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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20430 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), C1 virion capsid reconstruction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | genome / portal / capsid / icosahedral / VIRUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Gong D / Dai X / Jih J / Liu YT / Bi GQ / Sun R / Zhou ZH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 14件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV. 著者: Danyang Gong / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Guo-Qiang Bi / Ren Sun / Z Hong Zhou / 要旨: Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes ...Assembly of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) begins at a bacteriophage-like portal complex that nucleates formation of an icosahedral capsid with capsid-associated tegument complexes (CATCs) and facilitates translocation of an ∼150-kb dsDNA genome, followed by acquisition of a pleomorphic tegument and envelope. Because of deviation from icosahedral symmetry, KSHV portal and tegument structures have largely been obscured in previous studies. Using symmetry-relaxed cryo-EM, we determined the in situ structure of the KSHV portal and its interactions with surrounding capsid proteins, CATCs, and the terminal end of KSHV's dsDNA genome. Our atomic models of the portal and capsid/CATC, together with visualization of CATCs' variable occupancy and alternate orientation of CATC-interacting vertex triplexes, suggest a mechanism whereby the portal orchestrates procapsid formation and asymmetric long-range determination of CATC attachment during DNA packaging prior to pleomorphic tegumentation/envelopment. Structure-based mutageneses confirm that a triplex deep binding groove for CATCs is a hotspot that holds promise for antiviral development. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20430.map.gz | 1.3 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20430-v30.xml emd-20430.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20430_fsc.xml | 25.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20430.png | 278.2 KB | ||
その他 | emd_20430_half_map_1.map.gz emd_20430_half_map_2.map.gz | 1.1 GB 1.1 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20430 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20430_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20430_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20430_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20430_validation.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_20430_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_20430_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human gammaherpesvirus 8
全体 | 名称: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human gammaherpesvirus 8
超分子 | 名称: Human gammaherpesvirus 8 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 37296 / 生物種: Human gammaherpesvirus 8 / Sci species strain: BAC16 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1250.0 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最高: 79.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 1440 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1440 pixel / 実像数: 8007 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 24271 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 14000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |