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- EMDB-27183: Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27183
タイトルAsymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes
マップデータAsymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes
試料
  • 複合体: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulated lipid bilayer
    • 複合体: AP-1 heterotetramer
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit beta-1AP-1
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit gamma-1AP-1
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit mu-1AP-1
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit sigma-3AP-1
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1ARF1
    • タンパク質・ペプチド: Protein Nef
    • タンパク質・ペプチド: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードnef / AP / trafficking / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


basolateral protein secretion / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / mitotic cleavage furrow ingression / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / AP-1 adaptor complex / trans-Golgi Network Vesicle Budding / endosome to melanosome transport / positive regulation of natural killer cell degranulation / Lysosome Vesicle Biogenesis ...basolateral protein secretion / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / mitotic cleavage furrow ingression / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / AP-1 adaptor complex / trans-Golgi Network Vesicle Budding / endosome to melanosome transport / positive regulation of natural killer cell degranulation / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / regulation of receptor internalization / protein trimerization / melanosome assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Golgi to lysosome transport / Intra-Golgi traffic / Golgi to vacuole transport / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / GTP-dependent protein binding / suppression by virus of host autophagy / clathrin adaptor activity / MHC class II antigen presentation / melanosome organization / thioesterase binding / CD4 receptor binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / determination of left/right symmetry / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / クラスリン / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / host cell Golgi membrane / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / kinesin binding / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / intracellular copper ion homeostasis / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / protein targeting / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / COPI-mediated anterograde transport / TAP binding / regulation of calcium-mediated signaling / クラスリン / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / vesicle-mediated transport / ウイルスのライフサイクル / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / detection of bacterium / Neutrophil degranulation / T cell receptor binding / sarcomere / 低分子量GTPアーゼ / trans-Golgi network membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / kidney development / virion component / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / ゴルジ体 / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / cellular response to virus / small GTPase binding / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / SH3 domain binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell
類似検索 - 分子機能
AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta ...AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Adaptor protein complex, sigma subunit / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / small GTPase Arf family profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Rab subfamily of small GTPases / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Armadillo-type fold / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / AP-1 complex subunit gamma-1 / AP-1 complex subunit mu-1 / ADP-ribosylation factor 1 / AP-1 complex subunit beta-1 / Protein Nef / AP-1 complex subunit sigma-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Hooy RM / Hurley JH
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 AI152971 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI120691 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150476 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat.
著者: Richard M Hooy / Yuichiro Iwamoto / Dan A Tudorica / Xuefeng Ren / James H Hurley /
要旨: The adaptor protein (AP) complexes not only form the inner layer of clathrin coats but also have clathrin-independent roles in membrane traffic whose mechanisms are unknown. HIV-1 Nef hijacks AP-1 to ...The adaptor protein (AP) complexes not only form the inner layer of clathrin coats but also have clathrin-independent roles in membrane traffic whose mechanisms are unknown. HIV-1 Nef hijacks AP-1 to sequester major histocompatibility complex class I (MHC-I), evading immune detection. We found that AP-1:Arf1:Nef:MHC-I forms a coat on tubulated membranes without clathrin and determined its structure. The coat assembles via Arf1 dimer interfaces. AP-1-positive tubules are enriched in cells upon clathrin knockdown. Nef localizes preferentially to AP-1 tubules in cells, explaining how Nef sequesters MHC-I. Coat contact residues are conserved across Arf isoforms and the Arf-dependent AP complexes AP-1, AP-3, and AP-4. Thus, AP complexes can self-assemble with Arf1 into tubular coats without clathrin or other scaffolding factors. The AP-1:Arf1 coat defines the structural basis of a broader class of tubulovesicular membrane coats as an intermediate in clathrin vesicle formation from internal membranes and as an MHC-I sequestration mechanism in HIV-1 infection.
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-17.749417999999999 - 29.083199
平均 (標準偏差)-0.040340986 (±2.7180018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 201.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27183_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27183_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27183_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulate...

全体名称: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulated lipid bilayer
要素
  • 複合体: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulated lipid bilayer
    • 複合体: AP-1 heterotetramer
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit beta-1AP-1
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit gamma-1AP-1
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit mu-1AP-1
      • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit sigma-3AP-1
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1ARF1
    • タンパク質・ペプチド: Protein Nef
    • タンパク質・ペプチド: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulate...

