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- EMDB-24108: Cryo-EM structure of TACAN in the H196A H197A mutant form (TMEM120A) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24108
タイトルCryo-EM structure of TACAN in the H196A H197A mutant form (TMEM120A)
マップデータ
試料Homo-dimeric assembly of H196A H197A mutant TACAN(TMEM120A):
Ion channel TACAN / ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / ion transmembrane transport / protein homooligomerization / ion channel activity / 生体膜 / integral component of membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ion channel TACAN/TMEM120B / TMPIT-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Niu Y / Tao X / MacKinnon R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM43949 米国
引用ジャーナル: Elife / : 2021
タイトル: Analysis of the mechanosensor channel functionality of TACAN.
著者: Yiming Niu / Xiao Tao / George Vaisey / Paul Dominic B Olinares / Hanan Alwaseem / Brian T Chait / Roderick MacKinnon /
要旨: Mechanosensitive ion channels mediate transmembrane ion currents activated by mechanical forces. A mechanosensitive ion channel called TACAN was recently reported. We began to study TACAN with the ...Mechanosensitive ion channels mediate transmembrane ion currents activated by mechanical forces. A mechanosensitive ion channel called TACAN was recently reported. We began to study TACAN with the intent to understand how it senses mechanical forces and functions as an ion channel. Using cellular patch-recording methods, we failed to identify mechanosensitive ion channel activity. Using membrane reconstitution methods, we found that TACAN, at high protein concentrations, produces heterogeneous conduction levels that are not mechanosensitive and are most consistent with disruptions of the lipid bilayer. We determined the structure of TACAN using single-particle cryo-electron microscopy and observed that it is a symmetrical dimeric transmembrane protein. Each protomer contains an intracellular-facing cleft with a coenzyme A cofactor, confirmed by mass spectrometry. The TACAN protomer is related in three-dimensional structure to a fatty acid elongase, ELOVL7. Whilst its physiological function remains unclear, we anticipate that TACAN is not a mechanosensitive ion channel.
履歴
登録2021年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2021年9月15日-
現状2021年9月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7n0l
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 263.68 Å
1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 263.68 Å
1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 263.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0224 / ムービー #1: 0.0224
最小 - 最大-0.06545487 - 0.14596337
平均 (標準偏差)7.002511e-06 (±0.004492239)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z263.680263.680263.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ7371100
NX/NY/NZ11585169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0650.1460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Homo-dimeric assembly of H196A H197A mutant TACAN(TMEM120A)

全体名称: Homo-dimeric assembly of H196A H197A mutant TACAN(TMEM120A)
構成要素数: 3

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構成要素 #1: タンパク質, Homo-dimeric assembly of H196A H197A mutant TACAN(TMEM120A)

タンパク質名称: Homo-dimeric assembly of H196A H197A mutant TACAN(TMEM120A)
組換発現: No
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #2: タンパク質, Ion channel TACAN

タンパク質名称: Ion channel TACAN / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.66316 kDa
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #3: リガンド, COENZYME A

リガンド名称: COENZYME A補酵素A / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.767534 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 6 mg/mL
緩衝液: 20 mM HEPES pH 7.4, 250 mM NaCl, and 0.06% Digitonin (w/v)
pH: 7.4
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 56.6 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: DARK FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C2 (2回回転対称) / 投影像の数: 155946
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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