+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20812 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex | ||||||||||||
マップデータ | mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / vasculature development / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of synaptic transmission ...cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / vasculature development / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of synaptic transmission / GTPase activating protein binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / G-protein alpha-subunit binding / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / visual learning / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / 細胞皮質 / midbody / in utero embryonic development / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Lama glama (ラマ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mou TC / Zhang K / Johnston JD / Chiu W / Sprang SR | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure of the G protein chaperone and guanine nucleotide exchange factor Ric-8A bound to Gαi1. 著者: Levi J McClelland / Kaiming Zhang / Tung-Chung Mou / Jake Johnston / Cindee Yates-Hansen / Shanshan Li / Celestine J Thomas / Tzanko I Doukov / Sarah Triest / Alexandre Wohlkonig / Gregory G ...著者: Levi J McClelland / Kaiming Zhang / Tung-Chung Mou / Jake Johnston / Cindee Yates-Hansen / Shanshan Li / Celestine J Thomas / Tzanko I Doukov / Sarah Triest / Alexandre Wohlkonig / Gregory G Tall / Jan Steyaert / Wah Chiu / Stephen R Sprang / 要旨: Ric-8A is a cytosolic Guanine Nucleotide exchange Factor (GEF) that activates heterotrimeric G protein alpha subunits (Gα) and serves as an essential Gα chaperone. Mechanisms by which Ric-8A ...Ric-8A is a cytosolic Guanine Nucleotide exchange Factor (GEF) that activates heterotrimeric G protein alpha subunits (Gα) and serves as an essential Gα chaperone. Mechanisms by which Ric-8A catalyzes these activities, which are stimulated by Casein Kinase II phosphorylation, are unknown. We report the structure of the nanobody-stabilized complex of nucleotide-free Gα bound to phosphorylated Ric-8A at near atomic resolution by cryo-electron microscopy and X-ray crystallography. The mechanism of Ric-8A GEF activity differs considerably from that employed by G protein-coupled receptors at the plasma membrane. Ric-8A engages a specific conformation of Gα at multiple interfaces to form a complex that is stabilized by phosphorylation within a Ric-8A segment that connects two Gα binding sites. The C-terminus of Gα is ejected from its beta sheet core, thereby dismantling the GDP binding site. Ric-8A binds to the exposed Gα beta sheet and switch II to stabilize the nucleotide-free state of Gα. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20812.map.gz | 39.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-20812-v30.xml emd-20812.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20812.png | 260 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20812 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | mammalian Ric-8A:Galpha(i):nanobody complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex
全体 | 名称: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex
超分子 | 名称: RIC-8A:Galpha(1):NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #2: RIC-8A:Galpha(1)
超分子 | 名称: RIC-8A:Galpha(1) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: NB8109:NB8117:NB8119:NB9156
超分子 | 名称: NB8109:NB8117:NB8119:NB9156 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans)
分子 | 名称: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (C. elegans) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 55.836926 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GMEPRAVADA LETGEEDAVT EALRSFNREH SQSFTFDDAQ QEDRKRLAKL LVSVLEQGLS PKHRVTWLQT IRILSRDRSC LDSFASRQS LHALACYADI AISEEPIPQP PDMDVLLESL KCLCNLVLSS PTAQMLAAEA RLVVRLAERV GLYRKRSYPH E VQFFDLRL ...文字列: GMEPRAVADA LETGEEDAVT EALRSFNREH SQSFTFDDAQ QEDRKRLAKL LVSVLEQGLS PKHRVTWLQT IRILSRDRSC LDSFASRQS LHALACYADI AISEEPIPQP PDMDVLLESL KCLCNLVLSS PTAQMLAAEA RLVVRLAERV GLYRKRSYPH E VQFFDLRL LFLLTALRTD VRQQLFQELH GVRLLTDALE LTLGVAPKEN PLVILPAQET ERAMEILKVL FNITFDSVKR EV DEEDAAL YRYLGTLLRH CVMADAAGDR TEEFHGHTVN LLGNLPLKCL DVLLALELHE GSLEFMGVNM DVINALLAFL EKR LHQTHR LKECVAPVLS VLTECARMHR PARKFLKAQV LPPLRDVRTR PEVGDLLRNK LVRLMTHLDT DVKRVAAEFL FVLC SESVP RFIKYTGYGN AAGLLAARGL MAGGRPEGQY (SEP)EDED(TPO)DTEE YREAKASINP VTGRVEEKPP NPMEGMT EE QKEHEAMKLV NMFDKLSR |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.015219 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: REVKLLLLGA GESGKSTIVK QMKIIHEAGY SEEECKQYKA VVYSNTIQSI IAIIRAMGRL KIDFGDAARA DDARQLFVLA GAAEEGFMT AELAGVIKRL WKDSGVQACF NRSREYQLND SAAYYLNDLD RIAQPNYIPT QQDVLRTRVK TTGIVETHFT F KDLHFKMF ...文字列: REVKLLLLGA GESGKSTIVK QMKIIHEAGY SEEECKQYKA VVYSNTIQSI IAIIRAMGRL KIDFGDAARA DDARQLFVLA GAAEEGFMT AELAGVIKRL WKDSGVQACF NRSREYQLND SAAYYLNDLD RIAQPNYIPT QQDVLRTRVK TTGIVETHFT F KDLHFKMF DVGGQRSERK KWIHCFEGVT AIIFCVALSD YDLVLAEDEE MNRMHESMKL FDSICNNKWF TDTSIILFLN KK DLFEEKI KKSPLTICYP EYAGSNTYEE AAAYIQCQFE DLNKRKDTKE IYTHFTCATD TKNVQFVFDA VTDVIIKNNL KDC GLF |
-分子 #3: NB8109
分子 | 名称: NB8109 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 13.609938 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGIIFR SNGMAWYRQA PGKEREWVAS ITSFGDAIYR DSVKGRFTIS RDNARNAVSL QTNSLKTED TAVYYCNTYP VNSAWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA |
-分子 #4: NB8117
分子 | 名称: NB8117 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 14.8944 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LEQAGDSLRL SCAASGLIVS NYAMGWFRQA PGKEREFVAY INWNGGVTYY TNSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCART SRASVTTRVA DFGYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA |
-分子 #5: NB8119
分子 | 名称: NB8119 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 14.247603 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGGIVH ISSMGWFRQA PGKQRELVAT SPSNGDIRYA DSVKGRFTLS RDNAKNTVSL QMNSLEPED TAVYYCHSFL RHTASASYNN YYGQGTQVTV SSHHHHHHEP EA |
-分子 #6: NB9156
分子 | 名称: NB9156 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 14.993406 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASVRTSD TDGMAWFRQA PGKEREFVGG IRWNSATWYA DFVKGRFTIS RDNAKNTLYL QMNSLKPED TALYYCARRA YGFDTDSRES AYSNWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 11.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY / 詳細: 6TYL |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 3次元分類 | クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 338118 |