超分子名称: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulated lipid bilayer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: Asymmetric unit of the lattice on wide membrane tubes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: AP-1 heterotetramer

超分子名称: AP-1 heterotetramer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#7
詳細: All four subunits are co-expressed from the same plasmid. Assembly occurs in bacteria during expression.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal myristoylation / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.590547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GNIFANLFKG LFGKKEMRIL MVGLDAAGKT TILYKLKLGE IVTTIPTIGF NVETVEYKNI SFTVWDVGGQ DKIRPLWRHY FQNTQGLIF VVDSNDRERV NEAREELMRM LAEDELRDAV LLVFANKQDL PNAMNAAEIT DKLGLHSLRH RNWYIQATCA T SGDGLYEG LDWLSNQLRN QK

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分子 #2: Protein Nef

分子名称: Protein Nef / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal myristoylation / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 24.154049 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GGKWSKSSVI GWPAVRERMR RAEPAADGVG AVSRDLEKHG AITSSNTAAN NAACAWLEAQ EEEEVGFPVT PQVPLRPMTY KAAVDLSHF LKEKGGLEGL IHSQRRQDIL DLWIYHTQGY FPDWQNYTPG PGVRYPLTFG WCYKLVPVEP DKVEEANKGE N TSLLHPVS ...文字列:
GGKWSKSSVI GWPAVRERMR RAEPAADGVG AVSRDLEKHG AITSSNTAAN NAACAWLEAQ EEEEVGFPVT PQVPLRPMTY KAAVDLSHF LKEKGGLEGL IHSQRRQDIL DLWIYHTQGY FPDWQNYTPG PGVRYPLTFG WCYKLVPVEP DKVEEANKGE N TSLLHPVS LHGMDDPERE VLEWRFDSRL AFHHVARELH PEYFKNCGHH HHHH

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分子 #3: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

分子名称: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.139429 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
CRKSSDRKGG SYSQAAGSDS AQSSDVSLTA AKVHHHHHH

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分子 #4: AP-1 complex subunit beta-1

分子名称: AP-1 complex subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.736461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTDSKYFTTT KKGEIFELKA ELNSDKKEKK KEAVKKVIAS MTVGKDVSAL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN TFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQLVEDQ G FLDTLKDL ...文字列:
MTDSKYFTTT KKGEIFELKA ELNSDKKEKK KEAVKKVIAS MTVGKDVSAL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN TFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQLVEDQ G FLDTLKDL ISDSNPMVVA NAVAALSEIA ESHPSSNLLD LNPQSINKLL TALNECTEWG QIFILDCLAN YMPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFM EMLSKDLDYY GTLLKKLAPP LVTLLSAEPE LQYVALRNIN LIVQKRPEIL KHE MKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELREYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIK DIFRKYPNKY ESVIATLCEN LDSLDEPEAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD KSTQV QLQL LTAIVKLFLK KPTETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VAAKEVVLAE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICYIGTLASV YHKPPSAFVE GGRGVVHKSL PPRTASSESA ESPETAPTGA PPGEQPDVIP AQGDLLGDLL NLDLGPP VS GPPLATSSVQ MGAVDLLGGG LDSLMGDEPE GIGGTNFVAP PTAAVPANLG APIGSGLSDL FDLTSGVGTL SGSYVAPK A VWLPAMKAKG LEISGTFTRQ VGSISMDLQL TNKALQVMTD FAIQFNRNSF GLAPAAPLQV HAPLSPNQTV EISLPLSTV GSVMKMEPLN NLQVAVKNNI DVFYFSTLYP LHILFVEDGK MDRQMFLATW KDIPNENEAQ FQIRDCPLNA EAASSKLQSS NIFTVAKRN VEGQDMLYQS LKLTNGIWVL AELRIQPGNP SCTDLELSLK CRAPEVSQHV YQAYETILKN

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分子 #5: AP-1 complex subunit gamma-1

