Ralf Ficner / Marina V Rodnina / Holger Stark / 要旨: Single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) has recently made significant progress in high-resolution structure determination of macromolecular complexes due to improvements in electron ...Single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) has recently made significant progress in high-resolution structure determination of macromolecular complexes due to improvements in electron microscopic instrumentation and computational image analysis. However, cryo-EM structures can be highly non-uniform in local resolution and all structures available to date have been limited to resolutions above 3 Å. Here we present the cryo-EM structure of the 70S ribosome from Escherichia coli in complex with elongation factor Tu, aminoacyl-tRNA and the antibiotic kirromycin at 2.65-2.9 Å resolution using spherical aberration (Cs)-corrected cryo-EM. Overall, the cryo-EM reconstruction at 2.9 Å resolution is comparable to the best-resolved X-ray structure of the E. coli 70S ribosome (2.8 Å), but provides more detailed information (2.65 Å) at the functionally important ribosomal core. The cryo-EM map elucidates for the first time the structure of all 35 rRNA modifications in the bacterial ribosome, explaining their roles in fine-tuning ribosome structure and function and modulating the action of antibiotics. We also obtained atomic models for flexible parts of the ribosome such as ribosomal proteins L9 and L31. The refined cryo-EM-based model presents the currently most complete high-resolution structure of the E. coli ribosome, which demonstrates the power of cryo-EM in structure determination of large and dynamic macromolecular complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2847.map.gz | 262.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2847-v30.xml emd-2847.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2847.jpg | 136.4 KB | ||
その他 | EMD-2847-FSC-mask.map EMD-2847-full.map EMD-2847-half1.map EMD-2847-half2.map | 282.6 MB 282.6 MB 282.6 MB 282.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2847 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2847 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of E. coli 70S-EF-Tu-GDP-kirromycin-Phe-tRNAPhe-fMet-tRNAfmet-tRNAfMet complex optimum contour level 0.32-0.64 (1.5-3 sigma) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.75525 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: EMD-2847-FSC-mask.map
ファイル | EMD-2847-FSC-mask.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-2847-full.map
ファイル | EMD-2847-full.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-2847-half1.map
ファイル | EMD-2847-half1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-2847-half2.map
ファイル | EMD-2847-half2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : E. coli 70S-EF-Tu-GDP-kirromycin-Phe-tRNAPhe-fMet-tRNAfmet-tRNAfM...
全体 | 名称: E. coli 70S-EF-Tu-GDP-kirromycin-Phe-tRNAPhe-fMet-tRNAfmet-tRNAfMet complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli 70S-EF-Tu-GDP-kirromycin-Phe-tRNAPhe-fMet-tRNAfmet-tRNAfM...
超分子 | 名称: E. coli 70S-EF-Tu-GDP-kirromycin-Phe-tRNAPhe-fMet-tRNAfmet-tRNAfMet complex タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 6 |
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分子量 | 理論値: 2.8 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: elongation factor Tu
分子 | 名称: elongation factor Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EF-Tu 詳細: EF-Tu-GDP stalled on the ribosome by the antibiotic kirromycin 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: Phe-tRNAPhe
分子 | 名称: Phe-tRNAPhe / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #3: initiator fMet-tRNAfMet
分子 | 名称: initiator fMet-tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #4: deacylated tRNAfMet
分子 | 名称: deacylated tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 4 / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #5: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 5 / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GGCAAGGAGG UAAAUAAUGU UCGUUACGAC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50mM Hepes-KOH, 70mM NH4Cl, 30mM KCl, 20mM MgCl2, 1mM DTT, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 0.15mM kirromycin |
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グリッド | 詳細: Quantifoil grids (3.5/1um) covered with pre-floated continuous carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 192000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Using a Cs-corrector from CEOS electron optical aberrations were corrected to residual phase errors of 45degree at scattering angles of >12 to 15 mrad. |
日付 | 2011年12月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 実像数: 24684 / 平均電子線量: 40 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: local CTF correction |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: custom-made, IMAGIC-5, Relion, 1.2 使用した粒子像数: 417201 |