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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24101 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Nsp15 endoribonuclease post-cleavage state | |||||||||||||||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 Nsp15 endoribonuclease post-cleavage state | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / : / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Frazier MN / Dillard LB / Krahn JM / Stanley RE | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Characterization of SARS2 Nsp15 nuclease activity reveals it's mad about U. 著者: Meredith N Frazier / Lucas B Dillard / Juno M Krahn / Lalith Perera / Jason G Williams / Isha M Wilson / Zachary D Stewart / Monica C Pillon / Leesa J Deterding / Mario J Borgnia / Robin E Stanley / 要旨: Nsp15 is a uridine specific endoribonuclease that coronaviruses employ to cleave viral RNA and evade host immune defense systems. Previous structures of Nsp15 from across Coronaviridae revealed that ...Nsp15 is a uridine specific endoribonuclease that coronaviruses employ to cleave viral RNA and evade host immune defense systems. Previous structures of Nsp15 from across Coronaviridae revealed that Nsp15 assembles into a homo-hexamer and has a conserved active site similar to RNase A. Beyond a preference for cleaving RNA 3' of uridines, it is unknown if Nsp15 has any additional substrate preferences. Here, we used cryo-EM to capture structures of Nsp15 bound to RNA in pre- and post-cleavage states. The structures along with molecular dynamics and biochemical assays revealed critical residues involved in substrate specificity, nuclease activity, and oligomerization. Moreover, we determined how the sequence of the RNA substrate dictates cleavage and found that outside of polyU tracts, Nsp15 has a strong preference for purines 3' of the cleaved uridine. This work advances our understanding of how Nsp15 recognizes and processes viral RNA, and will aid in the development of new anti-viral therapeutics. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24101.map.gz | 81.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24101-v30.xml emd-24101.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24101.png | 73.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24101 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 99 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 Nsp15 endoribonuclease post-cleavage state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.41168 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nsp15 viral endoribonuclease in a post-cleavage state
全体 | 名称: Nsp15 viral endoribonuclease in a post-cleavage state |
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要素 |
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-超分子 #1: Nsp15 viral endoribonuclease in a post-cleavage state
超分子 | 名称: Nsp15 viral endoribonuclease in a post-cleavage state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Nsp15 with RNA 3-mer |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: Uridylate-specific endoribonuclease
分子 | 名称: Uridylate-specific endoribonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 42.525293 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLEENLYFQS LEMSLENVAF NVVNKGHFDG QQGEVPVSII NNTVYTKVDG VDVELFENKT TLPVNVAFE LWAKRNIKPV PEVKILNNLG VDIAANTVIW DYKRDAPAHI STIGVCSMTD IAKKPTETIC APLTVFFDGR V DGQVDLFR ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLEENLYFQS LEMSLENVAF NVVNKGHFDG QQGEVPVSII NNTVYTKVDG VDVELFENKT TLPVNVAFE LWAKRNIKPV PEVKILNNLG VDIAANTVIW DYKRDAPAHI STIGVCSMTD IAKKPTETIC APLTVFFDGR V DGQVDLFR NARNGVLITE GSVKGLQPSV GPKQASLNGV TLIGEAVKTQ FNYYKKVDGV VQQLPETYFT QSRNLQEFKP RS QMEIDFL ELAMDEFIER YKLEGYAFEH IVYGDFSHSQ LGGLHLLIGL AKRFKESPFE LEDFIPMDST VKNYFITDAQ TGS SKCVCS VIDLLLDDFV EIIKSQDLSV VSKVVKVTID YTEISFMLWC KDGHVETFYP KL |
-分子 #2: RNA (5'-R(*AP*UP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 919.62 Da |
配列 | 文字列: AUA |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 555 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1058228 |