分子名称: AP-1 complex subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 68.194094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPAPIRLREL IRTIRTARTQ AEEREMIQKE CAAIRSSFRE EDNTYRCRNV AKLLYMHMLG YPAHFGQLEC LKLIASQKFT DKRIGYLGA MLLLDERQDV HLLMTNCIKN DLNHSTQFVQ GLALCTLGCM GSSEMCRDLA GEVEKLLKTS NSYLRKKAAL C AVHVIRKV ...文字列:
MPAPIRLREL IRTIRTARTQ AEEREMIQKE CAAIRSSFRE EDNTYRCRNV AKLLYMHMLG YPAHFGQLEC LKLIASQKFT DKRIGYLGA MLLLDERQDV HLLMTNCIKN DLNHSTQFVQ GLALCTLGCM GSSEMCRDLA GEVEKLLKTS NSYLRKKAAL C AVHVIRKV PELMEMFLPA TKNLLNEKNH GVLHTSVVLL TEMCERSPDM LAHFRKLVPQ LVRILKNLIM SGYSPEHDVS GI SDPFLQV RILRLLRILG RNDDDSSEAM NDILAQVATN TETSKNVGNA ILYETVLTIM DIKSESGLRV LAINILGRFL LNN DKNIRY VALTSLLKTV QTDHNAVQRH RSTIVDCLKD LDVSIKRRAM ELSFALVNGN NIRGMMKELL YFLDSCEPEF KADC ASGIF LAAEKYAPSK RWHIDTIMRV LTTAGSYVRD DAVPNLIQLI TNSVEMHAYT VQRLYKAILG DYSQQPLVQV AAWCI GEYG DLLVSGQCEE EEPIQVTEDE VLDILESVLI SNMSTSVTRG YALTAIMKLS TRFTCTVNRI KKVVSIYGSS IDVELQ QRA VEYNALFKKY DHMRSALLER MPVMEKVTTN GPENLYFQ

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分子 #6: AP-1 complex subunit mu-1

分子名称: AP-1 complex subunit mu-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.475535 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SASAVYVLDL KGKVLICRNY RGDVDMSEVE HFMPILMEKE EEGMLSPILA HGGVRFMWIK HNNLYLVATS KKNACVSLVF SFLYKVVQV FSEYFKELEE ESIRDNFVII YELLDELMDF GYPQTTDSKI LQEYITQEGH KLETGAPRPP ATVTNAVSWR S EGIKYRKN ...文字列:
SASAVYVLDL KGKVLICRNY RGDVDMSEVE HFMPILMEKE EEGMLSPILA HGGVRFMWIK HNNLYLVATS KKNACVSLVF SFLYKVVQV FSEYFKELEE ESIRDNFVII YELLDELMDF GYPQTTDSKI LQEYITQEGH KLETGAPRPP ATVTNAVSWR S EGIKYRKN EVFLDVIEAV NLLVSANGNV LRSEIVGSIK MRVFLSGMPE LRLGLNDKVL FDNTGRGKSK SVELEDVKFH QC VRLSRFE NDRTISFIPP DGEFELMSYR LNTHVKPLIW IESVIEKHSH SRIEYMVKAK SQFKRRSTAN NVEIHIPVPN DAD SPKFKT TVGSVKWVPE NSEIVWSVKS FPGGKEYLMR AHFGLPSVEA EDKEGKPPIS VKFEIPYFTT SGIQVRYLKI IEKS GYQAL PWVRYITQNG DYQLRTQ

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分子 #7: AP-1 complex subunit sigma-3

分子名称: AP-1 complex subunit sigma-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.305273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MIHFILLFSR QGKLRLQKWY ITLPDKERKK ITREIVQIIL SRGHRTSSFV DWKELKLVYK RYASLYFCCA IENQDNELLT LEIVHRYVE LLDKYFGNVC ELDIIFNFEK AYFILDEFII GGEIQETSKK IAVKAIEDSD MLQEVSTVSQ TMGER

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分子 #8: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
125.0 mMpotassium acetateKOAc
2.0 mMmagnesium chloride
1.0 mMDTT

詳細: HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments.
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 50
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 24 / 使用した粒子像数: 25534 / 参照モデル: Reference-free / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.532)
詳細: Tubes were annotated by tracing the center of the tube in Dynamo and recording the average apparent diameter. Initial subtomogram positions were picked using uniform radial and axial sampling.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用したサブトモグラム数: 18183
詳細The images were gain-normalized
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6cm9


4en2

chain_id: B

4en2

chain_id: E
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8d4e:
Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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