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- EMDB-25801: The structure of human ABCA1 in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25801
タイトルThe structure of human ABCA1 in nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: human ABCA1 in nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1ATP-binding cassette transporter
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ABC-2 family transporter protein / ABC transporter A / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Sun Y / Li X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRR-53S-19 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135343 米国
引用ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2022
タイトル: Cholesterol efflux mechanism revealed by structural analysis of human ABCA1 conformational states.
著者: Yingyuan Sun / Xiaochun Li /
要旨: ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) utilizes energy derived from ATP hydrolysis to export cholesterol and phospholipids from macrophages. ABCA1 plays a central role in the biosynthesis of ...ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) utilizes energy derived from ATP hydrolysis to export cholesterol and phospholipids from macrophages. ABCA1 plays a central role in the biosynthesis of high-density lipoprotein (HDL), which mediates reverse cholesterol transport and prevents detrimental lipid deposition. Mutations in ABCA1 cause Tangier disease characterized by a remarkable reduction in the amount of HDL in blood. Here we present cryo-electron microscopy structures of human ABCA1 in ATP-bound and nucleotide-free states. Structural comparison reveals that ATP molecules pull the nucleotide-binding domains together, inducing movements of transmembrane helices 1, 2, 7 and 8 through a series of salt-bridge interactions. Subsequently, extracellular domains (ECDs) undergo a rotation and introduce conformational changes in the ECD-transmembrane interface. In addition, while we observe a sterol-like molecule in ECDs, no such density was observed in the structure of an HDL-deficiency mutant ABCA1, demonstrating the physiological importance of ECDs and a putative interaction mode between ABCA1 and its lipid acceptors. Thus, these structures, along with cholesterol efflux assays, advance the understanding ABCA1-mediated reverse cholesterol transport.
履歴
登録2021年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7tby
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25801.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.019670233 - 0.04039572
平均 (標準偏差)0.0002825246 (±0.0016036507)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 269.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8420.8420.842
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z269.440269.440269.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0200.0400.000

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添付データ

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追加マップ: focused reconstruction of ECD

ファイルemd_25801_additional_1.map
注釈focused reconstruction of ECD
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focused reconstruction of NBD and RD

ファイルemd_25801_additional_2.map
注釈focused reconstruction of NBD and RD
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25801_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_25801_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human ABCA1 in nanodiscs

全体名称: human ABCA1 in nanodiscs
要素
  • 複合体: human ABCA1 in nanodiscs
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1ATP-binding cassette transporter
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: human ABCA1 in nanodiscs

