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Yorodumi- PDB-6v99: Agrobacterium tumefaciens ADP-Glucose pyrophosphorylase- S72D in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v99 | ||||||
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Title | Agrobacterium tumefaciens ADP-Glucose pyrophosphorylase- S72D in the presence of sulfate | ||||||
Components | Glucose-1-phosphate adenylyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Allosteric regulation / Fructose 6-phosphate / Glycogen synthesis / enzyme structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Agrobacterium fabrum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.287 Å | ||||||
Authors | Zheng, Y. / Alghamdi, M.A. / Ballicora, M.A. / Liu, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2022 Title: Site-directed mutagenesis of Serine-72 reveals the location of the fructose 6-phosphate regulatory site of the Agrobacterium tumefaciens ADP-glucose pyrophosphorylase. Authors: Alghamdi, M.A. / Hussien, R.A. / Zheng, Y. / Patel, H.P. / Asencion Diez, M.D. / A Iglesias, A. / Liu, D. / Ballicora, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v99.cif.gz | 3.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v99.ent.gz | 2.7 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v99.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6v99_validation.pdf.gz | 320.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6v99_full_validation.pdf.gz | 318.9 KB | Display | |
Data in XML | 6v99_validation.xml.gz | 3.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6v99_validation.cif.gz | 85.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v99 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6v96C 6v9aC 5w6jS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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-Components
#1: Protein | Mass: 49300.516 Da / Num. of mol.: 20 / Mutation: S72D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (bacteria) Strain: C58 / ATCC 33970 / Gene: glgC, Atu4076, AGR_L_1560 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q8U8L5, glucose-1-phosphate adenylyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Lithium sulfate, Tris, PEG 400 / Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9787 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→72.74 Å / Num. obs: 478212 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.24 Å2 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.28→6.21 Å / Num. unique obs: 22545 / CC1/2: 0.648 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W6J Resolution: 2.287→72.7 Å / SU ML: 0.342658826812 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.029
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.5084519255 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.287→72.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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