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- EMDB-25974: Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25974
タイトルYeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model
マップデータUnsharpened map.
試料
  • 複合体: Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワードF1-ATPase / ATP Synthase (ATP合成酵素) / Nanomotor / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, central stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis ...cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, central stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ミトコンドリア / protein-containing complex assembly / ミトコンドリア内膜 / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit H / ATP synthase complex subunit h / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain ...ATP synthase, F0 complex, subunit H / ATP synthase complex subunit h / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP合成酵素 / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial ...ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial / ATP synthase subunit J, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase subunit H, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Guo H / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Canada Research ChairsElectron Cryomicroscopy カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of ATP synthase under strain during catalysis.
著者: Hui Guo / John L Rubinstein /
要旨: ATP synthases are macromolecular machines consisting of an ATP-hydrolysis-driven F motor and a proton-translocation-driven F motor. The F and F motors oppose each other's action on a shared rotor ...ATP synthases are macromolecular machines consisting of an ATP-hydrolysis-driven F motor and a proton-translocation-driven F motor. The F and F motors oppose each other's action on a shared rotor subcomplex and are held stationary relative to each other by a peripheral stalk. Structures of resting mitochondrial ATP synthases revealed a left-handed curvature of the peripheral stalk even though rotation of the rotor, driven by either ATP hydrolysis in F or proton translocation through F, would apply a right-handed bending force to the stalk. We used cryoEM to image yeast mitochondrial ATP synthase under strain during ATP-hydrolysis-driven rotary catalysis, revealing a large deformation of the peripheral stalk. The structures show how the peripheral stalk opposes the bending force and suggests that during ATP synthesis proton translocation causes accumulation of strain in the stalk, which relaxes by driving the relative rotation of the rotor through six sub-steps within F, leading to catalysis.
履歴
登録2022年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月11日-
マップ公開2022年5月11日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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最小 - 最大-0.70748264 - 2.2020686
平均 (標準偏差)0.0023694688 (±0.1169827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 344.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25974_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_25974_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_25974_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model

全体名称: Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model
要素
  • 複合体: Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 9ATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alphaATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit betaATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gammaATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit deltaATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit epsilonATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 5ATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit aATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 4ATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit dATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit fATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit HATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit JATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8ATP合成酵素

+
超分子 #1: Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model

超分子名称: Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 610 KDa

+
分子 #1: ATP synthase subunit 9

分子名称: ATP synthase subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.762375 KDa
配列文字列:
MQLVLAAKYI GAGISTIGLL GAGIGIAIVF AALINGVSRN PSIKDTVFPM AILGFALSEA TGLFCLMVSF LLLFGV

UniProtKB: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #2: ATP synthase subunit alpha

分子名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 55.007402 KDa
配列文字列: ASTKAQPTEV SSILEERIKG VSDEANLNET GRVLAVGDGI ARVFGLNNIQ AEELVEFSSG VKGMALNLEP GQVGIVLFGS DRLVKEGEL VKRTGNIVDV PVGPGLLGRV VDALGNPIDG KGPIDAAGRS RAQVKAPGIL PRRSVHEPVQ TGLKAVDALV P IGRGQREL ...文字列:
ASTKAQPTEV SSILEERIKG VSDEANLNET GRVLAVGDGI ARVFGLNNIQ AEELVEFSSG VKGMALNLEP GQVGIVLFGS DRLVKEGEL VKRTGNIVDV PVGPGLLGRV VDALGNPIDG KGPIDAAGRS RAQVKAPGIL PRRSVHEPVQ TGLKAVDALV P IGRGQREL IIGDRQTGKT AVALDTILNQ KRWNNGSDES KKLYCVYVAV GQKRSTVAQL VQTLEQHDAM KYSIIVAATA SE AAPLQYL APFTAASIGE WFRDNGKHAL IVYDDLSKQA VAYRQLSLLL RRPPGREAYP GDVFYLHSRL LERAAKLSEK EGS GSLTAL PVIETQGGDV SAYIPTNVIS ITDGQIFLEA ELFYKGIRPA INVGLSVSRV GSAAQVKALK QVAGSLKLFL AQYR EVAAF AQFGSDLDAS TKQTLVRGER LTQLLKQNQY SPLATEEQVP LIYAGVNGHL DGIELSRIGE FESSFLSYLK SNHNE LLTE IREKGELSKE LLASLKSATE SFVATF

UniProtKB: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

+
分子 #3: ATP synthase subunit beta

分子名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP合成酵素
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 51.181082 KDa
配列文字列: ASAAQSTPIT GKVTAVIGAI VDVHFEQSEL PAILNALEIK TPQGKLVLEV AQHLGENTVR TIAMDGTEGL VRGEKVLDTG GPISVPVGR ETLGRIINVI GEPIDERGPI KSKLRKPIHA DPPSFAEQST SAEILETGIK VVDLLAPYAR GGKIGLFGGA G VGKTVFIQ ...文字列:
ASAAQSTPIT GKVTAVIGAI VDVHFEQSEL PAILNALEIK TPQGKLVLEV AQHLGENTVR TIAMDGTEGL VRGEKVLDTG GPISVPVGR ETLGRIINVI GEPIDERGPI KSKLRKPIHA DPPSFAEQST SAEILETGIK VVDLLAPYAR GGKIGLFGGA G VGKTVFIQ ELINNIAKAH GGFSVFTGVG ERTREGNDLY REMKETGVIN LEGESKVALV FGQMNEPPGA RARVALTGLT IA EYFRDEE GQDVLLFIDN IFRFTQAGSE VSALLGRIPS AVGYQPTLAT DMGLLQERIT TTKKGSVTSV QAVYVPADDL TDP APATTF AHLDATTVLS RGISELGIYP AVDPLDSKSR LLDAAVVGQE HYDVASKVQE TLQTYKSLQD IIAILGMDEL SEQD KLTVE RARKIQRFLS QPFAVAEVFT GIPGKLVRLK DTVASFKAVL EGKYDNIPEH AFYMVGGIED VVAKAEKLAA EAN