超分子名称: human ABCA1 in nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1

分子名称: ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 255.654984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MACWPQLRLL LWKNLTFRRR QTCQLLLEVA WPLFIFLILI SVRLSYPPYE QHECHFPNKA MPSAGTLPWV QGIICNANNP CFRYPTPGE APGVVGNFNK SIVARLFSDA RRLLLYSQKD TSMKDMRKVL RTLQQIKKSS SNLKLQDFLV DNETFSGFLY H NLSLPKST ...文字列:
MACWPQLRLL LWKNLTFRRR QTCQLLLEVA WPLFIFLILI SVRLSYPPYE QHECHFPNKA MPSAGTLPWV QGIICNANNP CFRYPTPGE APGVVGNFNK SIVARLFSDA RRLLLYSQKD TSMKDMRKVL RTLQQIKKSS SNLKLQDFLV DNETFSGFLY H NLSLPKST VDKMLRADVI LHKVFLQGYQ LHLTSLCNGS KSEEMIQLGD QEVSELCGLP REKLAAAERV LRSNMDILKP IL RTLNSTS PFPSKELAEA TKTLLHSLGT LAQELFSMRS WSDMRQEVMF LTNVNSSSSS TQIYQAVSRI VCGHPEGGGL KIK SLNWYE DNNYKALFGG NGTEEDAETF YDNSTTPYCN DLMKNLESSP LSRIIWKALK PLLVGKILYT PDTPATRQVM AEVN KTFQE LAVFHDLEGM WEELSPKIWT FMENSQEMDL VRMLLDSRDN DHFWEQQLDG LDWTAQDIVA FLAKHPEDVQ SSNGS VYTW REAFNETNQA IRTISRFMEC VNLNKLEPIA TEVWLINKSM ELLDERKFWA GIVFTGITPG SIELPHHVKY KIRMDI DNV ERTNKIKDGY WDPGPRADPF EDMRYVWGGF AYLQDVVEQA IIRVLTGTEK KTGVYMQQMP YPCYVDDIFL RVMSRSM PL FMTLAWIYSV AVIIKGIVYE KEARLKETMR IMGLDNSILW FSWFISSLIP LLVSAGLLVV ILKLGNLLPY SDPSVVFV F LSVFAVVTIL QCFLISTLFS RANLAAACGG IIYFTLYLPY VLCVAWRDYV GFTLKIFASL LSPVAFGFGC EYFALFEEQ GIGVQWDNLF ESPVEEDGFN LTTSVSMMLF DTFLYGVMTW YIEAVFPGQY GIPRPWYFPC TKSYWFGEES DEKSHPGSNQ KRISEICME EEPTHLKLGV SIQNLVKVYR DGMKVAVDGL ALNFYEGQIT SFLGHNGAGK TTTMSILTGL FPPTSGTAYI L GKDIRSEM STIRQNLGVC PQHNVLFDML TVEEHIWFYA RLKGLSEKHV KAEMEQMALD VGLPSSKLKS KTSQLSGGMQ RK LSVALAF VGGSKVVILD EPTAGVDPYS RRGIWELLLK YRQGRTIILS THHMDEADVL GDRIAIISHG KLCCVGSSLF LKN QLGTGY YLTLVKKDVE SSLSSCRNSS STVSYLKKED SVSQSSSDAG LGSDHESDTL TIDVSAISNL IRKHVSEARL VEDI GHELT YVLPYEAAKE GAFVELFHEI DDRLSDLGIS SYGISETTLE EIFLKVAEES GVDAETSDGT LPARRNRRAF GDKQS CLRP FTEDDAADPN DSDIDPESRE TDLLSGMDGK GSYQVKGWKL TQQQFVALLW KRLLIARRSR KGFFAQIVLP AVFVCI ALV FSLIVPPFGK YPSLELQPWM YNEQYTFVSN DAPEDTGTLE LLNALTKDPG FGTRCMEGNP IPDTPCQAGE EEWTTAP VP QTIMDLFQNG NWTMQNPSPA CQCSSDKIKK MLPVCPPGAG GLPPPQRKQN TADILQDLTG RNISDYLVKT YVQIIAKS L KNKIWVNEFR YGGFSLGVSN TQALPPSQEV NDAIKQMKKH LKLAKDSSAD RFLNSLGRFM TGLDTKNNVK VWFNNKGWH AISSFLNVIN NAILRANLQK GENPSHYGIT AFNHPLNLTK QQLSEVALMT TSVDVLVSIC VIFAMSFVPA SFVVFLIQER VSKAKHLQF ISGVKPVIYW LSNFVWDMCN YVVPATLVII IFICFQQKSY VSSTNLPVLA LLLLLYGWSI TPLMYPASFV F KIPSTAYV VLTSVNLFIG INGSVATFVL ELFTDNKLNN INDILKSVFL IFPHFCLGRG LIDMVKNQAM ADALERFGEN RF VSPLSWD LVGRNLFAMA VEGVVFFLIT VLIQYRFFIR PRPVNAKLSP LNDEDEDVRR ERQRILDGGG QNDILEIKEL TKI YRRKRK PAVDRICVGI PPGECFGLLG VNGAGKSSTF KMLTGDTTVT RGDAFLNKNS ILSNIHEVHQ NMGYCPQFDA ITEL LTGRE HVEFFALLRG VPEKEVGKVG EWAIRKLGLV KYGEKYAGNY SGGNKRKLST AMALIGGPPV VFLDEPTTGM DPKAR RFLW NCALSVVKEG RSVVLTSHSM EECEALCTRM AIMVNGRFRC LGSVQHLKNR FGDGYTIVVR IAGSNPDLKP VQDFFG LAF PGSVLKEKHR NMLQYQLPSS LSSLARIFSI LSQSKKRLHI EDYSVSQTTL DQVFVNFAKD QSDDDHLKDL SLHKNQT VV DVAVLTSFLQ DEKVKESYVG DYKDDDDK

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82350
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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