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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22115 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex bound with NusG | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Rho-dependent transcription termination / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / helicase activity / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / リボソーム生合成 / protein complex oligomerization / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / response to antibiotic / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Hao ZT / Kim HK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Pre-termination Transcription Complex: Structure and Function. 著者: Zhitai Hao / Vitaly Epshtein / Kelly H Kim / Sergey Proshkin / Vladimir Svetlov / Venu Kamarthapu / Binod Bharati / Alexander Mironov / Thomas Walz / Evgeny Nudler / 要旨: Rho is a general transcription termination factor playing essential roles in RNA polymerase (RNAP) recycling, gene regulation, and genomic stability in most bacteria. Traditional models of ...Rho is a general transcription termination factor playing essential roles in RNA polymerase (RNAP) recycling, gene regulation, and genomic stability in most bacteria. Traditional models of transcription termination postulate that hexameric Rho loads onto RNA prior to contacting RNAP and then translocates along the transcript in pursuit of the moving RNAP to pull RNA from it. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of two termination process intermediates. Prior to interacting with RNA, Rho forms a specific "pre-termination complex" (PTC) with RNAP and elongation factors NusA and NusG, which stabilize the PTC. RNA exiting RNAP interacts with NusA before entering the central channel of Rho from the distal C-terminal side of the ring. We map the principal interactions in the PTC and demonstrate their critical role in termination. Our results support a mechanism in which the formation of a persistent PTC is a prerequisite for termination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22115.map.gz | 11.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22115-v30.xml emd-22115.xml | 26.1 KB 26.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22115_fsc.xml | 12.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22115.png | 66.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22115.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_22115_additional_1.map.gz | 9.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22115 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22115 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.048 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: PTC18 composite map
ファイル | emd_22115_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | PTC18 composite map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex
+超分子 #1: E. coli Rho-dependent Transcription Pre-termination Complex
+分子 #1: Transcription termination/antitermination protein NusG
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #9: Transcription termination/antitermination protein NusA
+分子 #10: Transcription termination factor Rho
+分子 #2: DNA (29-MER)
+分子 #3: DNA (29-MER)
+分子 #4: RNA (18-MER)
+分子 #11: MAGNESIUM ION
+分子 #12: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6xav: |