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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22463 | |||||||||
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タイトル | Proteinase K soaked with I3C determined by MicroED from a single milled microcrystal | |||||||||
マップデータ | 2Fo-Fc map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Parengyodontium album (菌類) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Martynowycz MW / Gonen T | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Ligand Incorporation into Protein Microcrystals for MicroED by On-Grid Soaking. 著者: Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / 要旨: A high throughout method for soaking ligands into protein microcrystals on TEM grids is presented. Every crystal on the grid is soaked simultaneously using only standard cryoelectron microscopy ...A high throughout method for soaking ligands into protein microcrystals on TEM grids is presented. Every crystal on the grid is soaked simultaneously using only standard cryoelectron microscopy vitrification equipment. The method is demonstrated using proteinase K microcrystals soaked with the 5-amino-2,4,6-triodoisophthalic acid (I3C) magic triangle. A soaked microcrystal is milled to a thickness of approximately 200 nm using a focused ion beam, and MicroED data are collected. A high-resolution structure of the protein with four ligands at high occupancy is determined. Both the number of ligands bound and their occupancy is higher using on-grid soaking of microcrystals compared with much larger crystals treated similarly and investigated by X-ray crystallography. These results indicate that on-grid soaking ligands into microcrystals results in efficient uptake of ligands into protein microcrystals. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22463.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22463-v30.xml emd-22463.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22463.png | 140.9 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_22463_sf.cif.gz | 553.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22463 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22463_validation.pdf.gz | 533.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22463_full_validation.pdf.gz | 533.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22463_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22463_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22463 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2Fo-Fc map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.56296 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Proteinase K
全体 | 名称: Proteinase K |
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要素 |
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-超分子 #1: Proteinase K
超分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Serine protease |
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由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
分子量 | 理論値: 28.9 KDa |
-分子 #1: Proteinase K
分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K |
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由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
分子量 | 理論値: 28.930783 KDa |
配列 | 文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA |
-分子 #2: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
分子 | 名称: 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: I3C |
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分子量 | 理論値: 558.835 Da |
Chemical component information | ChemComp-I3C: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 246 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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温度 | 最低: 70.0 K |
詳細 | Tilt series: -30 to +30, 0.25 deg/sec, 1 sec readout |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 28.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 240 / 回折像の数: 240 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm / カメラ長: 1900 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0 |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.78 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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結晶パラメータ | 単位格子 - A: 67.55 Å / 単位格子 - B: 67.55 Å / 単位格子 - C: 102.77 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: 96 |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 109326 / Number structure factors: 10458 / Fourier space coverage: 94.52 / R sym: 0.13 / R merge: 0.26 / Overall phase error: 18 / Overall phase residual: 18 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.78 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 43.32 Å / 殻 - Low resolution: 1.78 Å / 殻 - Number structure factors: 10458 / 殻 - Phase residual: 18 / 殻 - Fourier space coverage: 94.52 / 殻 - Multiplicity: 4.9 |