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万見
- EMDB-20438: Cryo-EM reconstruction of the mature chimeric BinJV/ZIKV-prME vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20438
タイトルCryo-EM reconstruction of the mature chimeric BinJV/ZIKV-prME virion in complex with Fab C8
マップデータSingle particle reconstruction of the mature chimeric BinJV/ZIKV-prME virion complexed with Fab C8
試料
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.2 Å
データ登録者Watterson D
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1164216 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1138611 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: A recombinant platform for flavivirus vaccines and diagnostics using chimeras of a new insect-specific virus.
著者: Jody Hobson-Peters / Jessica J Harrison / Daniel Watterson / Jessamine E Hazlewood / Laura J Vet / Natalee D Newton / David Warrilow / Agathe M G Colmant / Carmel Taylor / Bixing Huang / ...著者: Jody Hobson-Peters / Jessica J Harrison / Daniel Watterson / Jessamine E Hazlewood / Laura J Vet / Natalee D Newton / David Warrilow / Agathe M G Colmant / Carmel Taylor / Bixing Huang / Thisun B H Piyasena / Weng Kong Chow / Yin Xiang Setoh / Bing Tang / Eri Nakayama / Kexin Yan / Alberto A Amarilla / Sarah Wheatley / Peter R Moore / Mitchell Finger / Nina Kurucz / Naphak Modhiran / Paul R Young / Alexander A Khromykh / Helle Bielefeldt-Ohmann / Andreas Suhrbier / Roy A Hall /
要旨: Flaviviruses such as dengue, yellow fever, Zika, West Nile, and Japanese encephalitis virus present substantial global health burdens. New vaccines are being sought to address safety and ...Flaviviruses such as dengue, yellow fever, Zika, West Nile, and Japanese encephalitis virus present substantial global health burdens. New vaccines are being sought to address safety and manufacturing issues associated with current live attenuated vaccines. Here, we describe a new insect-specific flavivirus, Binjari virus, which was found to be remarkably tolerant for exchange of its structural protein genes (prME) with those of the aforementioned pathogenic vertebrate-infecting flaviviruses (VIFs). Chimeric BinJ/VIF-prME viruses remained replication defective in vertebrate cells but replicated with high efficiency in mosquito cells. Cryo-electron microscopy and monoclonal antibody binding studies illustrated that the chimeric BinJ/VIF-prME virus particles were structurally and immunologically similar to their parental VIFs. Pilot manufacturing in C6/36 cells suggests that high yields can be reached up to 10 cell culture infectious dose/ml or ≈7 mg/liter. BinJ/VIF-prME viruses showed utility in diagnostic (microsphere immunoassays and ELISAs using panels of human and equine sera) and vaccine applications (illustrating protection against Zika virus challenge in murine IFNAR mouse models). BinJ/VIF-prME viruses thus represent a versatile, noninfectious (for vertebrate cells), high-yield technology for generating chimeric flavivirus particles with low biocontainment requirements.
履歴
登録2019年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月8日-
マップ公開2020年1月8日-
更新2020年1月8日-
現状2020年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20438.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle reconstruction of the mature chimeric BinJV/ZIKV-prME virion complexed with Fab C8
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.027 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.01312342 - 0.074823916
平均 (標準偏差)0.0021725525 (±0.0077825733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 778.368 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.0272.0272.027
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z778.368778.368778.368
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0130.0750.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus

全体名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

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超分子 #1: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Gradient purified BinJV/ZIKV-prME

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 26.7 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8116

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 1075
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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