UniProtKB: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

+
分子 #4: ATP synthase subunit gamma

分子名称: ATP synthase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 30.65716 KDa
配列文字列: ATLKEVEMRL KSIKNIEKIT KTMKIVASTR LSKAEKAKIS AKKMDEAEQL FYKNAETKNL DVEATETGAP KELIVAITSD KGLCGSIHS QLAKAVRRHL NDQPNADIVT IGDKIKMQLL RTHPNNIKLS INGIGKDAPT FQESALIADK LLSVMKAGTY P KISIFYND ...文字列:
ATLKEVEMRL KSIKNIEKIT KTMKIVASTR LSKAEKAKIS AKKMDEAEQL FYKNAETKNL DVEATETGAP KELIVAITSD KGLCGSIHS QLAKAVRRHL NDQPNADIVT IGDKIKMQLL RTHPNNIKLS INGIGKDAPT FQESALIADK LLSVMKAGTY P KISIFYND PVSSLSFEPS EKPIFNAKTI EQSPSFGKFE IDTDANVPRD LFEYTLANQM LTAMAQGYAA EISARRNAMD NA SKNAGDM INRYSILYNR TRQAVITNEL VDIITGASSL G

UniProtKB: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

+
分子 #5: ATP synthase subunit delta

分子名称: ATP synthase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 14.565385 KDa
配列文字列:
AEAAAASSGL KLQFALPHET LYSGSEVTQV NLPAKSGRIG VLANHVPTVE QLLPGVVEVM EGSNSKKFFI SGGFATVQPD SQLCVTAIE AFPLESFSQE NIKNLLAEAK KNVSSSDARE AAEAAIQVEV LENLQSVLK

UniProtKB: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

+
分子 #6: ATP synthase subunit epsilon

分子名称: ATP synthase subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.618359 KDa
配列文字列:
SAWRKAGISY AAYLNVAAQA IRSSLKTELQ TASVLNRSQT DAFYTQYKNG TAASEPTPIT K

UniProtKB: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

+
分子 #7: ATP synthase subunit 5

分子名称: ATP synthase subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 20.901139 KDa
配列文字列: ASKAAAPPPV RLFGVEGTYA TALYQAAAKN SSIDAAFQSL QKVESTVKKN PKLGHLLLNP ALSLKDRNSV IDAIVETHKN LDGYVVNLL KVLSENNRLG CFEKIASDFG VLNDAHNGLL KGTVTSAEPL DPKSFKRIEK ALSASKLVGQ GKSLKLENVV K PEIKGGLI ...文字列:
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UniProtKB: ATP synthase subunit 5, mitochondrial

+
分子 #8: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 27.90043 KDa
配列文字列: SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA ...文字列:
SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA RAISLGLRLG SNILAGHLLM VILAGLTFNF MLINLFTLVF GFVPLAMILA IMMLEFAIGI IQGYVWAILT AS YLKDAVY LH

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #9: ATP synthase subunit 4

分子名称: ATP synthase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 23.194498 KDa
配列文字列: MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE ...文字列:
MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE QRQLAKSVIS RVQSELGNPK FQEKVLQQSI SEIEQLLSKL K

UniProtKB: ATP synthase subunit 4, mitochondrial

+
分子 #10: ATP synthase subunit d

分子名称: ATP synthase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 19.709424 KDa
配列文字列:
SLAKSAANKL DWAKVISSLR ITGSTATQLS SFKKRNDEAR RQLLELQSQP TEVDFSHYRS VLKNTSVIDK IESYVKQYKP VKIDASKQL QVIESFEKHA MTNAKETESL VSKELKDLQS TLDNIQSARP FDELTVDDLT KIKPEIDAKV EEMVKKGKWD V PGYKDRFG NLNVM

UniProtKB: ATP synthase subunit d, mitochondrial

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分子 #11: ATP synthase subunit f

分子名称: ATP synthase subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 10.584166 KDa
配列文字列:
VSTLIPPKVV SSKNIGSAPN AKRIANVVHF YKSLPQGPAP AIKANTRLAR YKAKYFDGDN ASGKPLWHFA LGIIAFGYSM EYYFHLRHH KGAEEH

UniProtKB: ATP synthase subunit f, mitochondrial

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分子 #12: ATP synthase subunit H

分子名称: ATP synthase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 10.417298 KDa
配列文字列:
NVIQDLYLRE LKDTKLAPST LQDAEGNVKP WNPPQKPNLP ELELQGPEAL KAYTEQNVET AHVAKESEEG ESEPIEEDWL VLDDAEETK ESH

UniProtKB: ATP synthase subunit H, mitochondrial

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分子 #13: ATP synthase subunit J

分子名称: ATP synthase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 6.696771 KDa
配列文字列:
MLKRFPTPIL KVYWPFFVAG AAVYYGMSKA ADLSSNTKEF INDPRNPRFA KGGKFVEVD

UniProtKB: ATP synthase subunit J, mitochondrial

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分子 #14: ATP synthase protein 8

分子名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 5.825215 KDa
配列文字列:
MPQLVPFYFM NQLTYGFLLM ITLLILFSQF FLPMILRLYV SRLFISKL

UniProtKB: ATP synthase protein 8

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 35 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 103896 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 10037 / 平均露光時間: 11.9 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 2534488
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 27 / 平均メンバー数/クラス: 34000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 21305
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2hld


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7tkm:
Yeast ATP synthase State 3binding(b) with 10 mM ATP backbone model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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