[日本語] English
万見
- EMDB-21930: Human ER membrane protein complex in a lipid nanodisc, multi-body... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21930
タイトルHuman ER membrane protein complex in a lipid nanodisc, multi-body refinement, lumenal map小胞体
マップデータ'lumenal' human EMC post-processed, sharpened, and masked map.
試料
  • 複合体: Human ER Membrane Protein Complex小胞体
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic cation transmembrane transporter activity / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity ...inorganic cation transmembrane transporter activity / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / copper ion transport / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / early endosome membrane / carbohydrate binding / 血管新生 / エンドソーム / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 ...ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Carbohydrate-binding-like fold / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Januszyk K / Tomaleri GP / Pleiner T / Voorhees RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM137412 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis for membrane insertion by the human ER membrane protein complex.
著者: Tino Pleiner / Giovani Pinton Tomaleri / Kurt Januszyk / Alison J Inglis / Masami Hazu / Rebecca M Voorhees /
要旨: A defining step in the biogenesis of a membrane protein is the insertion of its hydrophobic transmembrane helices into the lipid bilayer. The nine-subunit endoplasmic reticulum (ER) membrane protein ...A defining step in the biogenesis of a membrane protein is the insertion of its hydrophobic transmembrane helices into the lipid bilayer. The nine-subunit endoplasmic reticulum (ER) membrane protein complex (EMC) is a conserved co- and posttranslational insertase at the ER. We determined the structure of the human EMC in a lipid nanodisc to an overall resolution of 3.4 angstroms by cryo-electron microscopy, permitting building of a nearly complete atomic model. We used structure-guided mutagenesis to demonstrate that substrate insertion requires a methionine-rich cytosolic loop and occurs via an enclosed hydrophilic vestibule within the membrane formed by the subunits EMC3 and EMC6. We propose that the EMC uses local membrane thinning and a positively charged patch to decrease the energetic barrier for insertion into the bilayer.
履歴
登録2020年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ww7
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ww7
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21930.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈'lumenal' human EMC post-processed, sharpened, and masked map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.03156525 - 0.047466926
平均 (標準偏差)0.00004105740 (±0.0010158118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8360.8360.836
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.520267.520267.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0320.0470.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_21930_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Human EMC unprocessed, unsharpened, and unmasked 'lumenal' map.

ファイルemd_21930_additional.map
注釈Human EMC unprocessed, unsharpened, and unmasked 'lumenal' map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 'lumenal' human EMC half map

ファイルemd_21930_half_map_1.map
注釈'lumenal' human EMC half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 'lumenal' human EMC half map

ファイルemd_21930_half_map_2.map
注釈'lumenal' human EMC half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human ER Membrane Protein Complex

全体名称: Human ER Membrane Protein Complex小胞体
要素
  • 複合体: Human ER Membrane Protein Complex小胞体

-
超分子 #1: Human ER Membrane Protein Complex

超分子名称: Human ER Membrane Protein Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
50.0 mMHEPES
200.0 mMNaCl塩化ナトリウム
2.0 mMMgAc2
1.0 mMDTT
0.05 % (w/v)CHAPSOCHAPS detergent
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K
詳細Sample solubilized and purified in DDM, then reconstituted into lipid nanodisc.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 59808 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 6345 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 59.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1034250
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.13.2)
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 188746
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6ww7:
Structure of the human ER membrane protein complex in a lipid nanodisc

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る