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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20182 | |||||||||
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タイトル | Dimeric DNA complex | |||||||||
マップデータ | dimeric DNA complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain / Uncharacterized protein / Cpf1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Li Z / Zhang H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: Structural Basis for the Inhibition of CRISPR-Cas12a by Anti-CRISPR Proteins. 著者: Heng Zhang / Zhuang Li / Courtney M Daczkowski / Clinton Gabel / Andrew D Mesecar / Leifu Chang / 要旨: CRISPR-Cas12a (Cpf1), a type V CRISPR-associated nuclease, provides bacterial immunity against bacteriophages and plasmids but also serves as a tool for genome editing. Foreign nucleic acids are ...CRISPR-Cas12a (Cpf1), a type V CRISPR-associated nuclease, provides bacterial immunity against bacteriophages and plasmids but also serves as a tool for genome editing. Foreign nucleic acids are integrated into the CRISPR locus, prompting transcription of CRISPR RNAs (crRNAs) that guide Cas12a cleavage of foreign complementary DNA. However, mobile genetic elements counteract Cas12a with inhibitors, notably type V-A anti-CRISPRs (AcrVAs). We present cryoelectron microscopy structures of Cas12a-crRNA bound to AcrVA1 and AcrVA4 at 3.5 and 3.3 Å resolutions, respectively. AcrVA1 is sandwiched between the recognition (REC) and nuclease (NUC) lobes of Cas12a and inserts into the binding pocket for the protospacer-adjacent motif (PAM), a short DNA sequence guiding Cas12a targeting. AcrVA1 cleaves crRNA in a Cas12a-dependent manner, inactivating Cas12a-crRNA complexes. The AcrVA4 dimer is anchored around the crRNA pseudoknot of Cas12a-crRNA, preventing required conformational changes for crRNA-DNA heteroduplex formation. These results uncover molecular mechanisms for CRISPR-Cas12a inhibition, providing insights into bacteria-phage dynamics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20182.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20182-v30.xml emd-20182.xml | 7.3 KB 7.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20182_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20182.png | 61.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | dimeric DNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : dimeric DNA complex
全体 | 名称: dimeric DNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: dimeric DNA complex
超分子 | 名称: dimeric DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |