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万見
- EMDB-21558: 30S-Activated-high-Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21558
タイトル30S-Activated-high-Mg2+
マップデータ
試料30S-Activated-high-Mg2+:
nucleic-acid核酸 / (30S ribosomal protein ...) x 17 / ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA binding involved in posttranscriptional gene silencing / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / RNA folding / Group I intron splicing / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription antitermination / negative regulation of translational initiation / four-way junction DNA binding / translation repressor activity, mRNA regulatory element binding ...mRNA binding involved in posttranscriptional gene silencing / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / RNA folding / Group I intron splicing / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription antitermination / negative regulation of translational initiation / four-way junction DNA binding / translation repressor activity, mRNA regulatory element binding / endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of RNA splicing / DNA-templated transcription, termination / positive regulation of translational fidelity / maintenance of translational fidelity / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 5'-UTR binding / cytosolic small ribosomal subunit / regulation of translation / regulation of mRNA stability / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / response to antibiotic / RNA binding / 細胞質基質
K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type ...K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type / K Homology domain / K Homology domain, type 2 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S11 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S4, conserved site / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S14/S29 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid
30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S19 ...30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S19 / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S16 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S10 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Jahagirdar D / Jha V / Basu B / Gomez-Blanco J / Vargas J / Ortega J
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR PJT- 153044 カナダ
引用ジャーナル: RNA / 年: 2020
タイトル: Alternative conformations and motions adopted by 30S ribosomal subunits visualized by cryo-electron microscopy.
著者: Dushyant Jahagirdar / Vikash Jha / Kaustuv Basu / Josue Gomez-Blanco / Javier Vargas / Joaquin Ortega /
要旨: It is only after recent advances in cryo-electron microscopy that it is now possible to describe at high-resolution structures of large macromolecules that do not crystalize. Purified 30S subunits ...It is only after recent advances in cryo-electron microscopy that it is now possible to describe at high-resolution structures of large macromolecules that do not crystalize. Purified 30S subunits interconvert between an "active" and "inactive" conformation. The active conformation was described by crystallography in the early 2000s, but the structure of the inactive form at high resolution remains unsolved. Here we used cryo-electron microscopy to obtain the structure of the inactive conformation of the 30S subunit to 3.6 Å resolution and study its motions. In the inactive conformation, an alternative base-pairing of three nucleotides causes the region of helix 44, forming the decoding center to adopt an unlatched conformation and the 3' end of the 16S rRNA positions similarly to the mRNA during translation. Incubation of inactive 30S subunits at 42°C reverts these structural changes. The air-water interface to which ribosome subunits are exposed during sample preparation also peel off some ribosomal proteins. Extended exposures to low magnesium concentrations make the ribosomal particles more susceptible to the air-water interface causing the unfolding of large rRNA structural domains. Overall, this study provides new insights about the conformational space explored by the 30S ribosomal subunit when the ribosomal particles are free in solution.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.176
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6w6k
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21558.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 304 pix.
= 326.192 Å		1.07 Å/pix.
x 304 pix.
= 326.192 Å		1.07 Å/pix.
x 304 pix.
= 326.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.176 / ムービー #1: 0.176
最小 - 最大-0.47182816 - 0.8534374
平均 (標準偏差)0.0032694768 (±0.03456532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-152-152-152
Dimensions304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 326.192 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z326.192326.192326.192
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ9482110
NX/NY/NZ11313776
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-152-152-152
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.4720.8530.003

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 30S-Activated-high-Mg2+

全体名称: 30S-Activated-high-Mg2+ / 構成要素数: 20

+
構成要素 #1: タンパク質, 30S-Activated-high-Mg2+

タンパク質名称: 30S-Activated-high-Mg2+ / 組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #2: nucleic-acid, 16S rRNA

核酸名称: 16S rRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA AACGGUAGCU ...配列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA AACGGUAGCU AAUACCGCAU AACGUCGCAA GACCAAAGAG GGGGACCUUC GGGCCUCUUG CCAUCGGAUG UGCCCAGAUG GGAUUAGCUA GUAGGUGGGG UAACGGCUCA CCUAGGCGAC GAUCCCUAGC UGGUCUGAGA GGAUGACCAG CCACACUGGA ACUGAGACAC GGUCCAGACU CCUACGGGAG GCAGCAGUGG GGAAUAUUGC ACAAUGGGCG CAAGCCUGAU GCAGCCAUGC CGCGUGUAUG AAGAAGGCCU UCGGGUUGUA AAGUACUUUC AGCGGGGAGG AAGGGAGUAA AGUUAAUACC UUUGCUCAUU GACGUUACCC GCAGAAGAAG CACCGGCUAA CUCCGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGGAG GGUGCAAGCG UUAAUCGGAA UUACUGGGCG UAAAGCGCAC GCAGGCGGUU UGUUAAGUCA GAUGUGAAAU CCCCGGGCUC AACCUGGGAA CUGCAUCUGA UACUGGCAAG CUUGAGUCUC GUAGAGGGGG GUAGAAUUCC AGGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAGAUCUG GAGGAAUACC GGUGGCGAAG GCGGCCCCCU GGACGAAGAC UGACGCUCAG GUGCGAAAGC GUGGGGAGCA AACAGGAUUA GAUACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UAAGUCGACC GCCUGGGGAG UACGGCCGCA AGGUUAAAAC UCAAAUGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU GUGGUUUAAU UCGAUGCAAC GCGAAGAACC UUACCUGGUC UUGACAUCCA CGGAAGUUUU CAGAGAUGAG AAUGUGCCUU CGGGAACCGU GAGACAGGUG CUGCAUGGCU GUCGUCAGCU CGUGUUGUGA AAUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGCGCA ACCCUUAUCC UUUGUUGCCA GCGGUCCGGC CGGGAACUCA AAGGAGACUG CCAGUGAUAA ACUGGAGGAA GGUGGGGAUG ACGUCAAGUC AUCAUGGCCC UUACGACCAG GGCUACACAC GUGCUACAAU GGCGCAUACA AAGAGAAGCG ACCUCGCGAG AGCAAGCGGA CCUCAUAAAG UGCGUCGUAG UCCGGAUUGG AGUCUGCAAC UCGACUCCAU GAAGUCGGAA UCGCUAGUAA UCGUGGAUCA GAAUGCCACG GUGAAUACGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACA CCAUGGGAGU GGGUUGCAAA AGAAGUAGGU AGCUUAACCU UCGGGAGGGC GCUUACCACU UUGUGAUUCA UGACUGGGGU GAAGUCGUAA CAAGGUAACC GUAGGGGAAC CUGCGGUUGG AUCACCUCCU UA
分子量理論値: 499.690031 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #3: タンパク質, 30S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.031316 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #4: タンパク質, 30S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.514199 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #5: タンパク質, 30S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.629398 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #6: タンパク質, 30S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.727512 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #7: タンパク質, 30S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.146557 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #8: タンパク質, 30S ribosomal protein S9

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.88627 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #9: タンパク質, 30S ribosomal protein S10

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.755597 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #10: タンパク質, 30S ribosomal protein S11

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.870975 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #11: タンパク質, 30S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.768157 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #12: タンパク質, 30S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.128467 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #13: タンパク質, 30S ribosomal protein S14

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.60656 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #14: タンパク質, 30S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.319882 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #15: タンパク質, 30S ribosomal protein S16

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S16 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.207572 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #16: タンパク質, 30S ribosomal protein S17

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.724491 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #17: タンパク質, 30S ribosomal protein S18

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.005472 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #18: タンパク質, 30S ribosomal protein S19

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S19 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.455355 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #19: タンパク質, 30S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S20 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.708464 kDa
由来生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12

+
構成要素 #20: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 52 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 407623
３次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 4V4Q

4v4q

得られたモデル

6w6k

+
万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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