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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20259 | |||||||||||||||
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タイトル | HIV Env BG505 NFL TD+ in complex with antibody E70 fragment antigen binding | |||||||||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ozorowski G / Torres JL / Ward AB | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2019 タイトル: Vaccination with Glycan-Modified HIV NFL Envelope Trimer-Liposomes Elicits Broadly Neutralizing Antibodies to Multiple Sites of Vulnerability. 著者: Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan ...著者: Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan L Torres / Lifei Yang / Yu Feng / Daniel P Leaman / Néstor Vázquez Bernat / Tyler Liban / Mark Louder / Krisha McKee / Robert T Bailer / Arlette Movsesyan / Nicole A Doria-Rose / Marie Pancera / Gunilla B Karlsson Hedestam / Michael B Zwick / Max Crispin / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt / 要旨: The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are ...The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are occluded by self-N-glycan shielding, limiting B cell recognition of the underlying polypeptide surface. The exceptions to the contiguous glycan shield include the conserved receptor CD4 binding site (CD4bs) and glycoprotein (gp)41 elements proximal to the furin cleavage site. Accordingly, we performed heterologous trimer-liposome prime:boosting in rabbits to drive B cells specific for cross-conserved sites. To preferentially expose the CD4bs to B cells, we eliminated proximal N-glycans while maintaining the native-like state of the cleavage-independent NFL trimers, followed by gradual N-glycan restoration coupled with heterologous boosting. This approach successfully elicited CD4bs-directed, cross-neutralizing Abs, including one targeting a unique glycan-protein epitope and a bNAb (87% breadth) directed to the gp120:gp41 interface, both resolved by high-resolution cryoelectron microscopy. This study provides proof-of-principle immunogenicity toward eliciting bNAbs by vaccination. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20259.map.gz | 85.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20259-v30.xml emd-20259.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20259_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20259.png | 121.6 KB | ||
マスクデータ | emd_20259_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_20259_half_map_1.map.gz emd_20259_half_map_2.map.gz | 71.1 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20259 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20259 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_20259_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_20259_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_20259_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Env BG505 NFL TD+ in complex with rabbit monoclonal antibod...
全体 | 名称: HIV-1 Env BG505 NFL TD+ in complex with rabbit monoclonal antibody E70 fragment antigen binding |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Env BG505 NFL TD+ in complex with rabbit monoclonal antibod...
超分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 NFL TD+ in complex with rabbit monoclonal antibody E70 fragment antigen binding タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 570 KDa |
-分子 #1: HIV-1 Env BG505 NFL TD+
分子 | 名称: HIV-1 Env BG505 NFL TD+ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 74.863773 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK DAETTLFCAS DAKAYETEKH NVWATHACVP TDPNPQEIHL ENVTEEFNM WKNNMVEQMH TDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLQCTNVT NNITDDMRGE LKNCSFNMTT ELRDKKQKVY S LFYRLDVV ...文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK DAETTLFCAS DAKAYETEKH NVWATHACVP TDPNPQEIHL ENVTEEFNM WKNNMVEQMH TDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLQCTNVT NNITDDMRGE LKNCSFNMTT ELRDKKQKVY S LFYRLDVV QINENQGNRS NNSNKEYRLI NCNTSACTQA CPKVSFEPIP IHYCAPAGFA ILKCKDKKFN GTGPCPSVST VQ CTHGIKP VVSTQLLLNG SLAEEEVMIR SENITNNAKN ILVQFNTPVQ INCTRPNNYT RKSIRIGPGQ AFYATGDIIG DIR QAHCNV SKATWNETLG KVVKQLRKHF GNNTIIRFAN SSGGDLEVTT HSFNCGGEFF YCNTSGLFNS TWISNTSVQG SNST GSNDS ITLPCRIKQI INMWQRIGQC MYAPPIQGVI RCVSNITGLI LTRDGGSTNS TTETFRPGGG DMRDNWRSEL YKYKV VKIE PLGVAPTRAK RRVVGGGGGS GGGGSAVGIG AVRRGFLGAA GSTMGAASMT LTVQARNLLS GIVQQQSNLL RAPEAQ QHL LKLTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLGI WGCSGKLICT TNVPWNSSWS NRNLSEIWDN MTWLQWDKEI SNYTQII YG LLEESQNQQE KNEQDLLALD GGGGSHHHHH HHH |
-分子 #2: Rabbit monoclonal antibody E70 heavy chain fragment antigen binding
分子 | 名称: Rabbit monoclonal antibody E70 heavy chain fragment antigen binding タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 23.527469 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSLEESGGGL VKPGGTLTLT CKASGIDFTS GYDMCWVRQA PGKGLEWVAC IYLGDGNTYY ASWAKGQFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAAD TATYFCARFA GYRYSVWSYP DLWGPGTLVT VSSGQPKAPS VFPLAPCCGD TPSSTVTLGC LVKGYLPEPV T VTWNSGTL ...文字列: QSLEESGGGL VKPGGTLTLT CKASGIDFTS GYDMCWVRQA PGKGLEWVAC IYLGDGNTYY ASWAKGQFTI SKTSSTTVTL QMTSLTAAD TATYFCARFA GYRYSVWSYP DLWGPGTLVT VSSGQPKAPS VFPLAPCCGD TPSSTVTLGC LVKGYLPEPV T VTWNSGTL TNGVRTFPSV RQSSGLYSLS SVVSVTSSSQ PVTCNVAHPA TNTKVDKTVA PSTCSK |
-分子 #3: Rabbit monoclonal antibody E70 kappa chain
分子 | 名称: Rabbit monoclonal antibody E70 kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 22.414732 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQTPAS VEADVGGTVT IKCQASQRIV NLVAWYQHKP GQPPKLLIIG ASDLASGVPS RFSGSGYGTE FTLTISDLEC ADAATYFCQ SAYNGDGDNA FGGGTEVVVK GDPVAPSVLI FPPAADQVAT GTVTIVCVAN KYFPDVTVTW EVDGTTQTTG I ENSKTPQN ...文字列: DIVMTQTPAS VEADVGGTVT IKCQASQRIV NLVAWYQHKP GQPPKLLIIG ASDLASGVPS RFSGSGYGTE FTLTISDLEC ADAATYFCQ SAYNGDGDNA FGGGTEVVVK GDPVAPSVLI FPPAADQVAT GTVTIVCVAN KYFPDVTVTW EVDGTTQTTG I ENSKTPQN SADCTYNLSS TLTLTSTQYN SHKEYTCKVT QGTTSVVQSF NRGDC |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 27 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: LMNG added to sample shortly (< 5 minutes) before vitrification | ||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 870 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |