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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2112 | |||||||||
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タイトル | Maturation in action: CryoEM study of a viral capsid caught during expansion. (The HK97 first expansion intermediate). | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the phage HK97 first expansion intermediate harboring E-loop truncated coat subunits. | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus maturation / capsid (カプシド) / bacteriophage HK97 / quasi-equivalence / electron cryomicroscopy (低温電子顕微鏡法) | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage HK97 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Veesler D / Quispe J / Grigorieff N / Potter CS / Carragher B / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Maturation in action: CryoEM study of a viral capsid caught during expansion. 著者: David Veesler / Joel Quispe / Nikolaus Grigorieff / Clinton S Potter / Bridget Carragher / John E Johnson / 要旨: Bacteriophage HK97 maturation involves discrete intermediate particle forms, comparable to transitional states in protein folding, before reaching its mature form. The process starts by formation of ...Bacteriophage HK97 maturation involves discrete intermediate particle forms, comparable to transitional states in protein folding, before reaching its mature form. The process starts by formation of a metastable prohead, poised for exothermic expansion triggered by DNA packaging. During maturation, the capsid subunit transitions from a strained to a canonical tertiary conformation and this has been postulated to be the driving mechanism for initiating expansion via switching hexameric capsomer architecture from skewed to 6-fold symmetric. We report the subnanometer electron-cryomicroscopy reconstruction of the HK97 first expansion intermediate before any crosslink formation. This form displays 6-fold symmetric hexamers, but capsid subunit tertiary structures exhibit distortions comparable to the prohead forms. We propose that coat subunit strain release acts in synergy with the first crosslinks to drive forward maturation. Finally, we speculate that the energetic features of this transition may result from increased stability of intermediates during maturation via enhanced inter-subunit interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2112.map.gz | 150.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2112-v30.xml emd-2112.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 2112.png | 178.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2112 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 162.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the phage HK97 first expansion intermediate harboring E-loop truncated coat subunits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HK97 Expansion intermediate 1 (E-loop truncated mutant)
全体 | 名称: HK97 Expansion intermediate 1 (E-loop truncated mutant) |
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要素 |
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-超分子 #1000: HK97 Expansion intermediate 1 (E-loop truncated mutant)
超分子 | 名称: HK97 Expansion intermediate 1 (E-loop truncated mutant) タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 12.5 MDa |
-分子 #1: HK97 gp5
分子 | 名称: HK97 gp5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The capsid harbor E-loop truncated coat subunits / 集合状態: icosahedral / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage HK97 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 12.5 MDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7-5Hd2.9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 11 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris, 40mM NaCl |
グリッド | 詳細: C-flat |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 94 K / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 62900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Liquid Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 50000 times magnification |
日付 | 2011年10月28日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 実像数: 1714 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: whole micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 詳細: The final map was calculated from a single dataset / 使用した粒子像数: 17116 |